More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0079 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
433 aa  884    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  72.77 
 
 
435 aa  627  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  68.38 
 
 
433 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  65.91 
 
 
434 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.5 
 
 
436 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  57.68 
 
 
444 aa  426  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  56.87 
 
 
443 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.12 
 
 
469 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.75 
 
 
458 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.58 
 
 
481 aa  355  5.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.85 
 
 
497 aa  353  4e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
470 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  45.31 
 
 
445 aa  350  4e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.54 
 
 
451 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.27 
 
 
451 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  44.35 
 
 
471 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.71 
 
 
447 aa  348  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.54 
 
 
451 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  49.21 
 
 
473 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.14 
 
 
450 aa  343  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  49.34 
 
 
470 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.33 
 
 
463 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  43.92 
 
 
471 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  49.59 
 
 
455 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.13 
 
 
342 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  52.13 
 
 
342 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  51.83 
 
 
342 aa  336  5e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.54 
 
 
459 aa  336  5.999999999999999e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.19 
 
 
448 aa  335  7.999999999999999e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.3 
 
 
446 aa  335  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.16 
 
 
469 aa  333  3e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.3 
 
 
446 aa  333  4e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  43.36 
 
 
446 aa  333  5e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.01 
 
 
446 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.12 
 
 
447 aa  331  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.09 
 
 
452 aa  329  6e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  43.69 
 
 
446 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
447 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
447 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.6 
 
 
476 aa  326  4.0000000000000003e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 
447 aa  326  6e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.88 
 
 
447 aa  326  6e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.69 
 
 
446 aa  325  9e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  43.19 
 
 
449 aa  324  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  40.39 
 
 
469 aa  324  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  49 
 
 
449 aa  322  7e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  47.04 
 
 
446 aa  322  7e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  46.61 
 
 
457 aa  322  8e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.51 
 
 
452 aa  319  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  40.39 
 
 
469 aa  319  7e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  47.77 
 
 
446 aa  319  7.999999999999999e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  38.76 
 
 
478 aa  318  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.79 
 
 
473 aa  317  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  38.41 
 
 
479 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  45.08 
 
 
437 aa  311  2e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  45.08 
 
 
437 aa  310  4e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0248  lateral flagellar RpoN-interacting regulatory protein LafK  48.16 
 
 
328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.72 
 
 
461 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.72 
 
 
461 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.72 
 
 
461 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.72 
 
 
461 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.72 
 
 
461 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.87 
 
 
461 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3384  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.93 
 
 
328 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399889  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.2 
 
 
451 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.93 
 
 
457 aa  298  9e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.59 
 
 
455 aa  298  2e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.53 
 
 
457 aa  296  6e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.61 
 
 
501 aa  294  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.66 
 
 
445 aa  292  9e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.06 
 
 
463 aa  291  1e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0320  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.76 
 
 
385 aa  291  2e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.11 
 
 
459 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 
455 aa  289  6e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 
454 aa  289  6e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.48 
 
 
456 aa  289  6e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  47.42 
 
 
459 aa  289  7e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.36 
 
 
456 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.11 
 
 
452 aa  288  2e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
448 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.85 
 
 
459 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.83 
 
 
459 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.9 
 
 
469 aa  286  4e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.32 
 
 
448 aa  286  7e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.21 
 
 
453 aa  285  9e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.53 
 
 
459 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.6 
 
 
457 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.17 
 
 
458 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1462  putative alkyl-dihydroxyacetone phosphate synthase  38.15 
 
 
433 aa  283  4.0000000000000003e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.836146  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.55 
 
 
448 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.88 
 
 
490 aa  283  5.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.97 
 
 
452 aa  283  5.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2713  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.87 
 
 
454 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.41 
 
 
459 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.11 
 
 
459 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.74 
 
 
480 aa  282  9e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.79 
 
 
440 aa  281  1e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
464 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.3 
 
 
451 aa  282  1e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.65 
 
 
458 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>