More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0497 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  59.77 
 
 
532 aa  639    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  59.77 
 
 
532 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  63.53 
 
 
535 aa  660    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  59.96 
 
 
532 aa  642    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.99 
 
 
533 aa  635    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.04 
 
 
533 aa  652    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  69.48 
 
 
537 aa  744    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  59.77 
 
 
532 aa  639    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  59.85 
 
 
567 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  59.77 
 
 
530 aa  635    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  59.96 
 
 
532 aa  640    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.77 
 
 
532 aa  639    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  59.4 
 
 
532 aa  637    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  76.37 
 
 
531 aa  842    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.66 
 
 
604 aa  638    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  60.49 
 
 
527 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  63.93 
 
 
532 aa  660    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  64.3 
 
 
531 aa  668    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.66 
 
 
538 aa  637    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  70.32 
 
 
535 aa  743    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  60.87 
 
 
527 aa  636    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  100 
 
 
531 aa  1077    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  59.4 
 
 
532 aa  633  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.66 
 
 
538 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.66 
 
 
538 aa  631  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  58.43 
 
 
529 aa  612  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.69 
 
 
530 aa  608  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.41 
 
 
544 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  57.89 
 
 
527 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  57.71 
 
 
525 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  56.14 
 
 
576 aa  597  1e-169  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.74 
 
 
566 aa  585  1e-166  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  36.64 
 
 
630 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.65 
 
 
465 aa  163  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.02 
 
 
534 aa  163  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  37.3 
 
 
629 aa  162  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.02 
 
 
538 aa  162  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  37.11 
 
 
629 aa  161  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.58 
 
 
455 aa  161  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  39.61 
 
 
531 aa  161  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.84 
 
 
455 aa  160  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.37 
 
 
462 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0776  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.98 
 
 
480 aa  160  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.29 
 
 
455 aa  160  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0400  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.83 
 
 
455 aa  160  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0351818  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.84 
 
 
455 aa  160  6e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1965  response regulatory protein, sigma 54 related  35.95 
 
 
384 aa  160  6e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0275961  normal  0.129103 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.84 
 
 
455 aa  160  7e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.84 
 
 
455 aa  160  7e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.84 
 
 
455 aa  160  7e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.76 
 
 
456 aa  159  9e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.58 
 
 
458 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.17 
 
 
451 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.46 
 
 
455 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.73 
 
 
466 aa  159  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.87 
 
 
490 aa  158  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3238  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.09 
 
 
457 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.963577  normal  0.879643 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1827  helix-turn-helix, Fis-type  35.09 
 
 
465 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.146561 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.32 
 
 
454 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2922  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.49 
 
 
491 aa  158  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1692  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 
521 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.26 
 
 
533 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.32 
 
 
459 aa  158  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.91 
 
 
449 aa  157  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.24 
 
 
457 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.96 
 
 
468 aa  157  6e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
457 aa  157  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.34 
 
 
579 aa  156  8e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  36.68 
 
 
455 aa  155  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.55 
 
 
467 aa  156  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
458 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
458 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.9 
 
 
462 aa  156  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0598  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.75 
 
 
470 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.19 
 
 
474 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  36.64 
 
 
538 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.14 
 
 
469 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.14 
 
 
469 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  39.31 
 
 
459 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.01 
 
 
461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4948  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.95 
 
 
455 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.69 
 
 
699 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  36.11 
 
 
474 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3097  two component Fis family transcriptional regulator  38.91 
 
 
535 aa  154  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.63 
 
 
456 aa  154  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.91 
 
 
484 aa  154  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0638  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.71 
 
 
453 aa  154  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.88 
 
 
451 aa  154  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.65 
 
 
457 aa  154  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.36 
 
 
628 aa  154  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1042  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 
465 aa  154  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000166307  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
458 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  37.9 
 
 
510 aa  153  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1482  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.68 
 
 
458 aa  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.712271  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  41.13 
 
 
572 aa  153  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0372  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.57 
 
 
455 aa  153  7e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.26 
 
 
466 aa  153  7e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.18 
 
 
547 aa  153  8e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.56 
 
 
457 aa  153  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.03 
 
 
387 aa  153  8e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>