More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3475 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.25 
 
 
527 aa  635    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
529 aa  1076    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.59 
 
 
528 aa  620  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.02 
 
 
530 aa  601  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.58 
 
 
550 aa  538  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.04 
 
 
516 aa  522  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.48 
 
 
518 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.19 
 
 
516 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
517 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.54 
 
 
518 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.67 
 
 
518 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.59 
 
 
517 aa  515  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.85 
 
 
516 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.59 
 
 
517 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.74 
 
 
517 aa  510  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.47 
 
 
518 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  49.81 
 
 
510 aa  490  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.88 
 
 
511 aa  487  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.32 
 
 
525 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.52 
 
 
512 aa  482  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.89 
 
 
518 aa  485  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
506 aa  483  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.46 
 
 
518 aa  484  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.42 
 
 
517 aa  481  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.16 
 
 
530 aa  479  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.97 
 
 
506 aa  478  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.78 
 
 
508 aa  476  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.31 
 
 
529 aa  478  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.45 
 
 
516 aa  473  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.36 
 
 
511 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.46 
 
 
530 aa  468  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.14 
 
 
532 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.21 
 
 
531 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.66 
 
 
510 aa  463  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.24 
 
 
530 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.85 
 
 
506 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.21 
 
 
552 aa  461  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.84 
 
 
506 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.7 
 
 
514 aa  461  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.65 
 
 
506 aa  458  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.65 
 
 
506 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.65 
 
 
506 aa  458  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.67 
 
 
523 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.27 
 
 
504 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.46 
 
 
504 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  48.27 
 
 
504 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.26 
 
 
504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.26 
 
 
504 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  48.27 
 
 
504 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.46 
 
 
504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.08 
 
 
531 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.65 
 
 
504 aa  451  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.7 
 
 
525 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.88 
 
 
504 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.93 
 
 
526 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.7 
 
 
512 aa  443  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  43.36 
 
 
509 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.73 
 
 
511 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.48 
 
 
536 aa  432  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.24 
 
 
522 aa  432  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.73 
 
 
511 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.59 
 
 
525 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.14 
 
 
540 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  43.75 
 
 
509 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.13 
 
 
538 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.03 
 
 
522 aa  419  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.29 
 
 
510 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  54.37 
 
 
551 aa  292  9e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.48 
 
 
875 aa  281  3e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  39.72 
 
 
690 aa  276  9e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.01 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.15 
 
 
608 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.15 
 
 
608 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  44.87 
 
 
630 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.8 
 
 
670 aa  269  7e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  37.35 
 
 
513 aa  269  8e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  41.57 
 
 
668 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  41.57 
 
 
670 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  53.39 
 
 
639 aa  268  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  39.66 
 
 
608 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.27 
 
 
470 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.57 
 
 
670 aa  267  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.74 
 
 
502 aa  267  4e-70  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.57 
 
 
648 aa  267  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.75 
 
 
463 aa  266  7e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  41.44 
 
 
670 aa  266  8.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  39.42 
 
 
606 aa  266  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.87 
 
 
470 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.44 
 
 
670 aa  266  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  43.85 
 
 
629 aa  266  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.65 
 
 
653 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  43.85 
 
 
629 aa  265  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  41.69 
 
 
515 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  52.59 
 
 
551 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  41.34 
 
 
670 aa  265  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  44.31 
 
 
556 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  57.21 
 
 
648 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.3 
 
 
544 aa  265  2e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>