More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1812 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1812  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 666 aa  1320    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.279659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1802  protein-export membrane protein SecD  85.69 
 
 		 653 aa  1037    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.414477  decreased coverage  0.00000714928 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15100  protein-export membrane protein SecD  39.4 
 
 		 603 aa  398  1e-109  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1695  protein-export membrane protein SecD  40.42 
 
 		 632 aa  370  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6109  Preprotein translocase subunit SecD-like protein  40.43 
 
 		 581 aa  365  2e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17550  protein-export membrane protein SecD  35.36 
 
 		 714 aa  360  4e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.122587 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1373  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 607 aa  360  6e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.082287 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2113  protein-export membrane protein SecD  37.41 
 
 		 584 aa  345  2e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110466  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3174  protein-export membrane protein SecD  50.38 
 
 		 566 aa  331  2e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.761403  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1996  protein-export membrane protein SecD  36.5 
 
 		 670 aa  328  3e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.391205  normal  0.0633632 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2389  preprotein translocase subunit SecD  36.87 
 
 		 564 aa  323  6e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15310  protein-export membrane protein SecD  36.52 
 
 		 640 aa  320  3.9999999999999996e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.540675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5142  preprotein translocase subunit SecD  46.63 
 
 		 680 aa  306  8.000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75892  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3051  protein-export membrane protein SecD  35.92 
 
 		 684 aa  296  9e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12607  preprotein translocase subunit SecD  36.66 
 
 		 573 aa  284  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.455392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2299  preprotein translocase subunit SecD  39.49 
 
 		 585 aa  281  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2304  protein-export membrane protein SecD  47.25 
 
 		 550 aa  276  8e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2356  protein-export membrane protein SecD  44.88 
 
 		 674 aa  269  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13980  protein-export membrane protein SecD  43.59 
 
 		 661 aa  269  1e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2029  preprotein translocase subunit SecD  41.73 
 
 		 585 aa  260  5.0000000000000005e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000877869 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1366  protein-export membrane protein SecD  40.8 
 
 		 620 aa  260  7e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.25927 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3816  preprotein translocase subunit SecD  44.35 
 
 		 617 aa  259  1e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.258625  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1798  protein-export membrane protein SecD  39.38 
 
 		 606 aa  258  2e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.427171  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2583  preprotein translocase subunit SecD  47.8 
 
 		 599 aa  257  5e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.321622  normal  0.917688 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1942  protein-export membrane protein SecD  46.33 
 
 		 538 aa  256  7e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0269026  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3391  protein-export membrane protein SecD  46.11 
 
 		 649 aa  256  1.0000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000226578  hitchhiker  0.0000733205 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1670  protein-export membrane protein SecD  41.94 
 
 		 635 aa  251  4e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12860  protein-export membrane protein SecD  42.43 
 
 		 620 aa  244  5e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.258671  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2315  preprotein translocase subunit SecD  47.12 
 
 		 598 aa  229  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534551  normal  0.509852 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2276  preprotein translocase subunit SecD  47.12 
 
 		 598 aa  229  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2323  preprotein translocase subunit SecD  47.12 
 
 		 598 aa  229  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388488  normal  0.491542 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2061  protein-export membrane protein SecD  42.11 
 
 		 547 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.789489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0945  protein-export membrane protein SecD  37.84 
 
 		 496 aa  188  2e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  32.8 
 
 		 533 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  34.84 
 
 		 989 aa  162  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  34.42 
 
 		 534 aa  161  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  34.57 
 
 		 530 aa  161  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  33.06 
 
 		 533 aa  160  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  38.24 
 
 		 533 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  36.65 
 
 		 900 aa  158  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  31.99 
 
 		 532 aa  158  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  34.76 
 
 		 533 aa  158  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  35.84 
 
 		 533 aa  157  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.32 
 
 		 756 aa  155  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  35.41 
 
 		 535 aa  155  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  31.61 
 
 		 487 aa  154  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  32.39 
 
 		 461 aa  154  4e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  34.25 
 
 		 530 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  35.79 
 
 		 532 aa  150  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  36.33 
 
 		 530 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  33.89 
 
 		 554 aa  150  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 533 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  36.1 
 
 		 532 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  34.68 
 
 		 535 aa  147  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.64 
 
 		 853 aa  147  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  34.59 
 
 		 531 aa  147  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  36.46 
 
 		 532 aa  147  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  36.07 
 
 		 403 aa  147  6e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  33.68 
 
 		 533 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  33.79 
 
 		 532 aa  144  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  32.55 
 
 		 525 aa  144  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.88 
 
 		 849 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  34.43 
 
 		 613 aa  144  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  33.67 
 
 		 474 aa  143  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  32.89 
 
 		 554 aa  143  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  34.43 
 
 		 613 aa  143  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  34.43 
 
 		 613 aa  143  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  34.24 
 
 		 748 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.81 
 
 		 856 aa  143  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  38.06 
 
 		 534 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.36 
 
 		 911 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  33 
 
 		 554 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  37.31 
 
 		 533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  33.11 
 
 		 761 aa  142  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.29 
 
 		 1055 aa  141  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  34.52 
 
 		 531 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  32.67 
 
 		 554 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  32.67 
 
 		 554 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  33.9 
 
 		 464 aa  140  6e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  34.58 
 
 		 534 aa  140  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  34.58 
 
 		 534 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  33.44 
 
 		 556 aa  139  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  36.24 
 
 		 977 aa  140  1e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.63 
 
 		 848 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  31.83 
 
 		 531 aa  139  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  38.4 
 
 		 410 aa  139  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  25.39 
 
 		 990 aa  139  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0067  protein-export membrane protein SecD  34.73 
 
 		 465 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  34.44 
 
 		 594 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.77 
 
 		 995 aa  138  3.0000000000000003e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  34.44 
 
 		 594 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  33.45 
 
 		 622 aa  138  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0067  protein-export membrane protein SecD  34.47 
 
 		 465 aa  138  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  36.57 
 
 		 532 aa  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  33.7 
 
 		 461 aa  137  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  36.57 
 
 		 532 aa  137  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  30.79 
 
 		 470 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  30.79 
 
 		 470 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.15 
 
 		 995 aa  137  6.0000000000000005e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  34.14 
 
 		 524 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>