More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1196 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  65.15 
 
 		 525 aa  707    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  66.92 
 
 		 532 aa  718    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  67.11 
 
 		 532 aa  718    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  71.94 
 
 		 535 aa  762    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  63.13 
 
 		 537 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  66.92 
 
 		 530 aa  714    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  66.92 
 
 		 532 aa  718    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  67.49 
 
 		 532 aa  721    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  84.24 
 
 		 533 aa  915    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  68.91 
 
 		 538 aa  746    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.71 
 
 		 530 aa  653    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  83.71 
 
 		 532 aa  900    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  69.16 
 
 		 567 aa  747    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  66.92 
 
 		 532 aa  718    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  67.74 
 
 		 527 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  67.11 
 
 		 532 aa  721    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.04 
 
 		 531 aa  652    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.16 
 
 		 531 aa  652    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  67.11 
 
 		 532 aa  715    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  66.73 
 
 		 532 aa  716    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  64.83 
 
 		 527 aa  702    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.23 
 
 		 535 aa  653    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  100 
 
 		 533 aa  1077    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  69.36 
 
 		 604 aa  749    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  65.34 
 
 		 529 aa  700    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  67.92 
 
 		 527 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  68.91 
 
 		 538 aa  747    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  83.9 
 
 		 531 aa  901    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  69.1 
 
 		 538 aa  748    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  68.3 
 
 		 544 aa  708    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.02 
 
 		 566 aa  623  1e-177  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  57.12 
 
 		 576 aa  603  1.0000000000000001e-171  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 		 451 aa  177  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.59 
 
 		 512 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2922  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  28.88 
 
 		 491 aa  172  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  40.53 
 
 		 476 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37 
 
 		 449 aa  167  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.67 
 
 		 457 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.12 
 
 		 466 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  31.38 
 
 		 616 aa  164  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  38.08 
 
 		 445 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  37.31 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  37.93 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  37.93 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  37.93 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.16 
 
 		 458 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0041  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161462 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1034  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.33 
 
 		 449 aa  163  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.6 
 
 		 477 aa  163  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  163  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.59 
 
 		 462 aa  162  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.43 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  39.74 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.74 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1545  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.66 
 
 		 478 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.224359  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  37.74 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 455 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  37.55 
 
 		 444 aa  162  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  37.55 
 
 		 444 aa  162  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 465 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  37.55 
 
 		 444 aa  162  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.52 
 
 		 455 aa  162  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.22 
 
 		 476 aa  162  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  36.43 
 
 		 509 aa  161  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  40.46 
 
 		 449 aa  161  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.23 
 
 		 477 aa  161  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0965  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.93 
 
 		 462 aa  161  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  30.37 
 
 		 616 aa  160  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.11 
 
 		 455 aa  160  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  30.37 
 
 		 616 aa  160  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 445 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.79 
 
 		 772 aa  161  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.74 
 
 		 477 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  35.45 
 
 		 446 aa  160  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  31.29 
 
 		 616 aa  160  5e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.74 
 
 		 445 aa  160  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  37.16 
 
 		 444 aa  160  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.16 
 
 		 444 aa  160  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  30.67 
 
 		 616 aa  160  6e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  37.16 
 
 		 444 aa  160  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  34.54 
 
 		 470 aa  160  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 444 aa  160  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  37.16 
 
 		 444 aa  160  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  37.16 
 
 		 444 aa  160  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0686  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.13 
 
 		 466 aa  160  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000032274 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2786  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 477 aa  160  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  160  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0244  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.78 
 
 		 578 aa  160  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4112  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.06 
 
 		 475 aa  160  8e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0569417  normal  0.70115 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.34 
 
 		 456 aa  159  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.11 
 
 		 455 aa  159  9e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.11 
 
 		 455 aa  159  9e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.11 
 
 		 455 aa  159  9e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3269  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 467 aa  159  9e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>