More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4379 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.97 
 
 
531 aa  669    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  90.93 
 
 
518 aa  932    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  89.72 
 
 
518 aa  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  78.38 
 
 
517 aa  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  89.72 
 
 
518 aa  897    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.43 
 
 
552 aa  699    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.44 
 
 
530 aa  670    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  72.73 
 
 
517 aa  737    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  71.46 
 
 
517 aa  728    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.85 
 
 
532 aa  698    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.73 
 
 
529 aa  682    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.43 
 
 
531 aa  640    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
516 aa  1025    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  71.37 
 
 
516 aa  712    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.08 
 
 
514 aa  627  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  64.19 
 
 
523 aa  602  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.74 
 
 
529 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.02 
 
 
526 aa  514  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  56.51 
 
 
525 aa  498  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.05 
 
 
527 aa  489  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.92 
 
 
511 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.92 
 
 
511 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
517 aa  488  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.3 
 
 
540 aa  488  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.1 
 
 
536 aa  484  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  49.03 
 
 
510 aa  479  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.97 
 
 
522 aa  478  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.34 
 
 
516 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.37 
 
 
506 aa  473  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.44 
 
 
512 aa  471  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  55.36 
 
 
510 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.65 
 
 
518 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.57 
 
 
511 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.19 
 
 
508 aa  468  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.29 
 
 
511 aa  464  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.78 
 
 
528 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.42 
 
 
525 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.36 
 
 
518 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.81 
 
 
530 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.23 
 
 
530 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.88 
 
 
518 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
530 aa  459  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.31 
 
 
525 aa  455  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.13 
 
 
516 aa  455  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.4 
 
 
506 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.59 
 
 
506 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.4 
 
 
506 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.18 
 
 
506 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.83 
 
 
517 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.4 
 
 
506 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.39 
 
 
506 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.5 
 
 
504 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
504 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.6 
 
 
504 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  49.6 
 
 
504 aa  443  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  49.6 
 
 
504 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.95 
 
 
550 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.5 
 
 
504 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.7 
 
 
504 aa  442  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.6 
 
 
504 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.99 
 
 
512 aa  440  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.61 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.1 
 
 
504 aa  438  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.01 
 
 
509 aa  426  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.35 
 
 
522 aa  422  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.42 
 
 
538 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  45.38 
 
 
509 aa  415  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.28 
 
 
455 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.9 
 
 
455 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.84 
 
 
453 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.6 
 
 
455 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.98 
 
 
459 aa  279  8e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.68 
 
 
466 aa  278  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.56 
 
 
517 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  34.72 
 
 
505 aa  277  3e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.11 
 
 
458 aa  276  7e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  44.79 
 
 
448 aa  276  7e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.34 
 
 
473 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.34 
 
 
473 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.42 
 
 
463 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.97 
 
 
539 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  37.76 
 
 
542 aa  274  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  43.16 
 
 
455 aa  273  7e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.19 
 
 
454 aa  273  7e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.07 
 
 
477 aa  272  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
473 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.37 
 
 
601 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  55.51 
 
 
630 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.22 
 
 
470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  37.75 
 
 
513 aa  270  5e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  54.09 
 
 
551 aa  270  7e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  41 
 
 
508 aa  269  7e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.44 
 
 
875 aa  269  8e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2601  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.61 
 
 
466 aa  268  1e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  54.72 
 
 
629 aa  268  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.82 
 
 
693 aa  268  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.64 
 
 
481 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  54.72 
 
 
629 aa  268  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.64 
 
 
481 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  43.94 
 
 
558 aa  266  5.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>