More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3478 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
436 aa  889    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  87.27 
 
 
433 aa  760    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  70.25 
 
 
434 aa  621  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.5 
 
 
433 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.82 
 
 
435 aa  558  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  57.95 
 
 
443 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  58.49 
 
 
444 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.79 
 
 
469 aa  395  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  50.5 
 
 
471 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.7 
 
 
458 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.75 
 
 
470 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.07 
 
 
451 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.07 
 
 
451 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.07 
 
 
451 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.13 
 
 
463 aa  350  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.34 
 
 
481 aa  349  5e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  51.32 
 
 
471 aa  349  6e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  49.75 
 
 
473 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  50.25 
 
 
470 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.27 
 
 
448 aa  345  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.9 
 
 
497 aa  338  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  48.15 
 
 
445 aa  337  2.9999999999999997e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.67 
 
 
447 aa  332  6e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  49.86 
 
 
455 aa  330  3e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  51.52 
 
 
342 aa  329  5.0000000000000004e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.52 
 
 
342 aa  329  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  51.52 
 
 
342 aa  328  9e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.86 
 
 
446 aa  327  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.58 
 
 
446 aa  326  6e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.86 
 
 
446 aa  325  7e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  47.81 
 
 
457 aa  325  8.000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  49.58 
 
 
446 aa  325  1e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.86 
 
 
447 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.58 
 
 
446 aa  324  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.86 
 
 
447 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.58 
 
 
447 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.19 
 
 
450 aa  323  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.58 
 
 
447 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
473 aa  323  5e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  43.56 
 
 
478 aa  322  6e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  48.61 
 
 
446 aa  323  6e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  49.58 
 
 
446 aa  322  9.000000000000001e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  48.6 
 
 
446 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  48.32 
 
 
449 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  44.28 
 
 
469 aa  318  1e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.48 
 
 
452 aa  318  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.35 
 
 
447 aa  317  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.84 
 
 
459 aa  316  7e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.1 
 
 
452 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  48.01 
 
 
437 aa  313  2.9999999999999996e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  44.82 
 
 
479 aa  312  5.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.5 
 
 
469 aa  311  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
476 aa  310  4e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  47.73 
 
 
437 aa  309  5.9999999999999995e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  44.56 
 
 
469 aa  309  5.9999999999999995e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  49.58 
 
 
449 aa  309  6.999999999999999e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0248  lateral flagellar RpoN-interacting regulatory protein LafK  48.47 
 
 
328 aa  303  6.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3384  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.16 
 
 
328 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399889  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.8 
 
 
457 aa  300  3e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.91 
 
 
457 aa  293  5e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.43 
 
 
461 aa  292  9e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.7 
 
 
461 aa  292  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.43 
 
 
461 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
461 aa  290  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.43 
 
 
461 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.43 
 
 
461 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.42 
 
 
455 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.33 
 
 
445 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.81 
 
 
451 aa  286  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.32 
 
 
455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.6 
 
 
463 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 
469 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.51 
 
 
455 aa  283  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.99 
 
 
461 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.78 
 
 
448 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.76 
 
 
453 aa  282  7.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.32 
 
 
457 aa  282  9e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.63 
 
 
460 aa  282  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.67 
 
 
454 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.82 
 
 
455 aa  280  3e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.95 
 
 
459 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.5 
 
 
456 aa  280  3e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.05 
 
 
459 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  47.35 
 
 
368 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03284  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, Fis family protein  41.64 
 
 
453 aa  279  6e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  47.66 
 
 
368 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1931  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.84 
 
 
477 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00933111  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
466 aa  278  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.42 
 
 
459 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.78 
 
 
459 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.17 
 
 
441 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.51 
 
 
441 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.17 
 
 
441 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
448 aa  276  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.22 
 
 
452 aa  276  4e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.89 
 
 
542 aa  276  4e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0320  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.62 
 
 
385 aa  276  5e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.42 
 
 
459 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 
456 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>