More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0675 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.13 
 
 		 532 aa  646    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  61.13 
 
 		 532 aa  646    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  61.89 
 
 		 532 aa  655    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  62.64 
 
 		 527 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  65.1 
 
 		 535 aa  673    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  75.7 
 
 		 537 aa  820    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  60.94 
 
 		 532 aa  643    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.13 
 
 		 530 aa  642    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.83 
 
 		 533 aa  647    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.23 
 
 		 533 aa  653    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  61.77 
 
 		 567 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.58 
 
 		 538 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  61.13 
 
 		 532 aa  646    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  66.73 
 
 		 531 aa  726    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.32 
 
 		 532 aa  652    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  63.74 
 
 		 532 aa  654    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.34 
 
 		 604 aa  649    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  100 
 
 		 535 aa  1085    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  62.83 
 
 		 527 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.32 
 
 		 532 aa  646    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  70.32 
 
 		 531 aa  743    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  60.94 
 
 		 532 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.39 
 
 		 538 aa  643    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  63.96 
 
 		 531 aa  652    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.34 
 
 		 538 aa  647    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  60.26 
 
 		 529 aa  619  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60 
 
 		 566 aa  618  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.08 
 
 		 544 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.68 
 
 		 530 aa  616  1e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  56.24 
 
 		 576 aa  609  1e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  59.25 
 
 		 525 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  58.9 
 
 		 527 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 451 aa  173  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 458 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 458 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 458 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.84 
 
 		 456 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 465 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  39.92 
 
 		 515 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 455 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.36 
 
 		 458 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.24 
 
 		 579 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.23 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.91 
 
 		 477 aa  162  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.59 
 
 		 446 aa  162  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.17 
 
 		 512 aa  161  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  36.92 
 
 		 445 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  36.92 
 
 		 445 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.07 
 
 		 455 aa  160  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  36.92 
 
 		 445 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  36.92 
 
 		 445 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  36.92 
 
 		 445 aa  160  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.07 
 
 		 455 aa  160  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.07 
 
 		 455 aa  160  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.07 
 
 		 455 aa  160  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2510  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  34.63 
 
 		 448 aa  159  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.66 
 
 		 455 aa  159  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 451 aa  159  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3238  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.99 
 
 		 457 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.963577  normal  0.879643 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3097  two component Fis family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 535 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.82 
 
 		 456 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.43 
 
 		 455 aa  159  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0776  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.92 
 
 		 480 aa  159  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.66 
 
 		 455 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.92 
 
 		 445 aa  159  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 458 aa  159  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  36.96 
 
 		 445 aa  158  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.75 
 
 		 474 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0345179 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3751  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.86 
 
 		 441 aa  158  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  35.77 
 
 		 444 aa  159  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.48 
 
 		 455 aa  159  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 445 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.22 
 
 		 451 aa  158  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1965  response regulatory protein, sigma 54 related  37.72 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0275961  normal  0.129103 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  35.77 
 
 		 444 aa  159  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 445 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  35.77 
 
 		 444 aa  159  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0400  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.25 
 
 		 455 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0351818  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.43 
 
 		 461 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 445 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1042  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.48 
 
 		 465 aa  158  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000166307  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.43 
 
 		 461 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  39.34 
 
 		 572 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2536  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.82 
 
 		 477 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  35.38 
 
 		 444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.38 
 
 		 444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.75 
 
 		 449 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  35.38 
 
 		 444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  35.38 
 
 		 444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1226  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.54 
 
 		 445 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  35.38 
 
 		 444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.22 
 
 		 477 aa  157  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.1 
 
 		 457 aa  157  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1811  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.4 
 
 		 474 aa  157  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.053001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 494 aa  156  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202391  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.08 
 
 		 457 aa  156  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  35.51 
 
 		 459 aa  156  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  36.96 
 
 		 477 aa  156  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.45 
 
 		 477 aa  156  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>