More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5434 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  63.67 
 
 
532 aa  704    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  64.29 
 
 
532 aa  714    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  63.67 
 
 
530 aa  701    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  63.72 
 
 
527 aa  699    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  63.67 
 
 
532 aa  704    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  69.74 
 
 
535 aa  744    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  62.76 
 
 
537 aa  647    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  93.33 
 
 
544 aa  967    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  64.04 
 
 
529 aa  711    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  67.04 
 
 
533 aa  727    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  68.91 
 
 
533 aa  747    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60.75 
 
 
530 aa  649    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  92.91 
 
 
567 aa  1006    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.67 
 
 
532 aa  704    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  64.04 
 
 
525 aa  707    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  63.3 
 
 
532 aa  704    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  64.23 
 
 
532 aa  711    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  70.04 
 
 
532 aa  761    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  63.67 
 
 
532 aa  706    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  93.47 
 
 
604 aa  1020    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  64.23 
 
 
532 aa  708    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  100 
 
 
538 aa  1088    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.39 
 
 
535 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  70.22 
 
 
531 aa  761    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  65.41 
 
 
527 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  93.47 
 
 
538 aa  1017    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  99.26 
 
 
538 aa  1080    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  65.6 
 
 
527 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.66 
 
 
531 aa  632  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  58.73 
 
 
576 aa  627  1e-178  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.24 
 
 
531 aa  616  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.95 
 
 
566 aa  616  1e-175  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.68 
 
 
458 aa  172  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.08 
 
 
466 aa  170  5e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
451 aa  170  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  42.15 
 
 
572 aa  170  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1258  two component Fis family transcriptional regulator  41 
 
 
486 aa  169  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  40.81 
 
 
597 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 
458 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 
458 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  39.42 
 
 
476 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  40.93 
 
 
547 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.68 
 
 
449 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  38.89 
 
 
469 aa  166  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  39.08 
 
 
444 aa  166  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.42 
 
 
457 aa  166  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  39.08 
 
 
444 aa  166  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  39.08 
 
 
444 aa  166  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4112  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.86 
 
 
475 aa  166  9e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0569417  normal  0.70115 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2554  type 4 fimbriae expression regulatory protein PilR  40.51 
 
 
452 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.44 
 
 
477 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  38.7 
 
 
444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.7 
 
 
444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  38.7 
 
 
444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 
474 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4155  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.9 
 
 
455 aa  165  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.55 
 
 
462 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.7 
 
 
444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  38.7 
 
 
444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.06 
 
 
489 aa  165  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  38.7 
 
 
444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.74 
 
 
449 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.08 
 
 
456 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  37.31 
 
 
445 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.6 
 
 
477 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.19 
 
 
476 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0041  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.62 
 
 
445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.161462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  37.31 
 
 
445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  37.31 
 
 
445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  37.31 
 
 
445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.12 
 
 
458 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.11 
 
 
452 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  37.31 
 
 
445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.91 
 
 
445 aa  163  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.24 
 
 
461 aa  164  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.24 
 
 
461 aa  164  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2713  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.4 
 
 
454 aa  163  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  38.91 
 
 
445 aa  163  6e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.91 
 
 
445 aa  163  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.53 
 
 
445 aa  163  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1042  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.45 
 
 
465 aa  163  7e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000166307  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.55 
 
 
455 aa  163  7e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.71 
 
 
512 aa  163  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.61 
 
 
509 aa  163  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.59 
 
 
471 aa  163  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0650247 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  39.11 
 
 
477 aa  163  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1034  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.22 
 
 
449 aa  163  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.53 
 
 
445 aa  163  9e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.11 
 
 
477 aa  163  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2494  response regulator receiver protein  36.36 
 
 
452 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0660  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.14 
 
 
460 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0174  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.92 
 
 
451 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.57 
 
 
455 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
477 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.04 
 
 
477 aa  162  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.31 
 
 
470 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  37.72 
 
 
436 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.7 
 
 
445 aa  162  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  40.76 
 
 
445 aa  162  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
445 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>