More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1470 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  58.76 
 
 
532 aa  644    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  58.57 
 
 
532 aa  643    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  58.57 
 
 
532 aa  642    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  58.95 
 
 
532 aa  644    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  62.15 
 
 
535 aa  670    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.16 
 
 
533 aa  652    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  58.76 
 
 
532 aa  644    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  61.19 
 
 
532 aa  650    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.76 
 
 
532 aa  644    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60.23 
 
 
533 aa  635    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  76.37 
 
 
531 aa  842    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  57.63 
 
 
532 aa  635    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  58.76 
 
 
532 aa  644    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  100 
 
 
531 aa  1082    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  58.76 
 
 
530 aa  639    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  66.73 
 
 
535 aa  726    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  68.66 
 
 
537 aa  749    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  61.01 
 
 
531 aa  650    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  58.19 
 
 
527 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  58.19 
 
 
527 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.05 
 
 
538 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.87 
 
 
604 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.24 
 
 
538 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  57.97 
 
 
567 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.87 
 
 
538 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  57.63 
 
 
525 aa  609  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  56.87 
 
 
527 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  56.95 
 
 
529 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  56.04 
 
 
530 aa  599  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.78 
 
 
544 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  53.25 
 
 
576 aa  581  1e-164  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  55.74 
 
 
566 aa  575  1.0000000000000001e-163  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.48 
 
 
451 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  37.92 
 
 
629 aa  171  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  37.71 
 
 
629 aa  169  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.46 
 
 
575 aa  169  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  40.16 
 
 
630 aa  167  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.56 
 
 
462 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1965  response regulatory protein, sigma 54 related  36.36 
 
 
384 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0275961  normal  0.129103 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2922  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.83 
 
 
491 aa  163  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.58 
 
 
455 aa  163  8.000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.76 
 
 
456 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.15 
 
 
459 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.25 
 
 
458 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.25 
 
 
458 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1701  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.12 
 
 
514 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5612  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.04 
 
 
772 aa  160  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.72 
 
 
387 aa  159  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3625  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39 
 
 
449 aa  159  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.01 
 
 
454 aa  159  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.83 
 
 
462 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
465 aa  159  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.39 
 
 
465 aa  158  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
466 aa  159  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0675  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.6 
 
 
579 aa  158  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.775979  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.25 
 
 
458 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  29.8 
 
 
512 aa  158  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3615  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.38 
 
 
383 aa  159  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
607 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2536  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.14 
 
 
477 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.29 
 
 
449 aa  158  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.61 
 
 
496 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01515  rteB, two-component system response regulator  31.29 
 
 
478 aa  157  3e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0452402  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.57 
 
 
458 aa  158  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.85 
 
 
772 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.83 
 
 
449 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.94 
 
 
455 aa  157  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.76 
 
 
484 aa  157  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1811  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.19 
 
 
474 aa  157  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.053001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.11 
 
 
461 aa  157  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.85 
 
 
533 aa  157  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.8 
 
 
455 aa  157  6e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.18 
 
 
472 aa  157  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3238  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.72 
 
 
457 aa  157  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.963577  normal  0.879643 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.85 
 
 
534 aa  157  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1545  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39 
 
 
478 aa  156  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.224359  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.49 
 
 
457 aa  156  9e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.46 
 
 
454 aa  156  9e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3149  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.41 
 
 
495 aa  156  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0143098 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 
466 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.91 
 
 
440 aa  156  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.4 
 
 
455 aa  155  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  35.63 
 
 
474 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.8 
 
 
455 aa  156  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.8 
 
 
455 aa  156  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2876  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.8 
 
 
496 aa  156  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0022159  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2980  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.8 
 
 
496 aa  156  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53687  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0214  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.8 
 
 
495 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308761  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.8 
 
 
455 aa  156  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.38 
 
 
457 aa  156  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1042  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.99 
 
 
465 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000166307  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1034  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 
449 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2753  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  38.8 
 
 
496 aa  156  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.99 
 
 
449 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1981  two-component response regulator, sigma-54 related  36.75 
 
 
448 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.472322  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3699  sigma 54 dependent transcriptional activator  38.73 
 
 
439 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  37.77 
 
 
476 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2554  type 4 fimbriae expression regulatory protein PilR  41.25 
 
 
452 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.34 
 
 
477 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.4 
 
 
455 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>