More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3467 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  100 
 
 
368 aa  749    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  97.28 
 
 
368 aa  733    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  84.97 
 
 
367 aa  642    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.87 
 
 
367 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  77.6 
 
 
367 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  77.72 
 
 
376 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  77.26 
 
 
367 aa  578  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  77.72 
 
 
376 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  77.32 
 
 
366 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  80.06 
 
 
367 aa  573  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.13 
 
 
373 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.41 
 
 
366 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.61 
 
 
375 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.61 
 
 
375 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  59.83 
 
 
361 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  59.83 
 
 
361 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.81 
 
 
375 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  59.03 
 
 
352 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.11 
 
 
389 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.18 
 
 
376 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  59.88 
 
 
376 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.26 
 
 
391 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  54.67 
 
 
381 aa  394  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.24 
 
 
375 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.39 
 
 
372 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.67 
 
 
377 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.27 
 
 
373 aa  352  5e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  51.46 
 
 
343 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.85 
 
 
386 aa  303  4.0000000000000003e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  44.61 
 
 
445 aa  290  4e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
447 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.55 
 
 
451 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.2 
 
 
478 aa  281  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.55 
 
 
451 aa  278  9e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.5 
 
 
436 aa  276  3e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
478 aa  276  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.13 
 
 
451 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.45 
 
 
455 aa  276  6e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.97 
 
 
451 aa  275  6e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  53.31 
 
 
471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.89 
 
 
458 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.42 
 
 
433 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.34 
 
 
480 aa  273  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  52.48 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  53.73 
 
 
309 aa  273  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  47.88 
 
 
316 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.41 
 
 
481 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.58 
 
 
433 aa  270  4e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.9 
 
 
455 aa  269  5e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.05 
 
 
473 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  50.9 
 
 
316 aa  269  7e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
445 aa  269  7e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.84 
 
 
480 aa  268  8e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.42 
 
 
710 aa  268  8e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.57 
 
 
486 aa  268  8.999999999999999e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  53.94 
 
 
470 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  51.9 
 
 
453 aa  268  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.1 
 
 
470 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  53.59 
 
 
342 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  51 
 
 
463 aa  266  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  53.11 
 
 
473 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  56.03 
 
 
668 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  56.03 
 
 
670 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.03 
 
 
670 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  43.52 
 
 
466 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.34 
 
 
495 aa  265  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.03 
 
 
670 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  56.03 
 
 
670 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  56.03 
 
 
670 aa  265  7e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.72 
 
 
342 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  55.6 
 
 
648 aa  264  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  52.72 
 
 
342 aa  265  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
450 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.59 
 
 
497 aa  263  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.45 
 
 
481 aa  263  4e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.07 
 
 
459 aa  263  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  55.6 
 
 
670 aa  263  4e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.9 
 
 
467 aa  263  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.54 
 
 
456 aa  263  4.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  43.44 
 
 
437 aa  262  6e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.25 
 
 
448 aa  262  6e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 
448 aa  262  6e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.28 
 
 
455 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.59 
 
 
459 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  43.44 
 
 
437 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
469 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.84 
 
 
469 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.34 
 
 
458 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.51 
 
 
435 aa  260  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  53.19 
 
 
596 aa  260  3e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 
459 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.08 
 
 
483 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.9 
 
 
453 aa  259  4e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.95 
 
 
476 aa  259  4e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  44.89 
 
 
434 aa  259  4e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.45 
 
 
457 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.87 
 
 
478 aa  259  4e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.41 
 
 
452 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.08 
 
 
483 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.97 
 
 
466 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>