More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0403 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  64.83 
 
 
533 aa  702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  61.03 
 
 
532 aa  670    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  61.22 
 
 
532 aa  669    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  62.45 
 
 
535 aa  681    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.03 
 
 
530 aa  665    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  60.84 
 
 
532 aa  667    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  64.77 
 
 
533 aa  699    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  62.97 
 
 
567 aa  689    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.03 
 
 
532 aa  670    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.35 
 
 
538 aa  695    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  60.46 
 
 
532 aa  667    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  100 
 
 
527 aa  1085    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  96.18 
 
 
525 aa  1041    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  61.03 
 
 
532 aa  670    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.35 
 
 
544 aa  661    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.92 
 
 
604 aa  701    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  59.89 
 
 
532 aa  661    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.72 
 
 
538 aa  699    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  66.23 
 
 
531 aa  717    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  61.03 
 
 
527 aa  663    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.04 
 
 
538 aa  700    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  74.24 
 
 
529 aa  825    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.03 
 
 
532 aa  671    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  61.03 
 
 
527 aa  663    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  65.66 
 
 
532 aa  710    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.33 
 
 
530 aa  622  1e-177  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.66 
 
 
566 aa  613  9.999999999999999e-175  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  56.06 
 
 
576 aa  607  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  56.87 
 
 
531 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.9 
 
 
535 aa  602  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.89 
 
 
531 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  58.24 
 
 
537 aa  603  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.16 
 
 
449 aa  179  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  35.65 
 
 
446 aa  177  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.55 
 
 
456 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.58 
 
 
461 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.58 
 
 
461 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.04 
 
 
451 aa  174  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.55 
 
 
455 aa  174  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.47 
 
 
449 aa  172  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.37 
 
 
462 aa  172  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  35.06 
 
 
444 aa  169  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.28 
 
 
445 aa  169  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.28 
 
 
445 aa  169  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  35.06 
 
 
444 aa  169  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  35.06 
 
 
444 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  35.28 
 
 
445 aa  169  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  35.71 
 
 
445 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  32.42 
 
 
445 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  32.42 
 
 
445 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  32.54 
 
 
512 aa  169  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  32.42 
 
 
445 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.92 
 
 
445 aa  168  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  32.42 
 
 
445 aa  169  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  36.63 
 
 
459 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.5 
 
 
466 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  34.74 
 
 
444 aa  167  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.74 
 
 
444 aa  167  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.92 
 
 
445 aa  167  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  34.74 
 
 
444 aa  167  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  34.74 
 
 
444 aa  167  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.74 
 
 
444 aa  167  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  34.74 
 
 
444 aa  167  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.46 
 
 
455 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.82 
 
 
458 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.82 
 
 
458 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2085  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.4 
 
 
453 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.67 
 
 
445 aa  165  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.992832  normal  0.337936 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1226  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.6 
 
 
445 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.09 
 
 
465 aa  164  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  34.51 
 
 
449 aa  164  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5447  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.57 
 
 
455 aa  164  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491011 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.83 
 
 
546 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.12 
 
 
466 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  30.69 
 
 
476 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.53 
 
 
464 aa  164  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.82 
 
 
458 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  40.34 
 
 
445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3389  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.86 
 
 
462 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.33 
 
 
477 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5645  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.49 
 
 
455 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  0.173621 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6393  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.49 
 
 
455 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106085 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3238  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.43 
 
 
457 aa  162  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.963577  normal  0.879643 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0498  two component response regulator  38.46 
 
 
451 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  39.83 
 
 
470 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  38.31 
 
 
576 aa  161  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  36.21 
 
 
597 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7013  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.91 
 
 
455 aa  161  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.624192  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1492  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.55 
 
 
569 aa  161  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.6 
 
 
484 aa  161  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.93 
 
 
445 aa  160  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
470 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.12 
 
 
650 aa  160  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.26 
 
 
502 aa  160  4e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.96 
 
 
442 aa  160  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.14 
 
 
446 aa  160  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  39.36 
 
 
580 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.29 
 
 
453 aa  160  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6043  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.49 
 
 
455 aa  160  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174163  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  33.33 
 
 
492 aa  160  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>