More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3166 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  77.25 
 
 
510 aa  720    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  77.18 
 
 
522 aa  750    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  76.32 
 
 
511 aa  741    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.94 
 
 
540 aa  673    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
525 aa  1038    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  76.32 
 
 
511 aa  741    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70 
 
 
536 aa  673    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.08 
 
 
506 aa  585  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  55.6 
 
 
517 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.99 
 
 
518 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.17 
 
 
517 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.53 
 
 
516 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.72 
 
 
518 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.53 
 
 
518 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  54.44 
 
 
516 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.45 
 
 
517 aa  477  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  56.3 
 
 
514 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.42 
 
 
532 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.58 
 
 
526 aa  464  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.19 
 
 
529 aa  462  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.85 
 
 
525 aa  456  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.27 
 
 
529 aa  455  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.27 
 
 
531 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.72 
 
 
523 aa  454  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  53.42 
 
 
530 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.83 
 
 
531 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.66 
 
 
552 aa  445  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.55 
 
 
528 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.49 
 
 
508 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  46.73 
 
 
510 aa  436  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.24 
 
 
517 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.32 
 
 
511 aa  435  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.58 
 
 
516 aa  430  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.31 
 
 
510 aa  428  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.29 
 
 
518 aa  428  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.59 
 
 
517 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.49 
 
 
511 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
530 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
504 aa  423  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
504 aa  423  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.75 
 
 
512 aa  423  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.3 
 
 
518 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
504 aa  421  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.07 
 
 
527 aa  422  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.7 
 
 
504 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.81 
 
 
525 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.09 
 
 
518 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
504 aa  421  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.2 
 
 
506 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.49 
 
 
504 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.2 
 
 
506 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  49.49 
 
 
504 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  49.49 
 
 
504 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.3 
 
 
530 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.2 
 
 
506 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.2 
 
 
506 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50 
 
 
506 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.49 
 
 
504 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.46 
 
 
522 aa  414  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.14 
 
 
506 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.32 
 
 
512 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.24 
 
 
550 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.69 
 
 
516 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.18 
 
 
509 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.89 
 
 
530 aa  392  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  43.9 
 
 
509 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.32 
 
 
538 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  44.42 
 
 
466 aa  280  4e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.2 
 
 
544 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.53 
 
 
551 aa  275  2.0000000000000002e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  46.9 
 
 
539 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  46.2 
 
 
542 aa  273  5.000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
653 aa  272  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  46.76 
 
 
448 aa  272  1e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.99 
 
 
544 aa  271  2e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  47.91 
 
 
549 aa  271  2e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.14 
 
 
875 aa  270  5.9999999999999995e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.31 
 
 
630 aa  269  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.67 
 
 
748 aa  268  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  47.59 
 
 
537 aa  268  2e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.82 
 
 
513 aa  268  2.9999999999999995e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  41.21 
 
 
455 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.86 
 
 
543 aa  267  4e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.37 
 
 
458 aa  267  4e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.86 
 
 
515 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  44.48 
 
 
537 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
461 aa  265  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
545 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  43.56 
 
 
606 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.19 
 
 
561 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.79 
 
 
473 aa  263  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
510 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.79 
 
 
473 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.79 
 
 
473 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.43 
 
 
470 aa  263  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  46.95 
 
 
533 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1183  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
481 aa  263  8e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1114  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
501 aa  262  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  44.84 
 
 
551 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1585  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.06 
 
 
553 aa  261  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>