More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2674 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_1407  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.01 
 
 
456 aa  721    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1417  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.12 
 
 
457 aa  713    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1319  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.01 
 
 
457 aa  724    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1443  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.12 
 
 
456 aa  712    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3709  sigma-54 factor, interaction region  68.44 
 
 
457 aa  639    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2674  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
469 aa  959    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2742  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  98.51 
 
 
469 aa  947    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2937  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  76.12 
 
 
457 aa  712    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40399  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2849  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  98.08 
 
 
469 aa  943    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3997  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  67.63 
 
 
455 aa  625  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001942  putative sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  58.19 
 
 
447 aa  519  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1491  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.52 
 
 
449 aa  500  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174924  hitchhiker  0.0000639824 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3767  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.78 
 
 
468 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.114638  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3878  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.78 
 
 
468 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.330744  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  46.46 
 
 
491 aa  312  7.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5076  helix-turn-helix, Fis-type  40.88 
 
 
467 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196464  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3379  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.79 
 
 
352 aa  309  9e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.270245 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1901  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.06 
 
 
473 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0172472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5077  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.81 
 
 
338 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3879  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.51 
 
 
365 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3768  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.51 
 
 
365 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.251278  normal  0.151277 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1133  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.68 
 
 
352 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5447  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.51 
 
 
455 aa  302  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491011 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.33 
 
 
503 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000181807 
 
 
-
 
NC_003296  RS02227  sigma-54 interacting transcription regulator protein  48.44 
 
 
384 aa  300  4e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6393  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
455 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106085 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5645  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
455 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  0.173621 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3376  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
466 aa  296  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1136  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.02 
 
 
466 aa  296  7e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6043  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
455 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174163  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7013  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
455 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.624192  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2152  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.2 
 
 
351 aa  295  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000170653 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1378  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
455 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.713038  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6451  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
455 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1293  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.96 
 
 
456 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3163  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.96 
 
 
456 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2268  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.96 
 
 
456 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.071991  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1982  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.96 
 
 
456 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1382  putative sigma-54 interacting response regulator  44.96 
 
 
456 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.134405  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1004  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.96 
 
 
456 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.63 
 
 
451 aa  291  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3034  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.96 
 
 
456 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0730  Fis family transcriptional regulator  48.32 
 
 
388 aa  290  3e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0273  sigma-54 specific transcriptional regulator, Fis famliy  48.05 
 
 
342 aa  289  6e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.090117  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01277  putative sigma-54 interacting response regulator protein  50.8 
 
 
443 aa  289  8e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.420993  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0260  response regulator receiver domain-containing protein  49.84 
 
 
443 aa  287  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4156  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.57 
 
 
443 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4752  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.85 
 
 
477 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.102519  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.98 
 
 
468 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4344  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.5 
 
 
547 aa  277  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0144211 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.73 
 
 
460 aa  276  7e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.98 
 
 
469 aa  276  7e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.31 
 
 
467 aa  276  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.98 
 
 
469 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.68 
 
 
448 aa  275  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.02 
 
 
454 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.74 
 
 
456 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  43.83 
 
 
539 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.37 
 
 
467 aa  271  2e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156688  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  46.28 
 
 
537 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.02 
 
 
458 aa  268  1e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.69 
 
 
466 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.96 
 
 
457 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1383  putative sigma-54 interacting transcriptional regulator  40.88 
 
 
418 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.203208  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.91 
 
 
458 aa  267  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.19 
 
 
490 aa  266  7e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.25 
 
 
477 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
457 aa  265  1e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  42.63 
 
 
608 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.82 
 
 
458 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.3 
 
 
457 aa  265  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.45 
 
 
461 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3269  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.72 
 
 
467 aa  265  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
446 aa  264  3e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447453 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02228  hypothetical protein  43.5 
 
 
513 aa  263  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.7 
 
 
347 aa  263  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00254546 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6394  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.2 
 
 
356 aa  263  6e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  normal  0.133282 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003533  putative LuxO repressor protein  44.28 
 
 
503 aa  263  6.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4246  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.66 
 
 
400 aa  262  8e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5646  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.2 
 
 
356 aa  262  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0704244  normal  0.153331 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
451 aa  261  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002951  regulatory protein LuxO  40.67 
 
 
468 aa  261  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0508152  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1984  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.37 
 
 
322 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.622881  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1294  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.37 
 
 
322 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.891307  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1006  sigma-54 interaction domain/Fis family transcriptional regulator domain-containing protein  44.37 
 
 
322 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3036  sigma-54 interaction domain/Fis family transcriptional regulator domain-containing protein  44.37 
 
 
322 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2270  sigma-54 interaction domain/Fis family transcriptional regulator domain-containing protein  44.37 
 
 
322 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.121264  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0098  Fis family transcriptional regulator  43.71 
 
 
510 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.12 
 
 
537 aa  260  3e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1379  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.03 
 
 
384 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.730232  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.32 
 
 
608 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6450  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.03 
 
 
384 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.32 
 
 
608 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.64 
 
 
453 aa  260  4e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.81 
 
 
453 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.93 
 
 
458 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
445 aa  259  6e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.12 
 
 
462 aa  259  6e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.55 
 
 
477 aa  259  6e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0684  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.19 
 
 
456 aa  259  7e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>