87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0663 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0663  NAD-dependent DNA ligase  100 
 
 		 312 aa  634    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000015383  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1077  NAD-dependent DNA ligase  37.29 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3053  BRCT domain protein  35.14 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0472268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2687  NAD-dependent DNA ligase  34.68 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835433 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2589  NAD-dependent DNA ligase  35.02 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3865  hypothetical protein  39.33 
 
 		 201 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.62314 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4113  hypothetical protein  36.46 
 
 		 233 aa  116  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.14003  decreased coverage  0.00587684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2393  NAD-dependent DNA ligase  30.81 
 
 		 216 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0130948  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0862  hypothetical protein  28.81 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.253306  normal  0.918011 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1827  NAD-dependent DNA ligase  26.18 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  28.5 
 
 		 2123 aa  69.3  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.4 
 
 		 367 aa  65.9  0.0000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  39.29 
 
 		 663 aa  56.6  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21501  NAD-dependent DNA ligase  44.3 
 
 		 690 aa  53.5  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.786913 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1279  NAD-dependent DNA ligase  44.3 
 
 		 690 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.880494  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.86 
 
 		 676 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 712 aa  52  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  56.52 
 
 		 670 aa  52  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  35.42 
 
 		 681 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  37.8 
 
 		 662 aa  51.2  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  48.89 
 
 		 666 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  33.33 
 
 		 671 aa  50.4  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  33.33 
 
 		 672 aa  50.1  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  53.49 
 
 		 726 aa  49.7  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  53.49 
 
 		 718 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  35.29 
 
 		 673 aa  47.8  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  35.29 
 
 		 670 aa  47.8  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  36.47 
 
 		 678 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.82 
 
 		 680 aa  48.1  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  41.07 
 
 		 684 aa  47.4  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  32.76 
 
 		 671 aa  47.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.67 
 
 		 700 aa  47.4  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  32.5 
 
 		 795 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  36.99 
 
 		 690 aa  47  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  53.49 
 
 		 674 aa  46.6  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  33.75 
 
 		 671 aa  46.2  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  53.49 
 
 		 674 aa  46.2  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  32.93 
 
 		 810 aa  46.2  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  33.75 
 
 		 670 aa  45.8  0.0009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09780  DNA ligase, NAD-dependent  37.5 
 
 		 770 aa  45.8  0.0009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0919066  normal  0.0297571 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  33.71 
 
 		 677 aa  45.8  0.0009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  31.18 
 
 		 682 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  37.5 
 
 		 668 aa  45.4  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0676  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.51 
 
 		 738 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.759983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  32.93 
 
 		 827 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 716 aa  45.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  35.37 
 
 		 714 aa  44.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  46.67 
 
 		 670 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  35.37 
 
 		 700 aa  45.1  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  35.71 
 
 		 669 aa  44.7  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  29 
 
 		 721 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  35.44 
 
 		 706 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  32.93 
 
 		 829 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  38.16 
 
 		 673 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  32.5 
 
 		 703 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  28.97 
 
 		 707 aa  44.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  28.87 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  35 
 
 		 668 aa  44.3  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 670 aa  44.3  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  34.57 
 
 		 693 aa  44.3  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.06 
 
 		 679 aa  44.3  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2205  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.8 
 
 		 680 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  33.75 
 
 		 814 aa  43.9  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18071  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.8 
 
 		 697 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.113319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  30.77 
 
 		 691 aa  44.3  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  35.37 
 
 		 699 aa  43.9  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 673 aa  43.9  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  33.75 
 
 		 814 aa  43.9  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0004  DNA ligase, NAD-dependent  38.75 
 
 		 675 aa  43.5  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.48 
 
 		 693 aa  43.9  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2316  NAD-dependent DNA ligase LigA  33.33 
 
 		 774 aa  43.5  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.444372  normal  0.080689 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  32.93 
 
 		 681 aa  43.5  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  36.59 
 
 		 673 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 696 aa  43.1  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.57 
 
 		 300 aa  43.1  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  33.75 
 
 		 719 aa  43.1  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  33.75 
 
 		 814 aa  43.1  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  43.48 
 
 		 670 aa  43.1  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29061  NAD-dependent DNA ligase LigA  35.71 
 
 		 696 aa  42.7  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0136  DNA ligase, NAD-dependent  32.26 
 
 		 673 aa  42.7  0.008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.145225  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  33.75 
 
 		 668 aa  42.7  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0735  DNA ligase, NAD-dependent  33.75 
 
 		 699 aa  42.7  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  35.8 
 
 		 662 aa  42.7  0.008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1370  DNA ligase, NAD-dependent  29.51 
 
 		 684 aa  42.7  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  31.65 
 
 		 716 aa  42.7  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  32.1 
 
 		 741 aa  42.7  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  32.29 
 
 		 701 aa  42.7  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>