More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3503 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  98.19 
 
 
441 aa  880    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  89.57 
 
 
441 aa  803    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
441 aa  897    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.9 
 
 
441 aa  757    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  99.77 
 
 
441 aa  897    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  76.24 
 
 
442 aa  681    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3144  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.04 
 
 
434 aa  547  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00844398  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3011  helix-turn-helix, Fis-type  62.36 
 
 
441 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.845433  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.65 
 
 
463 aa  384  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.97 
 
 
446 aa  370  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.86 
 
 
490 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.86 
 
 
490 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.56 
 
 
461 aa  363  4e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.56 
 
 
461 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.56 
 
 
461 aa  363  4e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.56 
 
 
461 aa  363  4e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.56 
 
 
461 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.56 
 
 
461 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.56 
 
 
461 aa  363  4e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.64 
 
 
496 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.64 
 
 
496 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.64 
 
 
478 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.41 
 
 
493 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.67 
 
 
478 aa  359  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.12 
 
 
479 aa  360  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.167221  normal  0.634355 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.32 
 
 
461 aa  359  5e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.55 
 
 
482 aa  358  9e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.86 
 
 
493 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  46.53 
 
 
503 aa  355  1e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0787  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.22 
 
 
464 aa  352  7e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0509974 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
522 aa  348  9e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.54 
 
 
464 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.27 
 
 
464 aa  347  3e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2955  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.27 
 
 
464 aa  347  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.483673  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.56 
 
 
462 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.56 
 
 
462 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.07 
 
 
502 aa  345  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.56 
 
 
462 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.56 
 
 
462 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.56 
 
 
462 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.56 
 
 
462 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.56 
 
 
443 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.73 
 
 
465 aa  344  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5342  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
454 aa  343  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.86 
 
 
465 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.73 
 
 
465 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.6 
 
 
462 aa  343  4e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.59 
 
 
465 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.59 
 
 
465 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.59 
 
 
465 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.31 
 
 
462 aa  339  5e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.03 
 
 
495 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4396  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.5 
 
 
463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0978866  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4106  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.25 
 
 
463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257345  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.25 
 
 
463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660545  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.25 
 
 
463 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4157  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.25 
 
 
463 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4209  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.25 
 
 
463 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604018  normal  0.226619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1776  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.72 
 
 
456 aa  334  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  49.05 
 
 
500 aa  333  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1809  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44 
 
 
463 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0902  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.48 
 
 
607 aa  326  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2529  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.48 
 
 
619 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2951  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.57 
 
 
486 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21551  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0245  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.48 
 
 
607 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2901  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.96 
 
 
624 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.413973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0386  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.48 
 
 
597 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.857446  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2841  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.57 
 
 
486 aa  325  9e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5337  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.64 
 
 
473 aa  325  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  47.31 
 
 
445 aa  325  1e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.46 
 
 
472 aa  324  2e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0732  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.5 
 
 
455 aa  324  2e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  46.72 
 
 
458 aa  323  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1675  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  46.54 
 
 
629 aa  323  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.46 
 
 
457 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.14 
 
 
448 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5030  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.29 
 
 
449 aa  320  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5456  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.4 
 
 
473 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373718  normal  0.24303 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0877  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.07 
 
 
473 aa  319  5e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4827  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.95 
 
 
465 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115384  normal  0.224381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.79 
 
 
457 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3540  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.41 
 
 
465 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.4661  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4207  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.74 
 
 
477 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.86 
 
 
467 aa  318  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03284  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, Fis family protein  43.64 
 
 
453 aa  317  3e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.47 
 
 
457 aa  317  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2671  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.26 
 
 
449 aa  316  5e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  49.28 
 
 
453 aa  315  8e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.24 
 
 
454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1599  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.84 
 
 
457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.86 
 
 
473 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2087  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.13 
 
 
451 aa  314  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0926911 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0659  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.45 
 
 
458 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2195  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.9 
 
 
456 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  45.94 
 
 
462 aa  312  6.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0197  two component Fis family transcriptional regulator  48.4 
 
 
449 aa  311  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.8 
 
 
457 aa  310  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0936  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.16 
 
 
476 aa  310  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.266088  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0670  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.14 
 
 
453 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1997  sigma-54 specific Fis family two component transcriptional regulator  46.86 
 
 
452 aa  309  6.999999999999999e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>