More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3174 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3174  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 566 aa  1105    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.761403  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2304  protein-export membrane protein SecD  49.07 
 
 		 550 aa  461  9.999999999999999e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1942  protein-export membrane protein SecD  47.86 
 
 		 538 aa  431  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0269026  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1695  protein-export membrane protein SecD  45.69 
 
 		 632 aa  419  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6109  Preprotein translocase subunit SecD-like protein  44.7 
 
 		 581 aa  419  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12607  preprotein translocase subunit SecD  48.39 
 
 		 573 aa  414  1e-114  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.455392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1373  preprotein translocase subunit SecD  45.29 
 
 		 607 aa  408  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.082287 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2113  protein-export membrane protein SecD  47.3 
 
 		 584 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110466  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17550  protein-export membrane protein SecD  39.87 
 
 		 714 aa  385  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.122587 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1366  protein-export membrane protein SecD  42.99 
 
 		 620 aa  379  1e-104  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.25927 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13980  protein-export membrane protein SecD  44.91 
 
 		 661 aa  377  1e-103  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2389  preprotein translocase subunit SecD  43.6 
 
 		 564 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5142  preprotein translocase subunit SecD  49.76 
 
 		 680 aa  364  2e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75892  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1798  protein-export membrane protein SecD  42.77 
 
 		 606 aa  360  6e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.427171  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1996  protein-export membrane protein SecD  40.03 
 
 		 670 aa  351  2e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.391205  normal  0.0633632 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3051  protein-export membrane protein SecD  40.03 
 
 		 684 aa  346  6e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3391  protein-export membrane protein SecD  59.75 
 
 		 649 aa  340  4e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000226578  hitchhiker  0.0000733205 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2299  preprotein translocase subunit SecD  39.71 
 
 		 585 aa  338  1.9999999999999998e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1802  protein-export membrane protein SecD  50.38 
 
 		 653 aa  337  3.9999999999999995e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.414477  decreased coverage  0.00000714928 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1670  protein-export membrane protein SecD  41.01 
 
 		 635 aa  337  3.9999999999999995e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1812  protein-export membrane protein SecD  50.38 
 
 		 666 aa  335  1e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.279659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12860  protein-export membrane protein SecD  39.92 
 
 		 620 aa  335  2e-90  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.258671  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2061  protein-export membrane protein SecD  42.91 
 
 		 547 aa  330  3e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.789489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15310  protein-export membrane protein SecD  40.25 
 
 		 640 aa  330  4e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.540675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3824  protein-export membrane protein SecD  51.94 
 
 		 656 aa  318  2e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.221724  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2029  preprotein translocase subunit SecD  39.37 
 
 		 585 aa  316  6e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000877869 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1341  preprotein translocase subunit SecD  49.6 
 
 		 605 aa  316  7e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.022847  normal  0.845506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2356  protein-export membrane protein SecD  48.24 
 
 		 674 aa  308  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0945  protein-export membrane protein SecD  36.57 
 
 		 496 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1279  preprotein translocase subunit SecD  32.25 
 
 		 495 aa  192  9e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.221382  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1191  preprotein translocase subunit SecD  31.61 
 
 		 493 aa  187  5e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  31.47 
 
 		 495 aa  187  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0079  protein-export membrane protein SecD  31.02 
 
 		 515 aa  178  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3326  protein-export membrane protein SecD  30.29 
 
 		 474 aa  175  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  34.8 
 
 		 410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  35.35 
 
 		 533 aa  173  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3982  protein-export membrane protein SecD  29.01 
 
 		 468 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.728055 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07161  preprotein translocase subunit SecD  28.48 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.145798 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  29.7 
 
 		 885 aa  171  3e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  30.28 
 
 		 619 aa  171  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  36.36 
 
 		 534 aa  170  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  34.68 
 
 		 533 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09291  preprotein translocase subunit SecD  26.78 
 
 		 487 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  36.24 
 
 		 415 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000418015  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.94 
 
 		 911 aa  167  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  29.96 
 
 		 595 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  32.47 
 
 		 403 aa  166  6.9999999999999995e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0870  preprotein translocase subunit SecD  26.92 
 
 		 489 aa  166  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.451271  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  35.27 
 
 		 533 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  29.39 
 
 		 855 aa  163  7e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  28.32 
 
 		 624 aa  163  7e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  34.18 
 
 		 532 aa  163  8.000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  30.46 
 
 		 638 aa  163  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  33.05 
 
 		 556 aa  162  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  36.36 
 
 		 532 aa  162  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  35.27 
 
 		 533 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  36.33 
 
 		 464 aa  161  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  37.01 
 
 		 989 aa  161  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  31.14 
 
 		 406 aa  160  4e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  36.36 
 
 		 531 aa  160  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  30.52 
 
 		 416 aa  160  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29 
 
 		 853 aa  160  6e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  30.82 
 
 		 759 aa  160  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  33.67 
 
 		 533 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  28.57 
 
 		 605 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  29.29 
 
 		 613 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  29.74 
 
 		 457 aa  159  1e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09311  preprotein translocase subunit SecD  26.31 
 
 		 489 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.483137  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0282  preprotein translocase subunit SecD  26.15 
 
 		 496 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.621699  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  28.24 
 
 		 594 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  29.08 
 
 		 613 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  31.01 
 
 		 531 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  29.44 
 
 		 461 aa  157  6e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.73 
 
 		 856 aa  157  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  29.08 
 
 		 613 aa  156  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  33.58 
 
 		 735 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.29 
 
 		 848 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  30.28 
 
 		 622 aa  155  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  28.84 
 
 		 607 aa  154  5e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  32.41 
 
 		 554 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  33.12 
 
 		 900 aa  153  8.999999999999999e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.8 
 
 		 849 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3104  protein-export membrane protein SecD  35.46 
 
 		 538 aa  152  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000111638  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  33.21 
 
 		 474 aa  151  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0672  preprotein translocase subunit SecD  25.29 
 
 		 586 aa  151  3e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  29.06 
 
 		 594 aa  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  29.06 
 
 		 594 aa  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  33.45 
 
 		 533 aa  150  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  33 
 
 		 535 aa  150  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  29.22 
 
 		 413 aa  150  9e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.31 
 
 		 995 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  35.14 
 
 		 532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  33.69 
 
 		 533 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  33.98 
 
 		 530 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  34.25 
 
 		 537 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  34.18 
 
 		 535 aa  148  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  34.31 
 
 		 470 aa  148  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  28.3 
 
 		 419 aa  148  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  28.3 
 
 		 419 aa  148  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  33.72 
 
 		 530 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>