More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3661 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  100 
 
 
434 aa  885    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.25 
 
 
436 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  68.36 
 
 
433 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.91 
 
 
433 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.59 
 
 
435 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  57.33 
 
 
444 aa  423  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  56.02 
 
 
443 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.02 
 
 
469 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.52 
 
 
451 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.37 
 
 
458 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.98 
 
 
481 aa  359  6e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.25 
 
 
451 aa  358  8e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  52.22 
 
 
471 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.07 
 
 
448 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.97 
 
 
451 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.94 
 
 
463 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  50.92 
 
 
471 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  51.83 
 
 
470 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.73 
 
 
497 aa  350  3e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.65 
 
 
447 aa  349  5e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  51.17 
 
 
473 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.18 
 
 
470 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  53.52 
 
 
342 aa  343  4e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.52 
 
 
342 aa  343  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  53.52 
 
 
342 aa  342  7e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  50.14 
 
 
455 aa  334  2e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.52 
 
 
476 aa  332  1e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  50.28 
 
 
445 aa  331  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.99 
 
 
446 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  50.42 
 
 
449 aa  327  3e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
469 aa  327  4.0000000000000003e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  49.45 
 
 
457 aa  325  9e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  48.73 
 
 
437 aa  323  3e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.56 
 
 
447 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.56 
 
 
447 aa  323  5e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  48.73 
 
 
437 aa  322  6e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.95 
 
 
459 aa  322  8e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.28 
 
 
447 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.28 
 
 
447 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  49.3 
 
 
449 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.44 
 
 
446 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.42 
 
 
446 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  48.74 
 
 
446 aa  320  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  50.71 
 
 
446 aa  320  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.48 
 
 
447 aa  319  7e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  44.73 
 
 
478 aa  318  9e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  48.31 
 
 
446 aa  318  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.2 
 
 
452 aa  317  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  46.84 
 
 
469 aa  317  2e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.44 
 
 
446 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.37 
 
 
473 aa  313  3.9999999999999997e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.08 
 
 
450 aa  310  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  48.16 
 
 
446 aa  310  4e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.66 
 
 
452 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  45.93 
 
 
469 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  46.11 
 
 
479 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0248  lateral flagellar RpoN-interacting regulatory protein LafK  51.54 
 
 
328 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.17 
 
 
457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3384  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.31 
 
 
328 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399889  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 
445 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.41 
 
 
461 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.41 
 
 
461 aa  294  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.41 
 
 
461 aa  294  3e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
461 aa  294  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  44.41 
 
 
461 aa  294  3e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.66 
 
 
455 aa  293  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.41 
 
 
461 aa  294  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.32 
 
 
451 aa  293  4e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.11 
 
 
490 aa  293  6e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.55 
 
 
469 aa  288  9e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.47 
 
 
459 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.51 
 
 
460 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.48 
 
 
448 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1385  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.08 
 
 
460 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.24 
 
 
457 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.59 
 
 
466 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.15 
 
 
459 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.46 
 
 
480 aa  282  6.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.86 
 
 
463 aa  282  6.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.62 
 
 
461 aa  282  8.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2498  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.56 
 
 
445 aa  281  1e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.89 
 
 
448 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.15 
 
 
459 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.84 
 
 
459 aa  281  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0320  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.28 
 
 
385 aa  281  2e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.2 
 
 
455 aa  280  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.93 
 
 
456 aa  280  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.79 
 
 
452 aa  280  5e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.11 
 
 
448 aa  279  6e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.37 
 
 
457 aa  279  6e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.56 
 
 
480 aa  279  6e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.48 
 
 
456 aa  279  8e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  48.97 
 
 
537 aa  278  9e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.25 
 
 
459 aa  278  9e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 
454 aa  279  9e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.51 
 
 
458 aa  279  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.51 
 
 
458 aa  279  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  46.84 
 
 
459 aa  278  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  47.16 
 
 
549 aa  278  1e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0637  response regulator receiver domain-containing protein  50.51 
 
 
384 aa  278  1e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00837548  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>