More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3248 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  97.28 
 
 
368 aa  733    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
368 aa  749    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  84.7 
 
 
367 aa  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  78.14 
 
 
367 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  78.42 
 
 
367 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  78.08 
 
 
367 aa  584  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  77.72 
 
 
376 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  77.72 
 
 
376 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  77.05 
 
 
366 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  80.34 
 
 
367 aa  574  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.71 
 
 
373 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.25 
 
 
366 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  61.08 
 
 
361 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.61 
 
 
375 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  60.68 
 
 
361 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.61 
 
 
375 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  62.35 
 
 
375 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  59.89 
 
 
352 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.4 
 
 
389 aa  418  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.53 
 
 
376 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.36 
 
 
376 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.63 
 
 
391 aa  401  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  54.95 
 
 
381 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.74 
 
 
372 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.8 
 
 
375 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.93 
 
 
377 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.55 
 
 
373 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  51.75 
 
 
343 aa  312  7.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.44 
 
 
386 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  44.9 
 
 
445 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.79 
 
 
451 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
447 aa  285  9e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.79 
 
 
451 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.37 
 
 
451 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.19 
 
 
436 aa  277  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.05 
 
 
455 aa  276  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  43.7 
 
 
471 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.6 
 
 
451 aa  276  5e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  53.31 
 
 
471 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.69 
 
 
473 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.42 
 
 
433 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.09 
 
 
478 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.31 
 
 
458 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 
486 aa  273  3e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.71 
 
 
481 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  44.44 
 
 
466 aa  273  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  53.73 
 
 
309 aa  272  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.22 
 
 
433 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
445 aa  271  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.44 
 
 
453 aa  270  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  50.9 
 
 
316 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.37 
 
 
480 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  53.94 
 
 
473 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  50.91 
 
 
316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.94 
 
 
470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.79 
 
 
478 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
455 aa  268  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.04 
 
 
480 aa  269  7e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 
450 aa  268  8.999999999999999e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  44.69 
 
 
437 aa  268  1e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  53.94 
 
 
470 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
463 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.44 
 
 
342 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.3 
 
 
469 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.12 
 
 
495 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  44.38 
 
 
437 aa  266  5e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.72 
 
 
448 aa  266  5e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.43 
 
 
456 aa  265  7e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.57 
 
 
448 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  44.14 
 
 
342 aa  264  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.67 
 
 
480 aa  264  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.14 
 
 
459 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.28 
 
 
481 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.14 
 
 
342 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.38 
 
 
466 aa  264  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.74 
 
 
467 aa  264  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.83 
 
 
469 aa  264  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  53.62 
 
 
596 aa  263  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 
483 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.86 
 
 
710 aa  263  4e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.17 
 
 
480 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.69 
 
 
459 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.89 
 
 
458 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.36 
 
 
459 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
459 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 
483 aa  262  8e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  50.62 
 
 
478 aa  262  8e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.98 
 
 
458 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  54.74 
 
 
670 aa  261  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  51.85 
 
 
465 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
454 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.4 
 
 
483 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.74 
 
 
497 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  44.14 
 
 
434 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
459 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.8 
 
 
501 aa  261  1e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  54.74 
 
 
668 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.3 
 
 
455 aa  261  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  54.74 
 
 
670 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 
478 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>