More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3148 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.05 
 
 
530 aa  663    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  88.17 
 
 
504 aa  854    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.38 
 
 
511 aa  660    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  88.17 
 
 
504 aa  854    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  66.73 
 
 
508 aa  662    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  88.95 
 
 
504 aa  861    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  99.01 
 
 
506 aa  1007    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  88.36 
 
 
504 aa  855    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  87.97 
 
 
504 aa  848    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  88.56 
 
 
504 aa  855    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  99.01 
 
 
506 aa  1005    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  99.6 
 
 
506 aa  1012    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
506 aa  1017    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  88.36 
 
 
504 aa  857    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.4 
 
 
516 aa  642    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.19 
 
 
510 aa  656    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  99.41 
 
 
506 aa  1009    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  88.17 
 
 
504 aa  854    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  88.36 
 
 
504 aa  855    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  84.55 
 
 
530 aa  854    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.93 
 
 
517 aa  629  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.01 
 
 
511 aa  623  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.97 
 
 
518 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.51 
 
 
517 aa  618  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.41 
 
 
518 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.58 
 
 
518 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.41 
 
 
525 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.05 
 
 
512 aa  598  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  61.35 
 
 
510 aa  593  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.38 
 
 
516 aa  593  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.02 
 
 
506 aa  593  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50 
 
 
527 aa  488  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.78 
 
 
517 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.85 
 
 
529 aa  481  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.38 
 
 
528 aa  477  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.45 
 
 
516 aa  476  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.39 
 
 
518 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.79 
 
 
518 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.29 
 
 
517 aa  465  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.59 
 
 
518 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.98 
 
 
517 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50 
 
 
516 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.37 
 
 
531 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
506 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.05 
 
 
552 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.25 
 
 
530 aa  455  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.39 
 
 
532 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.36 
 
 
530 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.58 
 
 
523 aa  445  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.45 
 
 
550 aa  442  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50 
 
 
529 aa  443  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.86 
 
 
514 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.95 
 
 
512 aa  436  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.09 
 
 
538 aa  438  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.05 
 
 
526 aa  435  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.59 
 
 
531 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.52 
 
 
511 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.52 
 
 
511 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.94 
 
 
509 aa  424  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.41 
 
 
510 aa  422  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.42 
 
 
522 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.49 
 
 
522 aa  415  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  45.72 
 
 
509 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.72 
 
 
536 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48 
 
 
525 aa  411  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.09 
 
 
540 aa  410  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.6 
 
 
525 aa  405  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0199  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.68 
 
 
451 aa  289  8e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.940712  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.48 
 
 
454 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  42.49 
 
 
596 aa  286  7e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  37.92 
 
 
513 aa  283  5.000000000000001e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  46.99 
 
 
455 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  49.25 
 
 
466 aa  280  5e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  51.04 
 
 
551 aa  277  4e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  39.46 
 
 
537 aa  276  7e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  39.9 
 
 
606 aa  276  7e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  37.97 
 
 
549 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.58 
 
 
458 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.39 
 
 
544 aa  274  3e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.7 
 
 
608 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.7 
 
 
608 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.81 
 
 
470 aa  273  7e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50.72 
 
 
524 aa  273  7e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  39.95 
 
 
608 aa  273  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0838  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.78 
 
 
457 aa  272  1e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.26 
 
 
463 aa  272  1e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.39 
 
 
476 aa  271  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  49.21 
 
 
581 aa  270  2.9999999999999997e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.02 
 
 
542 aa  269  8e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  46.33 
 
 
629 aa  269  8.999999999999999e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  55.27 
 
 
551 aa  268  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  46.7 
 
 
630 aa  269  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.03 
 
 
456 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.29 
 
 
458 aa  268  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  43.86 
 
 
533 aa  268  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  47.77 
 
 
629 aa  268  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.66 
 
 
445 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.52 
 
 
458 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.83 
 
 
724 aa  267  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  35.96 
 
 
545 aa  266  4e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>