More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1472 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
451 aa  898    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.59 
 
 
445 aa  497  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.19 
 
 
455 aa  481  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.7 
 
 
455 aa  478  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6061  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.62 
 
 
461 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.85 
 
 
454 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.33 
 
 
456 aa  455  1e-127  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.65 
 
 
459 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.63 
 
 
453 aa  443  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.545382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.07 
 
 
459 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.85 
 
 
459 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.43 
 
 
459 aa  442  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4569  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.97 
 
 
456 aa  443  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.65 
 
 
459 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.43 
 
 
459 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  55.33 
 
 
459 aa  438  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4456  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.8 
 
 
457 aa  431  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.764911  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4088  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.58 
 
 
457 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.0065577  normal  0.672706 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  43.82 
 
 
461 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
461 aa  325  1e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.82 
 
 
461 aa  325  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.82 
 
 
461 aa  325  1e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  43.82 
 
 
461 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.82 
 
 
461 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.33 
 
 
499 aa  316  5e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.19 
 
 
457 aa  313  2.9999999999999996e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
451 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1931  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.48 
 
 
477 aa  311  2e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00933111  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1405  two component Fis family transcriptional regulator  51.05 
 
 
477 aa  309  5e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0781313  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.69 
 
 
456 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.7 
 
 
458 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.44 
 
 
469 aa  306  3e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.41 
 
 
466 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  38.71 
 
 
469 aa  305  8.000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  39.21 
 
 
478 aa  304  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  41.65 
 
 
445 aa  303  4.0000000000000003e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  44.05 
 
 
457 aa  303  5.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  43.96 
 
 
449 aa  303  6.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.58 
 
 
497 aa  302  8.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.2 
 
 
433 aa  301  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.32 
 
 
447 aa  301  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2381  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.17 
 
 
505 aa  301  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.68 
 
 
451 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.12 
 
 
446 aa  300  3e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  39.27 
 
 
469 aa  300  4e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  44.02 
 
 
443 aa  300  5e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.85 
 
 
453 aa  299  6e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.09 
 
 
473 aa  298  9e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.14 
 
 
480 aa  298  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.18 
 
 
448 aa  298  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.32 
 
 
447 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.36 
 
 
440 aa  298  1e-79  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.8 
 
 
458 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  41.78 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.9 
 
 
444 aa  296  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.35 
 
 
464 aa  296  6e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
433 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.47 
 
 
463 aa  296  7e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 
490 aa  295  9e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.88 
 
 
451 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.16 
 
 
459 aa  295  1e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.31 
 
 
452 aa  295  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  43.23 
 
 
471 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.19 
 
 
466 aa  294  2e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.62 
 
 
446 aa  294  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.16 
 
 
464 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.93 
 
 
451 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  46.32 
 
 
434 aa  294  3e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.14 
 
 
447 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.54 
 
 
469 aa  293  4e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.14 
 
 
447 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  44.01 
 
 
446 aa  293  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  42.02 
 
 
441 aa  293  6e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.41 
 
 
463 aa  292  7e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.5 
 
 
470 aa  292  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  42.78 
 
 
437 aa  292  9e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.31 
 
 
471 aa  292  9e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.44 
 
 
478 aa  291  1e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.08 
 
 
476 aa  291  1e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  42.78 
 
 
437 aa  291  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  50.62 
 
 
343 aa  292  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.37 
 
 
447 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.2 
 
 
454 aa  291  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  42.02 
 
 
441 aa  291  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.91 
 
 
447 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.02 
 
 
441 aa  290  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
452 aa  290  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  42.02 
 
 
441 aa  290  4e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  42.02 
 
 
441 aa  290  4e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  42.02 
 
 
441 aa  290  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  41.78 
 
 
441 aa  290  4e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  47.08 
 
 
376 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.06 
 
 
450 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.14 
 
 
457 aa  289  7e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 
469 aa  289  9e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.53 
 
 
467 aa  289  9e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156688  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.09 
 
 
435 aa  288  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  37.32 
 
 
479 aa  288  1e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>