More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_1274 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  60.49 
 
 
532 aa  635    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60.49 
 
 
532 aa  635    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.02 
 
 
530 aa  655    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  62.15 
 
 
532 aa  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  60.49 
 
 
532 aa  635    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.25 
 
 
532 aa  640    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.06 
 
 
532 aa  635    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  100 
 
 
566 aa  1148    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.44 
 
 
532 aa  641    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  60.49 
 
 
532 aa  635    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  62.52 
 
 
531 aa  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  60.3 
 
 
532 aa  631  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  60.72 
 
 
535 aa  632  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  60.49 
 
 
530 aa  629  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.39 
 
 
533 aa  624  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.02 
 
 
533 aa  623  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60 
 
 
535 aa  618  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.13 
 
 
538 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.95 
 
 
538 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  59.77 
 
 
529 aa  618  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  57.66 
 
 
527 aa  613  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  60.27 
 
 
527 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58 
 
 
604 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  59.89 
 
 
527 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58 
 
 
538 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  58.13 
 
 
525 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  57.35 
 
 
576 aa  609  1e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  57.84 
 
 
537 aa  607  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  58 
 
 
567 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.74 
 
 
531 aa  585  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.37 
 
 
544 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  55.74 
 
 
531 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1977  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.35 
 
 
447 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.76 
 
 
455 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.23 
 
 
456 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0638  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.04 
 
 
453 aa  167  6.9999999999999995e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01515  rteB, two-component system response regulator  32.66 
 
 
478 aa  164  3e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0452402  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0475  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.06 
 
 
453 aa  164  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.318452  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.6 
 
 
455 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0400  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.6 
 
 
455 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0351818  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.82 
 
 
451 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.49 
 
 
458 aa  163  9e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.6 
 
 
455 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.6 
 
 
455 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.6 
 
 
455 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.71 
 
 
664 aa  163  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.51 
 
 
454 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.23 
 
 
455 aa  162  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.6 
 
 
455 aa  162  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  31.82 
 
 
616 aa  162  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.23 
 
 
455 aa  161  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.74 
 
 
394 aa  161  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2034  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.64 
 
 
449 aa  161  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0792682  normal  0.101595 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.92 
 
 
460 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.53 
 
 
449 aa  161  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2708  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.17 
 
 
468 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  31.5 
 
 
670 aa  160  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  31.5 
 
 
670 aa  160  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.23 
 
 
444 aa  160  7e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.415197  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  31.68 
 
 
476 aa  160  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.96 
 
 
454 aa  160  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.23 
 
 
465 aa  160  8e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1482  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.55 
 
 
458 aa  159  9e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.712271  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0214  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.4 
 
 
495 aa  159  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308761  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0304  putative PAS/PAC sensor protein  36.25 
 
 
459 aa  159  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.69 
 
 
553 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3238  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.47 
 
 
457 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.963577  normal  0.879643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
494 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202391  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1965  response regulatory protein, sigma 54 related  36.36 
 
 
384 aa  159  1e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0275961  normal  0.129103 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4948  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.9 
 
 
455 aa  159  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
454 aa  159  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  32.19 
 
 
668 aa  159  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.02 
 
 
461 aa  159  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.19 
 
 
670 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3149  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
495 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0143098 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.16 
 
 
534 aa  158  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.91 
 
 
469 aa  159  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1034  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
449 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  40.91 
 
 
582 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.74 
 
 
575 aa  158  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.52 
 
 
387 aa  159  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0372  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.51 
 
 
455 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.79 
 
 
458 aa  159  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  32.19 
 
 
670 aa  159  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.24 
 
 
458 aa  159  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.79 
 
 
458 aa  159  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.69 
 
 
460 aa  158  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.1 
 
 
459 aa  158  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  32.19 
 
 
648 aa  158  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.78 
 
 
461 aa  158  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.78 
 
 
461 aa  158  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.41 
 
 
455 aa  157  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.38 
 
 
461 aa  157  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.07 
 
 
458 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.59 
 
 
452 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.04 
 
 
466 aa  157  5.0000000000000005e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.5 
 
 
449 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0934  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.54 
 
 
461 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0738273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.18 
 
 
648 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.64 
 
 
457 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>