More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03872 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
506 aa  1018    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.57 
 
 
511 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.57 
 
 
511 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.11 
 
 
510 aa  569  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.21 
 
 
522 aa  570  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.34 
 
 
536 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.15 
 
 
540 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.88 
 
 
525 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.05 
 
 
517 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.54 
 
 
517 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.27 
 
 
516 aa  491  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.28 
 
 
517 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.06 
 
 
518 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
529 aa  483  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.06 
 
 
518 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.47 
 
 
518 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.73 
 
 
516 aa  478  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.58 
 
 
531 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.22 
 
 
514 aa  470  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.48 
 
 
516 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.52 
 
 
511 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.48 
 
 
532 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.05 
 
 
517 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.85 
 
 
552 aa  468  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.77 
 
 
530 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.24 
 
 
528 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.24 
 
 
527 aa  457  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  50.1 
 
 
510 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.07 
 
 
525 aa  458  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.85 
 
 
518 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.19 
 
 
529 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.7 
 
 
506 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.49 
 
 
506 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.29 
 
 
506 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.49 
 
 
506 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.46 
 
 
518 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.46 
 
 
518 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
531 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.7 
 
 
530 aa  443  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.95 
 
 
508 aa  443  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.29 
 
 
506 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.73 
 
 
512 aa  442  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.48 
 
 
526 aa  443  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.21 
 
 
525 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.99 
 
 
530 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.51 
 
 
517 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.18 
 
 
504 aa  437  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.25 
 
 
523 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.19 
 
 
511 aa  438  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.19 
 
 
530 aa  437  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
504 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  46.8 
 
 
504 aa  433  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
504 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  46.8 
 
 
504 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.99 
 
 
504 aa  434  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
504 aa  432  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.99 
 
 
504 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.75 
 
 
516 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.65 
 
 
506 aa  431  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
504 aa  429  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
510 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.59 
 
 
550 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.47 
 
 
538 aa  409  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.09 
 
 
512 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.62 
 
 
509 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.89 
 
 
522 aa  398  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  45.73 
 
 
509 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  58.58 
 
 
551 aa  286  5e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  39.58 
 
 
513 aa  280  3e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.66 
 
 
875 aa  275  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.71 
 
 
463 aa  272  9e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  55.33 
 
 
551 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  45.99 
 
 
630 aa  270  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.98 
 
 
466 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.18 
 
 
541 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.91 
 
 
648 aa  265  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  39.4 
 
 
455 aa  264  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  43.85 
 
 
629 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.69 
 
 
670 aa  265  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  43.85 
 
 
629 aa  265  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.69 
 
 
670 aa  265  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  39.69 
 
 
670 aa  265  2e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  43.24 
 
 
515 aa  264  2e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  39.69 
 
 
668 aa  264  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.69 
 
 
670 aa  264  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  39.69 
 
 
670 aa  264  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0110  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.47 
 
 
457 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.200769  normal  0.23433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.01 
 
 
562 aa  263  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  55.64 
 
 
585 aa  263  4.999999999999999e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4327  Sigma 54 interacting domain protein  39.47 
 
 
507 aa  263  6e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.945677  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.66 
 
 
653 aa  263  6.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.06 
 
 
459 aa  263  8e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.81 
 
 
601 aa  263  8e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  49.66 
 
 
639 aa  262  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  39.38 
 
 
670 aa  262  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.28 
 
 
458 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.83 
 
 
1082 aa  261  3e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.96 
 
 
461 aa  260  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.62 
 
 
635 aa  261  3e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  48.33 
 
 
641 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>