More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3384 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_3384  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
328 aa  672    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399889  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0248  lateral flagellar RpoN-interacting regulatory protein LafK  96.95 
 
 
328 aa  652    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  60.06 
 
 
342 aa  391  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.76 
 
 
342 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  59.76 
 
 
342 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.88 
 
 
469 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.06 
 
 
470 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.48 
 
 
435 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.17 
 
 
444 aa  305  9.000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  48.17 
 
 
443 aa  305  9.000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  48.92 
 
 
445 aa  303  2.0000000000000002e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.93 
 
 
433 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  50.31 
 
 
434 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.01 
 
 
458 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.38 
 
 
451 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.71 
 
 
481 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.07 
 
 
451 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.07 
 
 
451 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.56 
 
 
463 aa  296  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  47.18 
 
 
471 aa  295  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  47.2 
 
 
473 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.85 
 
 
433 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  47.5 
 
 
437 aa  294  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.88 
 
 
436 aa  294  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  48.44 
 
 
437 aa  294  2e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.61 
 
 
447 aa  294  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  47.46 
 
 
470 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.11 
 
 
497 aa  292  7e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  47.12 
 
 
446 aa  287  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
469 aa  288  1e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  46.43 
 
 
471 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.02 
 
 
446 aa  285  9e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 
452 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.54 
 
 
446 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.39 
 
 
446 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 
448 aa  281  7.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  46.11 
 
 
446 aa  281  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  45.91 
 
 
449 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
446 aa  280  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.86 
 
 
447 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.86 
 
 
447 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.54 
 
 
447 aa  279  6e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.54 
 
 
447 aa  279  6e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  45.14 
 
 
479 aa  278  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  46.39 
 
 
455 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  46.37 
 
 
446 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  43.02 
 
 
478 aa  277  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.15 
 
 
450 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  44.31 
 
 
469 aa  276  3e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.71 
 
 
452 aa  275  8e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  44.61 
 
 
469 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.71 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 
459 aa  271  1e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  44.41 
 
 
446 aa  268  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  43.07 
 
 
457 aa  262  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  45.63 
 
 
449 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.2 
 
 
476 aa  258  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.51 
 
 
449 aa  257  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.4 
 
 
473 aa  257  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.73 
 
 
542 aa  255  7e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.72 
 
 
456 aa  255  7e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.55 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  50 
 
 
453 aa  253  3e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.13 
 
 
502 aa  253  3e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
447 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40 
 
 
544 aa  251  1e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  39.69 
 
 
549 aa  250  2e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1989  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.53 
 
 
444 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.519588  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.77 
 
 
455 aa  249  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  41.02 
 
 
547 aa  249  5e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.95 
 
 
452 aa  248  9e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.48 
 
 
459 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.31 
 
 
543 aa  248  1e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  40.19 
 
 
608 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.42 
 
 
453 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.33 
 
 
515 aa  247  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  40.19 
 
 
606 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.84 
 
 
469 aa  247  2e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  44.86 
 
 
452 aa  246  4e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  41.05 
 
 
539 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.61 
 
 
459 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0359  sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.37 
 
 
458 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0379318  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.12 
 
 
455 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0103  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.74 
 
 
519 aa  245  6e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000150576  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
457 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 
597 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  43.57 
 
 
522 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  41.19 
 
 
533 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.42 
 
 
457 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.68 
 
 
450 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.25 
 
 
452 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.27 
 
 
451 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.36 
 
 
455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3415  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.93 
 
 
453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  38.87 
 
 
524 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  42.81 
 
 
558 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  41.03 
 
 
537 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.22 
 
 
442 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  48.59 
 
 
381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.43 
 
 
608 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>