More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1156 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
457 aa  909    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  52.67 
 
 
455 aa  352  8e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.04 
 
 
452 aa  349  6e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.66 
 
 
452 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  45.42 
 
 
445 aa  344  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.97 
 
 
447 aa  340  4e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.73 
 
 
446 aa  339  7e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
447 aa  338  9e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.33 
 
 
450 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  44.18 
 
 
446 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  42.18 
 
 
446 aa  335  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.3 
 
 
447 aa  334  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.3 
 
 
446 aa  334  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.21 
 
 
446 aa  334  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
481 aa  333  3e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
446 aa  333  4e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
447 aa  333  5e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.09 
 
 
447 aa  333  5e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.21 
 
 
447 aa  332  6e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  44.42 
 
 
446 aa  332  1e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  41.67 
 
 
469 aa  331  1e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  44.21 
 
 
446 aa  330  4e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  43.16 
 
 
449 aa  326  4.0000000000000003e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  40.7 
 
 
478 aa  327  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.09 
 
 
469 aa  323  3e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.23 
 
 
476 aa  323  5e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  42.23 
 
 
469 aa  322  6e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  40.75 
 
 
479 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  42.83 
 
 
449 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.93 
 
 
497 aa  321  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  44.62 
 
 
457 aa  318  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
470 aa  317  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  43.95 
 
 
473 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.79 
 
 
448 aa  310  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.31 
 
 
451 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  43.76 
 
 
470 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.8 
 
 
451 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.31 
 
 
451 aa  306  7e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.7 
 
 
459 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  45.06 
 
 
471 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  39.17 
 
 
437 aa  303  4.0000000000000003e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  39.17 
 
 
437 aa  303  6.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.7 
 
 
463 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.48 
 
 
458 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  44.56 
 
 
471 aa  298  9e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.6 
 
 
473 aa  297  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.53 
 
 
433 aa  296  7e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  38.85 
 
 
443 aa  293  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.82 
 
 
444 aa  289  6e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.07 
 
 
456 aa  288  2e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.64 
 
 
469 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  44.24 
 
 
434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.94 
 
 
490 aa  283  5.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.69 
 
 
457 aa  281  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.76 
 
 
455 aa  280  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.65 
 
 
435 aa  278  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.68 
 
 
433 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.38 
 
 
469 aa  274  3e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.55 
 
 
472 aa  273  3e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.241811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.85 
 
 
457 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.74 
 
 
436 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.3 
 
 
445 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.75 
 
 
458 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.75 
 
 
458 aa  272  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.75 
 
 
458 aa  272  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.3 
 
 
447 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.65 
 
 
455 aa  268  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.6 
 
 
342 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.82 
 
 
453 aa  266  5e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  42.6 
 
 
342 aa  266  5e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.88 
 
 
459 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.6 
 
 
342 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.62 
 
 
457 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.78 
 
 
451 aa  266  7e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  45.72 
 
 
459 aa  265  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.24 
 
 
457 aa  265  1e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.13 
 
 
454 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 
472 aa  263  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.4 
 
 
459 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 
451 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.8 
 
 
449 aa  263  6e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.87 
 
 
459 aa  263  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 
456 aa  262  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.48 
 
 
461 aa  261  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.3 
 
 
464 aa  262  1e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781886  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0662  helix-turn-helix, Fis-type  36.92 
 
 
451 aa  261  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.18 
 
 
461 aa  261  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.29 
 
 
457 aa  261  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.91 
 
 
461 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.91 
 
 
461 aa  260  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  44.91 
 
 
461 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.91 
 
 
461 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.77 
 
 
459 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4456  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.59 
 
 
457 aa  259  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.764911  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4088  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.59 
 
 
457 aa  259  6e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.0065577  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.58 
 
 
451 aa  259  9e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0722  helix-turn-helix, Fis-type  36.44 
 
 
445 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1405  two component Fis family transcriptional regulator  45.48 
 
 
477 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0781313  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4569  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.62 
 
 
456 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.27 
 
 
459 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>