More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001184 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  94.13 
 
 
444 aa  863    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  100 
 
 
443 aa  914    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.87 
 
 
433 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  56.02 
 
 
434 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.37 
 
 
433 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.15 
 
 
435 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.8 
 
 
436 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.56 
 
 
469 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.7 
 
 
481 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.92 
 
 
458 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.43 
 
 
451 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.77 
 
 
451 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.24 
 
 
470 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.76 
 
 
451 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.83 
 
 
497 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.07 
 
 
463 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  41.63 
 
 
478 aa  364  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.11 
 
 
448 aa  361  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  45.27 
 
 
445 aa  361  1e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  45.3 
 
 
470 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
447 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  44.99 
 
 
473 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  44.44 
 
 
471 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
459 aa  355  7.999999999999999e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  45.19 
 
 
449 aa  353  4e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.89 
 
 
447 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.67 
 
 
447 aa  351  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
447 aa  350  4e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  43.9 
 
 
446 aa  350  4e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
447 aa  350  4e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  42.83 
 
 
469 aa  349  5e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.1 
 
 
446 aa  348  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  44 
 
 
446 aa  347  2e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  46.27 
 
 
449 aa  348  2e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  43.19 
 
 
471 aa  347  3e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  41.95 
 
 
469 aa  345  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.82 
 
 
447 aa  345  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.94 
 
 
446 aa  344  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.85 
 
 
446 aa  344  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  44.57 
 
 
437 aa  343  4e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.62 
 
 
446 aa  343  4e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  50.41 
 
 
455 aa  343  5e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
450 aa  342  7e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  41.6 
 
 
479 aa  342  7e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  43.89 
 
 
437 aa  341  2e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  51.5 
 
 
342 aa  339  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.89 
 
 
473 aa  339  5.9999999999999996e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  43.74 
 
 
446 aa  338  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  44.57 
 
 
457 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.58 
 
 
452 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.45 
 
 
476 aa  336  3.9999999999999995e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  50.9 
 
 
342 aa  335  7.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.9 
 
 
342 aa  335  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  43.5 
 
 
446 aa  335  1e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.84 
 
 
469 aa  332  5e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.5 
 
 
452 aa  329  7e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.05 
 
 
461 aa  326  5e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.83 
 
 
461 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.83 
 
 
461 aa  323  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.83 
 
 
461 aa  323  3e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.83 
 
 
461 aa  323  3e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  40.83 
 
 
461 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.22 
 
 
457 aa  319  6e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
457 aa  318  1e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.77 
 
 
463 aa  318  2e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.36 
 
 
455 aa  317  3e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.43 
 
 
453 aa  316  6e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.08 
 
 
448 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.74 
 
 
454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.96 
 
 
452 aa  312  9e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  39.39 
 
 
455 aa  311  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  41.53 
 
 
452 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.81 
 
 
457 aa  309  6.999999999999999e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.56 
 
 
461 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.65 
 
 
453 aa  307  3e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0248  lateral flagellar RpoN-interacting regulatory protein LafK  48.17 
 
 
328 aa  307  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.65 
 
 
461 aa  305  7e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.11 
 
 
449 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.3 
 
 
457 aa  305  9.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.65 
 
 
459 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3384  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.17 
 
 
328 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399889  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.14 
 
 
480 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.96 
 
 
457 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.57 
 
 
448 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.49 
 
 
447 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.69 
 
 
485 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.16 
 
 
454 aa  300  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.47 
 
 
470 aa  301  2e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.5 
 
 
466 aa  300  2e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.96 
 
 
454 aa  300  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.69 
 
 
483 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3407  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.32 
 
 
458 aa  300  5e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3389  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.78 
 
 
462 aa  299  7e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.46 
 
 
483 aa  299  7e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.02 
 
 
451 aa  299  8e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.37 
 
 
472 aa  299  8e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.35 
 
 
455 aa  298  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  47.7 
 
 
539 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1649  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.3 
 
 
479 aa  297  2e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1931  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.12 
 
 
477 aa  297  2e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00933111  normal  0.149931 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>