More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3579 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.93 
 
 
516 aa  707    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
516 aa  1007    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  72.78 
 
 
518 aa  705    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.11 
 
 
517 aa  716    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.95 
 
 
531 aa  642    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  72.45 
 
 
514 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.36 
 
 
552 aa  688    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.46 
 
 
530 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.31 
 
 
532 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  75.72 
 
 
517 aa  755    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  75.44 
 
 
517 aa  764    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  72.25 
 
 
518 aa  725    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.43 
 
 
529 aa  665    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.24 
 
 
531 aa  657    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  72.98 
 
 
518 aa  706    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.28 
 
 
523 aa  573  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.04 
 
 
529 aa  522  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  56.51 
 
 
525 aa  511  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.55 
 
 
526 aa  499  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.27 
 
 
506 aa  491  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.81 
 
 
511 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.84 
 
 
527 aa  484  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  55.36 
 
 
522 aa  482  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.81 
 
 
511 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.21 
 
 
516 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.41 
 
 
511 aa  482  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.33 
 
 
508 aa  484  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.48 
 
 
540 aa  481  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.55 
 
 
530 aa  476  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.62 
 
 
536 aa  475  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.85 
 
 
517 aa  472  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.65 
 
 
518 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  55.33 
 
 
510 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  48.05 
 
 
510 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.03 
 
 
528 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.45 
 
 
506 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.54 
 
 
506 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.53 
 
 
525 aa  467  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.74 
 
 
518 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.08 
 
 
518 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.25 
 
 
506 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.35 
 
 
506 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.48 
 
 
511 aa  464  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.06 
 
 
525 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.45 
 
 
506 aa  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.35 
 
 
504 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.61 
 
 
506 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.82 
 
 
517 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.35 
 
 
504 aa  455  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
510 aa  455  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50 
 
 
530 aa  457  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.26 
 
 
504 aa  458  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.56 
 
 
504 aa  457  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.55 
 
 
504 aa  458  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.39 
 
 
530 aa  456  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.07 
 
 
504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  51.07 
 
 
504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  51.07 
 
 
504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.62 
 
 
512 aa  450  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.17 
 
 
504 aa  451  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.36 
 
 
516 aa  450  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.15 
 
 
512 aa  439  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.36 
 
 
550 aa  438  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.6 
 
 
509 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.39 
 
 
522 aa  434  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  45.88 
 
 
509 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.17 
 
 
538 aa  413  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  47.78 
 
 
448 aa  281  2e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.85 
 
 
455 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  38.26 
 
 
505 aa  279  7e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  40.77 
 
 
539 aa  279  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  48.67 
 
 
466 aa  278  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.15 
 
 
459 aa  276  9e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.82 
 
 
693 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.29 
 
 
483 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.29 
 
 
483 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.48 
 
 
483 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.76 
 
 
455 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  43.91 
 
 
517 aa  273  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.17 
 
 
457 aa  273  6e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.46 
 
 
455 aa  272  9e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  37.99 
 
 
513 aa  271  2e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.31 
 
 
453 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  37.67 
 
 
542 aa  270  4e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.02 
 
 
470 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.25 
 
 
544 aa  269  7e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  53.41 
 
 
641 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.31 
 
 
457 aa  268  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  44.58 
 
 
533 aa  268  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4327  Sigma 54 interacting domain protein  43.78 
 
 
507 aa  268  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.945677  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.65 
 
 
551 aa  267  4e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  43.81 
 
 
549 aa  267  4e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.53 
 
 
748 aa  266  5e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50.89 
 
 
524 aa  266  5.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.02 
 
 
473 aa  266  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.02 
 
 
473 aa  266  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
473 aa  266  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  48.69 
 
 
639 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.75 
 
 
454 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5338  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.22 
 
 
462 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>