More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1772 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
386 aa  773    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  50.43 
 
 
367 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  53.47 
 
 
376 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.14 
 
 
367 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  50.43 
 
 
367 aa  325  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  52.87 
 
 
376 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.85 
 
 
366 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  50.44 
 
 
368 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  48.86 
 
 
367 aa  317  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  49.85 
 
 
368 aa  316  5e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.19 
 
 
367 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.77 
 
 
375 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.77 
 
 
375 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.17 
 
 
373 aa  309  5e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.3 
 
 
366 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  48.18 
 
 
361 aa  305  7e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.61 
 
 
373 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  48.18 
 
 
361 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  48.48 
 
 
352 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.73 
 
 
375 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.72 
 
 
376 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50 
 
 
376 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.14 
 
 
389 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.46 
 
 
377 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.39 
 
 
372 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.79 
 
 
391 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  44.86 
 
 
381 aa  276  4e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.48 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.02 
 
 
481 aa  257  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  42.98 
 
 
446 aa  256  6e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  46.06 
 
 
343 aa  256  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.31 
 
 
451 aa  255  9e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.11 
 
 
483 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.11 
 
 
483 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.27 
 
 
483 aa  252  6e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
470 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  41.77 
 
 
437 aa  249  6e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  41.77 
 
 
437 aa  248  1e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.16 
 
 
452 aa  247  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.35 
 
 
484 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.12 
 
 
455 aa  246  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.52 
 
 
447 aa  246  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
458 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
446 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  42.68 
 
 
446 aa  243  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.68 
 
 
446 aa  244  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.46 
 
 
480 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
446 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.9 
 
 
446 aa  242  7e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.06 
 
 
451 aa  242  7e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
447 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.25 
 
 
452 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.43 
 
 
433 aa  241  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  39.19 
 
 
481 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.87 
 
 
459 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.29 
 
 
447 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.45 
 
 
473 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  43.5 
 
 
455 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
455 aa  240  4e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
447 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.99 
 
 
447 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  49.39 
 
 
470 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.09 
 
 
447 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  41.18 
 
 
471 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2671  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.41 
 
 
449 aa  238  1e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
459 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  41.59 
 
 
446 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.84 
 
 
458 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.36 
 
 
454 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  48.99 
 
 
473 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.51 
 
 
480 aa  237  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
462 aa  237  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.85 
 
 
451 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.8 
 
 
459 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
478 aa  237  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  41.16 
 
 
471 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
448 aa  236  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  40 
 
 
441 aa  236  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2618  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.29 
 
 
453 aa  236  4e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.51 
 
 
495 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.55 
 
 
458 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.55 
 
 
458 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.17 
 
 
670 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.34 
 
 
441 aa  236  6e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  40.34 
 
 
441 aa  236  6e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  40.34 
 
 
441 aa  236  6e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  40.46 
 
 
457 aa  236  6e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.17 
 
 
648 aa  236  6e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  42.17 
 
 
670 aa  236  6e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  40.34 
 
 
441 aa  236  6e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  42.17 
 
 
668 aa  236  7e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.17 
 
 
670 aa  236  7e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3672  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  39.82 
 
 
504 aa  236  7e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002131  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.17 
 
 
670 aa  235  8e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.6 
 
 
441 aa  235  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  42.17 
 
 
670 aa  235  8e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
480 aa  235  9e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.63 
 
 
435 aa  235  9e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  42.17 
 
 
670 aa  235  9e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  40.24 
 
 
449 aa  235  9e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>