More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1942 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1942  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 538 aa  1071    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0269026  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2304  protein-export membrane protein SecD  60.15 
 
 		 550 aa  566  1e-160  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12607  preprotein translocase subunit SecD  54.96 
 
 		 573 aa  513  1e-144  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.455392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2583  preprotein translocase subunit SecD  64.33 
 
 		 599 aa  422  1e-117  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.321622  normal  0.917688 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3816  preprotein translocase subunit SecD  61.85 
 
 		 617 aa  413  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.258625  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15100  protein-export membrane protein SecD  55.01 
 
 		 603 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2276  preprotein translocase subunit SecD  62.36 
 
 		 598 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2323  preprotein translocase subunit SecD  62.36 
 
 		 598 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388488  normal  0.491542 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2315  preprotein translocase subunit SecD  62.36 
 
 		 598 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534551  normal  0.509852 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1695  protein-export membrane protein SecD  50.47 
 
 		 632 aa  354  2e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6109  Preprotein translocase subunit SecD-like protein  40.15 
 
 		 581 aa  346  5e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3174  protein-export membrane protein SecD  49.87 
 
 		 566 aa  340  4e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.761403  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3391  protein-export membrane protein SecD  52.88 
 
 		 649 aa  330  6e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000226578  hitchhiker  0.0000733205 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1670  protein-export membrane protein SecD  38.38 
 
 		 635 aa  329  8e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1798  protein-export membrane protein SecD  39.92 
 
 		 606 aa  324  3e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.427171  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17550  protein-export membrane protein SecD  37 
 
 		 714 aa  320  6e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.122587 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13980  protein-export membrane protein SecD  37.81 
 
 		 661 aa  318  1e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12860  protein-export membrane protein SecD  42.22 
 
 		 620 aa  318  2e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.258671  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2299  preprotein translocase subunit SecD  38.9 
 
 		 585 aa  316  6e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2113  protein-export membrane protein SecD  40.89 
 
 		 584 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110466  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1341  preprotein translocase subunit SecD  51.93 
 
 		 605 aa  309  9e-83  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.022847  normal  0.845506 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1366  protein-export membrane protein SecD  37.23 
 
 		 620 aa  306  4.0000000000000004e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.25927 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2389  preprotein translocase subunit SecD  37.93 
 
 		 564 aa  305  2.0000000000000002e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5142  preprotein translocase subunit SecD  45.41 
 
 		 680 aa  301  2e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75892  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1373  preprotein translocase subunit SecD  52.68 
 
 		 607 aa  295  1e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.082287 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2029  preprotein translocase subunit SecD  37.55 
 
 		 585 aa  291  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000877869 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1996  protein-export membrane protein SecD  35.67 
 
 		 670 aa  291  3e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.391205  normal  0.0633632 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1802  protein-export membrane protein SecD  43.44 
 
 		 653 aa  281  3e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.414477  decreased coverage  0.00000714928 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3051  protein-export membrane protein SecD  47.34 
 
 		 684 aa  279  9e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1812  protein-export membrane protein SecD  46.33 
 
 		 666 aa  277  4e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.279659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3824  protein-export membrane protein SecD  46.86 
 
 		 656 aa  275  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.221724  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2356  protein-export membrane protein SecD  47.3 
 
 		 674 aa  271  2e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2061  protein-export membrane protein SecD  38.82 
 
 		 547 aa  270  5e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.789489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15310  protein-export membrane protein SecD  42.94 
 
 		 640 aa  248  1e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.540675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0945  protein-export membrane protein SecD  36.01 
 
 		 496 aa  233  7.000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  32.93 
 
 		 487 aa  208  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  32.61 
 
 		 977 aa  206  6e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  35.33 
 
 		 740 aa  198  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  31.34 
 
 		 532 aa  197  3e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  31.34 
 
 		 533 aa  197  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  32.37 
 
 		 535 aa  197  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  31.8 
 
 		 533 aa  195  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  32.7 
 
 		 534 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  31.67 
 
 		 533 aa  193  8e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  32.18 
 
 		 533 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.89 
 
 		 856 aa  190  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  32.03 
 
 		 900 aa  190  5.999999999999999e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  31.81 
 
 		 533 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  30.88 
 
 		 464 aa  187  4e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  32.8 
 
 		 759 aa  186  8e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1191  preprotein translocase subunit SecD  32.03 
 
 		 493 aa  186  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  31.42 
 
 		 461 aa  185  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0079  protein-export membrane protein SecD  30.23 
 
 		 515 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 535 aa  183  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  32.24 
 
 		 533 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  31.37 
 
 		 495 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  34.46 
 
 		 532 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  30.15 
 
 		 474 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.65 
 
 		 853 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  32.97 
 
 		 855 aa  181  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  35.78 
 
 		 406 aa  179  9e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  33.84 
 
 		 735 aa  179  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  30.17 
 
 		 470 aa  178  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  31.13 
 
 		 556 aa  179  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07161  preprotein translocase subunit SecD  30.55 
 
 		 489 aa  179  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.145798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  30.75 
 
 		 534 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  31.31 
 
 		 530 aa  177  4e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1279  preprotein translocase subunit SecD  31.4 
 
 		 495 aa  176  9.999999999999999e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.221382  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  30.68 
 
 		 531 aa  175  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0870  preprotein translocase subunit SecD  30.48 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.451271  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  35.06 
 
 		 403 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  31.45 
 
 		 533 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3982  protein-export membrane protein SecD  29.36 
 
 		 468 aa  174  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.728055 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  32.4 
 
 		 530 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  33.42 
 
 		 532 aa  174  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09311  preprotein translocase subunit SecD  29.82 
 
 		 489 aa  173  5e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.483137  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  31.29 
 
 		 470 aa  173  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3326  protein-export membrane protein SecD  29.93 
 
 		 474 aa  173  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  31.29 
 
 		 470 aa  173  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.47 
 
 		 848 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.79 
 
 		 856 aa  173  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  36.59 
 
 		 531 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  30.59 
 
 		 534 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  34.16 
 
 		 594 aa  172  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  34.16 
 
 		 594 aa  172  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  32.37 
 
 		 554 aa  171  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  32.96 
 
 		 457 aa  171  3e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  27.88 
 
 		 885 aa  171  3e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.22 
 
 		 849 aa  171  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0282  preprotein translocase subunit SecD  28.72 
 
 		 496 aa  171  4e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.621699  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  28.37 
 
 		 761 aa  171  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.82 
 
 		 911 aa  170  6e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  38.46 
 
 		 532 aa  170  6e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  35.31 
 
 		 554 aa  170  6e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09291  preprotein translocase subunit SecD  29.75 
 
 		 487 aa  170  6e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1116  protein-export membrane protein SecD  29.44 
 
 		 472 aa  168  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.887298  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  33.8 
 
 		 525 aa  167  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09521  preprotein translocase subunit SecD  28.51 
 
 		 496 aa  168  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.1601 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  28.51 
 
 		 445 aa  167  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000019832  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  31.83 
 
 		 533 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>