More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1970 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
538 aa  1102    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  63.47 
 
 
512 aa  629  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46 
 
 
509 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.34 
 
 
517 aa  443  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.49 
 
 
516 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.59 
 
 
530 aa  439  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.67 
 
 
518 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.64 
 
 
517 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.71 
 
 
511 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.07 
 
 
518 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.28 
 
 
506 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.48 
 
 
518 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.28 
 
 
506 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.13 
 
 
529 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.28 
 
 
506 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.09 
 
 
506 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  46.73 
 
 
509 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  44.91 
 
 
510 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.9 
 
 
506 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.4 
 
 
525 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.17 
 
 
516 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.34 
 
 
512 aa  431  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.78 
 
 
517 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.37 
 
 
518 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.72 
 
 
508 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.66 
 
 
530 aa  428  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.47 
 
 
516 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.21 
 
 
526 aa  428  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.78 
 
 
517 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.84 
 
 
518 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.34 
 
 
504 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  46.34 
 
 
504 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.49 
 
 
532 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.43 
 
 
504 aa  422  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.74 
 
 
516 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.15 
 
 
504 aa  423  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.75 
 
 
531 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.15 
 
 
504 aa  422  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.27 
 
 
528 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.34 
 
 
504 aa  422  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.63 
 
 
518 aa  425  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  46.34 
 
 
504 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.34 
 
 
504 aa  422  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.44 
 
 
506 aa  423  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.47 
 
 
506 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.84 
 
 
552 aa  421  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.9 
 
 
527 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.97 
 
 
504 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.77 
 
 
523 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.98 
 
 
510 aa  415  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.1 
 
 
511 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.1 
 
 
511 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.63 
 
 
517 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.12 
 
 
550 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.26 
 
 
530 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.05 
 
 
511 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.53 
 
 
529 aa  402  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.39 
 
 
530 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.34 
 
 
540 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.4 
 
 
510 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.82 
 
 
536 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  42.55 
 
 
525 aa  388  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.73 
 
 
531 aa  388  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.31 
 
 
514 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.76 
 
 
522 aa  388  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.22 
 
 
522 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.94 
 
 
525 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.97 
 
 
482 aa  276  9e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  55.23 
 
 
551 aa  271  2.9999999999999997e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.64 
 
 
875 aa  270  5e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.52 
 
 
454 aa  268  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  44.7 
 
 
495 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.22 
 
 
455 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  52.38 
 
 
488 aa  266  8e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2392  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.1 
 
 
458 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0321511  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.84 
 
 
458 aa  265  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.53 
 
 
470 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.53 
 
 
693 aa  264  3e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.68 
 
 
629 aa  263  4e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  39.18 
 
 
455 aa  263  4.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  55.74 
 
 
488 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  50.96 
 
 
486 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  48.68 
 
 
629 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  50.96 
 
 
486 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.96 
 
 
486 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  51.98 
 
 
488 aa  263  6e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  51.98 
 
 
488 aa  263  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  52.05 
 
 
551 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  50.96 
 
 
486 aa  263  8e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  55.32 
 
 
474 aa  262  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  51.98 
 
 
488 aa  261  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.53 
 
 
456 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.81 
 
 
1082 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.68 
 
 
630 aa  259  6e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.11 
 
 
479 aa  259  6e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  34.31 
 
 
513 aa  259  7e-68  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.71 
 
 
466 aa  259  8e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  37.36 
 
 
699 aa  259  1e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  47.92 
 
 
639 aa  259  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.57 
 
 
458 aa  259  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>