More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1908 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  99.76 
 
 		 419 aa  826    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 419 aa  829    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1462  preprotein translocase subunit SecD  46.84 
 
 		 411 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000572302  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  42.14 
 
 		 411 aa  326  5e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  41.5 
 
 		 415 aa  325  1e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000418015  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  46.13 
 
 		 413 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  41.06 
 
 		 410 aa  309  5.9999999999999995e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  41.85 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  39.14 
 
 		 416 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  37.75 
 
 		 445 aa  284  3.0000000000000004e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000019832  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  37.81 
 
 		 399 aa  283  6.000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  39.95 
 
 		 406 aa  280  3e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  39.1 
 
 		 403 aa  278  9e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  38.44 
 
 		 403 aa  277  3e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000764404  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  40.5 
 
 		 735 aa  271  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.51 
 
 		 750 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.82 
 
 		 750 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  36.47 
 
 		 423 aa  262  6.999999999999999e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0536  protein-export membrane protein SecD  35.32 
 
 		 441 aa  250  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000245038  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0079  protein-export membrane protein SecD  45.62 
 
 		 515 aa  248  2e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  35.63 
 
 		 474 aa  247  3e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  37.27 
 
 		 464 aa  245  9.999999999999999e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  36.67 
 
 		 843 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  37.37 
 
 		 530 aa  244  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0504  protein-export membrane protein SecD  35.61 
 
 		 462 aa  242  1e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000522922  hitchhiker  0.000170526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  36.16 
 
 		 533 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  36.44 
 
 		 533 aa  241  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  37.19 
 
 		 594 aa  241  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  37.19 
 
 		 594 aa  241  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  35.63 
 
 		 471 aa  241  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  37.03 
 
 		 533 aa  239  5e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  37.01 
 
 		 470 aa  239  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  37.01 
 
 		 470 aa  239  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  36.44 
 
 		 532 aa  239  6.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  36.06 
 
 		 534 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.21 
 
 		 848 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  35.65 
 
 		 461 aa  238  1e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  36.09 
 
 		 533 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.98 
 
 		 752 aa  237  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.59 
 
 		 754 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  35.6 
 
 		 470 aa  238  2e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.59 
 
 		 754 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  35.91 
 
 		 531 aa  237  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.59 
 
 		 754 aa  237  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.59 
 
 		 754 aa  237  3e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  37.1 
 
 		 530 aa  237  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.34 
 
 		 754 aa  236  4e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.34 
 
 		 754 aa  236  4e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  36.89 
 
 		 533 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.34 
 
 		 754 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  35.23 
 
 		 533 aa  236  6e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  35.46 
 
 		 533 aa  236  6e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.34 
 
 		 754 aa  235  9e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.5 
 
 		 755 aa  235  9e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.92 
 
 		 849 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.77 
 
 		 754 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  36.19 
 
 		 531 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.77 
 
 		 856 aa  233  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.37 
 
 		 763 aa  230  4e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  36.46 
 
 		 532 aa  229  5e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  34.96 
 
 		 532 aa  229  5e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2102  protein-export membrane protein SecD  36.43 
 
 		 433 aa  229  6e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.459213  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  34.96 
 
 		 532 aa  229  6e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.26 
 
 		 856 aa  229  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.51 
 
 		 839 aa  229  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  35.77 
 
 		 530 aa  229  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  36.19 
 
 		 532 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  36.68 
 
 		 533 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  36.1 
 
 		 533 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  36.68 
 
 		 532 aa  227  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  36.09 
 
 		 537 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  35.13 
 
 		 535 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  34.69 
 
 		 556 aa  226  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  34.62 
 
 		 734 aa  226  7e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3982  protein-export membrane protein SecD  32.86 
 
 		 468 aa  226  8e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.728055 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  37.61 
 
 		 532 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  36.02 
 
 		 554 aa  224  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  34.76 
 
 		 532 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  33.86 
 
 		 535 aa  223  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  34.35 
 
 		 534 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  38.84 
 
 		 524 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3326  protein-export membrane protein SecD  32.25 
 
 		 474 aa  223  7e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  34.19 
 
 		 554 aa  222  8e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  36.34 
 
 		 533 aa  222  9e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  34.3 
 
 		 849 aa  222  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_275  protein-export membrane protein, preprotein translocase SecD subunit  35.54 
 
 		 449 aa  221  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000478055  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  32.57 
 
 		 503 aa  221  9.999999999999999e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  36.46 
 
 		 622 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  32.66 
 
 		 740 aa  220  3e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  41.94 
 
 		 607 aa  220  3e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5128  preprotein translocase subunit SecD  34.02 
 
 		 464 aa  221  3e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.473691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  34.07 
 
 		 554 aa  220  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.87 
 
 		 834 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.61 
 
 		 759 aa  220  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.61 
 
 		 759 aa  220  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  33.16 
 
 		 554 aa  220  5e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  33.57 
 
 		 532 aa  220  5e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  33.16 
 
 		 554 aa  220  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0313  preprotein translocase subunit SecD  34.62 
 
 		 449 aa  219  6e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000119854  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  42.12 
 
 		 622 aa  219  6e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>