More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4656 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  85.69 
 
 
510 aa  808    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  75.63 
 
 
522 aa  712    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
511 aa  1000    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
511 aa  1000    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  76.32 
 
 
525 aa  712    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.19 
 
 
536 aa  654    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.94 
 
 
540 aa  653    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.57 
 
 
506 aa  599  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  55.99 
 
 
518 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  55.08 
 
 
518 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.81 
 
 
516 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  55.6 
 
 
518 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.72 
 
 
516 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.71 
 
 
517 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.93 
 
 
526 aa  485  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.42 
 
 
517 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.04 
 
 
517 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.53 
 
 
532 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  56.34 
 
 
530 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.46 
 
 
531 aa  477  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.5 
 
 
523 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.32 
 
 
514 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.58 
 
 
531 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.69 
 
 
529 aa  461  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.11 
 
 
525 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.11 
 
 
552 aa  458  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.73 
 
 
529 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.34 
 
 
516 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.74 
 
 
518 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.72 
 
 
508 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.32 
 
 
511 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.83 
 
 
517 aa  438  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  47.22 
 
 
510 aa  437  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.94 
 
 
518 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.8 
 
 
530 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.76 
 
 
525 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.65 
 
 
518 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.91 
 
 
506 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.32 
 
 
506 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.48 
 
 
517 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.99 
 
 
512 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.51 
 
 
530 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.6 
 
 
511 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.12 
 
 
506 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.12 
 
 
506 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.28 
 
 
510 aa  425  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.92 
 
 
506 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.51 
 
 
504 aa  421  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.31 
 
 
504 aa  419  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
504 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.32 
 
 
522 aa  421  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.25 
 
 
506 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.69 
 
 
504 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  49.69 
 
 
504 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.93 
 
 
527 aa  418  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  49.69 
 
 
504 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
504 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.69 
 
 
504 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.1 
 
 
538 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.6 
 
 
528 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.3 
 
 
530 aa  412  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.69 
 
 
504 aa  413  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.34 
 
 
516 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.03 
 
 
512 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.7 
 
 
509 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  44.49 
 
 
509 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.17 
 
 
550 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  46.94 
 
 
466 aa  295  2e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.97 
 
 
463 aa  278  1e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  44.96 
 
 
448 aa  274  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.6 
 
 
653 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.57 
 
 
455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.88 
 
 
455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  43.69 
 
 
505 aa  268  1e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.71 
 
 
473 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.71 
 
 
473 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.19 
 
 
473 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.78 
 
 
453 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.63 
 
 
551 aa  267  2.9999999999999995e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  42.36 
 
 
579 aa  266  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  46.57 
 
 
539 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.93 
 
 
455 aa  266  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.53 
 
 
457 aa  266  8e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  46.79 
 
 
551 aa  266  8e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  38.26 
 
 
513 aa  265  1e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
454 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0670  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
464 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.53 
 
 
592 aa  265  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0838  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.17 
 
 
457 aa  265  2e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.53 
 
 
592 aa  265  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.67 
 
 
448 aa  265  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.46 
 
 
453 aa  264  3e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  47.87 
 
 
629 aa  264  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.41 
 
 
470 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.34 
 
 
452 aa  263  4e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.23 
 
 
461 aa  264  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0964  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  45.54 
 
 
478 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.22 
 
 
477 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.01 
 
 
457 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  39.11 
 
 
471 aa  263  6e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>