More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1944 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  66.79 
 
 		 532 aa  721    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  66.6 
 
 		 532 aa  719    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  69.19 
 
 		 527 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  62.94 
 
 		 537 aa  647    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  70.86 
 
 		 535 aa  744    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  66.79 
 
 		 530 aa  718    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  64.77 
 
 		 527 aa  699    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.99 
 
 		 531 aa  635    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  66.79 
 
 		 532 aa  721    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  66.02 
 
 		 544 aa  686    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  100 
 
 		 533 aa  1082    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  67.04 
 
 		 538 aa  727    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  66.11 
 
 		 567 aa  723    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  66.79 
 
 		 532 aa  725    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  63.83 
 
 		 529 aa  688    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  66.42 
 
 		 532 aa  720    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  84.24 
 
 		 533 aa  915    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  82.04 
 
 		 532 aa  870    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60.23 
 
 		 531 aa  635    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  69.38 
 
 		 527 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  66.79 
 
 		 532 aa  721    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  65.99 
 
 		 604 aa  724    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.83 
 
 		 535 aa  647    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  67.04 
 
 		 538 aa  727    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  82.42 
 
 		 531 aa  872    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  66.36 
 
 		 538 aa  722    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  65.15 
 
 		 525 aa  701    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  66.79 
 
 		 532 aa  720    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  66.6 
 
 		 532 aa  724    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60.87 
 
 		 530 aa  627  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.39 
 
 		 566 aa  624  1e-177  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  56.97 
 
 		 576 aa  607  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.93 
 
 		 512 aa  180  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  36.21 
 
 		 445 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  36.21 
 
 		 445 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  36.21 
 
 		 445 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  36.21 
 
 		 445 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  36.21 
 
 		 445 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 		 451 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  35.22 
 
 		 444 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  35.22 
 
 		 444 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  35.22 
 
 		 444 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  34.88 
 
 		 444 aa  170  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  34.88 
 
 		 444 aa  170  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.88 
 
 		 444 aa  170  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  34.88 
 
 		 444 aa  170  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 444 aa  170  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  34.88 
 
 		 444 aa  170  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0041  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 445 aa  167  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161462 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 445 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.992832  normal  0.337936 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 445 aa  166  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.85 
 
 		 449 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.29 
 
 		 445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.22 
 
 		 466 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.11 
 
 		 457 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  33.23 
 
 		 476 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.84 
 
 		 462 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2922  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  28.17 
 
 		 491 aa  164  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.23 
 
 		 445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  40.08 
 
 		 470 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  36.5 
 
 		 446 aa  164  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  34.23 
 
 		 445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1226  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.97 
 
 		 445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1034  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.11 
 
 		 449 aa  163  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.76 
 
 		 477 aa  163  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1545  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.08 
 
 		 478 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.224359  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.43 
 
 		 477 aa  163  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  31.47 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.65 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.76 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0244  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.59 
 
 		 578 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 462 aa  162  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.44 
 
 		 458 aa  162  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.94 
 
 		 602 aa  161  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1756  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38 
 
 		 450 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.562134  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.87 
 
 		 449 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  35.53 
 
 		 509 aa  160  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4112  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.85 
 
 		 475 aa  160  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0569417  normal  0.70115 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  40.25 
 
 		 445 aa  160  7e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.01 
 
 		 464 aa  160  8e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.88 
 
 		 445 aa  160  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.62 
 
 		 772 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.23 
 
 		 445 aa  159  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  31.76 
 
 		 477 aa  159  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.7 
 
 		 455 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.01 
 
 		 464 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 458 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.53 
 
 		 477 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.6 
 
 		 560 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2341  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 450 aa  159  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6393  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 455 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106085 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5645  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 455 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  0.173621 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 458 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.18 
 
 		 477 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 455 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3097  two component Fis family transcriptional regulator  40 
 
 		 535 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 458 aa  158  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.13 
 
 		 477 aa  158  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 449 aa  159  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>