More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2198 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.93 
 
 
517 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
512 aa  1048    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  64.59 
 
 
510 aa  674    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.74 
 
 
516 aa  645    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.38 
 
 
517 aa  640    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.52 
 
 
525 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.39 
 
 
511 aa  630  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.81 
 
 
518 aa  625  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.28 
 
 
518 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.42 
 
 
518 aa  624  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.92 
 
 
506 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.04 
 
 
510 aa  593  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.02 
 
 
511 aa  592  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.75 
 
 
516 aa  594  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.37 
 
 
530 aa  591  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.43 
 
 
508 aa  590  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.99 
 
 
530 aa  581  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.05 
 
 
506 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.05 
 
 
506 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.05 
 
 
506 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.85 
 
 
506 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.85 
 
 
506 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.97 
 
 
504 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.57 
 
 
504 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.57 
 
 
504 aa  560  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.57 
 
 
504 aa  560  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.54 
 
 
504 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  57.54 
 
 
504 aa  556  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  57.54 
 
 
504 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.57 
 
 
504 aa  558  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.17 
 
 
504 aa  555  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.68 
 
 
527 aa  489  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.61 
 
 
528 aa  491  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.94 
 
 
550 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.52 
 
 
529 aa  482  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.02 
 
 
517 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.57 
 
 
517 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.32 
 
 
518 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.7 
 
 
516 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.12 
 
 
518 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.58 
 
 
517 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.94 
 
 
518 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.08 
 
 
532 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.06 
 
 
530 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.62 
 
 
516 aa  450  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.41 
 
 
526 aa  450  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.73 
 
 
506 aa  442  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.95 
 
 
530 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.17 
 
 
552 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.31 
 
 
531 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.9 
 
 
523 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.37 
 
 
509 aa  433  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  44.36 
 
 
509 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.54 
 
 
512 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.98 
 
 
529 aa  423  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.87 
 
 
514 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.34 
 
 
538 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.99 
 
 
511 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.99 
 
 
511 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.57 
 
 
510 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.75 
 
 
531 aa  414  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.88 
 
 
522 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.74 
 
 
536 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.38 
 
 
540 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.79 
 
 
525 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  42.17 
 
 
525 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  42.83 
 
 
522 aa  398  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  40.59 
 
 
606 aa  277  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  35.13 
 
 
505 aa  275  2.0000000000000002e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.63 
 
 
875 aa  270  2.9999999999999997e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.28 
 
 
608 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  37.53 
 
 
608 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.28 
 
 
608 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.34 
 
 
458 aa  268  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  55.17 
 
 
533 aa  268  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
458 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  41.86 
 
 
455 aa  267  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.79 
 
 
495 aa  266  5e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.53 
 
 
463 aa  266  8e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0621  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.07 
 
 
472 aa  266  8e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.06 
 
 
458 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  44.92 
 
 
539 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  45.79 
 
 
582 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  44.65 
 
 
508 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.74 
 
 
466 aa  263  4e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.08 
 
 
454 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.07 
 
 
466 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
551 aa  263  6e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.42 
 
 
551 aa  262  1e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  52.14 
 
 
549 aa  261  2e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  44.1 
 
 
583 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  53.78 
 
 
542 aa  260  4e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.55 
 
 
543 aa  260  4e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0838  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.34 
 
 
457 aa  259  7e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.74 
 
 
524 aa  259  8e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.4 
 
 
575 aa  259  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  50.99 
 
 
545 aa  259  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.51 
 
 
535 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.46 
 
 
387 aa  258  2e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  44.27 
 
 
580 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>