More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3444 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  71.07 
 
 
525 aa  731    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
516 aa  1046    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.74 
 
 
512 aa  645    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.31 
 
 
518 aa  725    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.5 
 
 
518 aa  726    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.14 
 
 
516 aa  688    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.11 
 
 
518 aa  719    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  64.41 
 
 
506 aa  660    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  72.39 
 
 
511 aa  770    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  71.48 
 
 
517 aa  752    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.79 
 
 
530 aa  655    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.87 
 
 
517 aa  720    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.82 
 
 
504 aa  619  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.02 
 
 
504 aa  619  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.6 
 
 
506 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.4 
 
 
506 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61 
 
 
508 aa  619  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.02 
 
 
504 aa  618  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.4 
 
 
506 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.82 
 
 
504 aa  618  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.4 
 
 
506 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.42 
 
 
530 aa  617  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.82 
 
 
504 aa  617  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.21 
 
 
506 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.58 
 
 
504 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  61.58 
 
 
504 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.63 
 
 
504 aa  613  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  61.58 
 
 
504 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.61 
 
 
511 aa  608  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  58.15 
 
 
510 aa  590  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.27 
 
 
510 aa  587  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.19 
 
 
529 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.44 
 
 
527 aa  516  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.95 
 
 
528 aa  511  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.64 
 
 
530 aa  491  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.11 
 
 
517 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.31 
 
 
517 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.11 
 
 
518 aa  485  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.21 
 
 
516 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.21 
 
 
518 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.73 
 
 
550 aa  480  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.21 
 
 
518 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.73 
 
 
506 aa  478  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.32 
 
 
517 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.02 
 
 
516 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.91 
 
 
532 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.28 
 
 
552 aa  455  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.21 
 
 
514 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.18 
 
 
523 aa  454  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.13 
 
 
530 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.46 
 
 
531 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.3 
 
 
512 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.18 
 
 
529 aa  443  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.34 
 
 
511 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.34 
 
 
511 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.42 
 
 
531 aa  432  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.22 
 
 
509 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.39 
 
 
525 aa  428  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  46.3 
 
 
509 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.74 
 
 
538 aa  430  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.44 
 
 
540 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.7 
 
 
536 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.86 
 
 
522 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.44 
 
 
526 aa  428  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.7 
 
 
510 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.79 
 
 
525 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.84 
 
 
522 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 
551 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.67 
 
 
1082 aa  289  7e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.81 
 
 
454 aa  287  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.48 
 
 
463 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.98 
 
 
515 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  57.58 
 
 
551 aa  281  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  36.8 
 
 
513 aa  279  9e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.7 
 
 
630 aa  279  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  41.53 
 
 
465 aa  276  4e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.13 
 
 
653 aa  276  5e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
635 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.5 
 
 
455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  44.01 
 
 
639 aa  274  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.99 
 
 
473 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.99 
 
 
473 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.22 
 
 
458 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  47.08 
 
 
629 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  38.46 
 
 
606 aa  273  7e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  38.66 
 
 
505 aa  272  9e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  47.08 
 
 
629 aa  272  9e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.83 
 
 
875 aa  272  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.2 
 
 
693 aa  272  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  45.78 
 
 
624 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.1 
 
 
724 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.79 
 
 
458 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  55.17 
 
 
524 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
473 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.32 
 
 
491 aa  270  5e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  45.29 
 
 
466 aa  269  7e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  42.06 
 
 
690 aa  269  7e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.47 
 
 
451 aa  269  8.999999999999999e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.69 
 
 
458 aa  269  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.05 
 
 
557 aa  268  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>