More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3169 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  98.02 
 
 
504 aa  993    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  66.93 
 
 
508 aa  663    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  98.02 
 
 
504 aa  993    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
504 aa  1017    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  87.57 
 
 
506 aa  844    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  87.97 
 
 
506 aa  848    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.63 
 
 
516 aa  637    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  98.02 
 
 
504 aa  993    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  98.21 
 
 
504 aa  996    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  98.02 
 
 
504 aa  993    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  87.97 
 
 
506 aa  850    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  87.97 
 
 
506 aa  847    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  99.6 
 
 
504 aa  1009    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  98.81 
 
 
504 aa  1003    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  65.76 
 
 
510 aa  641    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.47 
 
 
511 aa  661    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  88.17 
 
 
506 aa  850    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.34 
 
 
530 aa  667    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  99.4 
 
 
504 aa  1007    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  83.9 
 
 
530 aa  847    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.47 
 
 
511 aa  625  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.27 
 
 
517 aa  621  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.69 
 
 
518 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.89 
 
 
518 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.31 
 
 
518 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.42 
 
 
517 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.83 
 
 
525 aa  591  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.91 
 
 
516 aa  589  1e-167  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  60.2 
 
 
510 aa  586  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  57.17 
 
 
512 aa  580  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.76 
 
 
506 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.78 
 
 
528 aa  484  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.2 
 
 
517 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.65 
 
 
527 aa  465  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.88 
 
 
529 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.17 
 
 
516 aa  461  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50 
 
 
517 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.1 
 
 
517 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.47 
 
 
552 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.47 
 
 
530 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.2 
 
 
518 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.26 
 
 
530 aa  450  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.5 
 
 
518 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
531 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50 
 
 
518 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
532 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.07 
 
 
550 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.9 
 
 
516 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.71 
 
 
523 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.57 
 
 
529 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
506 aa  435  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.98 
 
 
514 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.81 
 
 
510 aa  426  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.63 
 
 
526 aa  428  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.09 
 
 
509 aa  422  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.14 
 
 
512 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.97 
 
 
538 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.94 
 
 
531 aa  420  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.69 
 
 
511 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  46.58 
 
 
509 aa  412  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.69 
 
 
511 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.17 
 
 
522 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.29 
 
 
536 aa  402  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.89 
 
 
522 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.09 
 
 
525 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.48 
 
 
540 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.63 
 
 
525 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.34 
 
 
454 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  48.8 
 
 
466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  40.91 
 
 
596 aa  273  6e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  38.14 
 
 
549 aa  272  8.000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  46.42 
 
 
551 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.43 
 
 
458 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.34 
 
 
544 aa  269  1e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.73 
 
 
542 aa  268  1e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  43.04 
 
 
508 aa  269  1e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  54.85 
 
 
551 aa  268  2e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  36.96 
 
 
513 aa  268  2e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.9 
 
 
608 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.9 
 
 
608 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0199  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
451 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.940712  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.19 
 
 
543 aa  266  5e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.34 
 
 
524 aa  266  5.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  42.48 
 
 
627 aa  266  5.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  40.15 
 
 
608 aa  266  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.05 
 
 
455 aa  266  7e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  39.39 
 
 
606 aa  266  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  38.53 
 
 
537 aa  265  1e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  49.2 
 
 
533 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.24 
 
 
581 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  48.09 
 
 
639 aa  265  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  35.64 
 
 
505 aa  262  8.999999999999999e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.33 
 
 
473 aa  262  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.33 
 
 
473 aa  262  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  44.41 
 
 
624 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.86 
 
 
466 aa  261  2e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  48.4 
 
 
629 aa  261  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  46.77 
 
 
539 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0838  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.74 
 
 
457 aa  261  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.4 
 
 
630 aa  261  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>