More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2320 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2320  secretion protein HlyD  100 
 
 		 381 aa  722    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.91 
 
 		 437 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  32.93 
 
 		 395 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  32.35 
 
 		 407 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 		 407 aa  160  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  33.96 
 
 		 400 aa  157  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1334  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  38.49 
 
 		 393 aa  156  6e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0169276  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1610  RND family efflux transporter MFP subunit  32.12 
 
 		 394 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.665479  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.89 
 
 		 388 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  29.32 
 
 		 444 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  29.32 
 
 		 444 aa  146  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  30.18 
 
 		 427 aa  145  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  29.74 
 
 		 413 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.19 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  34.21 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.56 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  34.42 
 
 		 386 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  31.47 
 
 		 426 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  31.76 
 
 		 426 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  26.83 
 
 		 379 aa  139  7e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  30.54 
 
 		 396 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  31.84 
 
 		 386 aa  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 379 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.79 
 
 		 389 aa  136  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  31.38 
 
 		 428 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 395 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  30.92 
 
 		 435 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  29.46 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  29.46 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  30.49 
 
 		 400 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  29.46 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  29.46 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.42 
 
 		 446 aa  133  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 415 aa  133  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 441 aa  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  29.46 
 
 		 415 aa  133  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  29.46 
 
 		 455 aa  133  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.04 
 
 		 441 aa  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  29.39 
 
 		 415 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  28.54 
 
 		 419 aa  132  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.55 
 
 		 440 aa  132  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.32 
 
 		 436 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  28.2 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.32 
 
 		 436 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.16 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  31.82 
 
 		 387 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  31.94 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2757  secretion protein HlyD  30.84 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.220243  normal  0.336362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  33.53 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  29.18 
 
 		 415 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  32.83 
 
 		 415 aa  130  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  32.45 
 
 		 385 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2803  secretion protein HlyD  30.63 
 
 		 376 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.602838  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.09 
 
 		 424 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.64 
 
 		 394 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  29.19 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  29.19 
 
 		 388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1971  secretion protein HlyD  31.18 
 
 		 362 aa  127  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1025  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 437 aa  127  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0127798  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5858  RND family efflux transporter MFP subunit  34.44 
 
 		 409 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.965315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.29 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  30.94 
 
 		 414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 407 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  28.82 
 
 		 386 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  31.68 
 
 		 412 aa  126  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  30.55 
 
 		 412 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  29.56 
 
 		 386 aa  126  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  29.43 
 
 		 385 aa  126  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1448  secretion protein HlyD  32.75 
 
 		 376 aa  126  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  30.21 
 
 		 410 aa  126  8.000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 435 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  32.14 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 		 435 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 430 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  33.96 
 
 		 415 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1788  RND family efflux transporter MFP subunit  34.71 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0970  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.84 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  29.13 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.13 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  29.13 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  29.13 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  29.13 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  29.13 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  32.67 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  29.13 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 408 aa  125  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1939  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 		 418 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0238209  hitchhiker  0.000755342 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  30.12 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1992  secretion protein HlyD family protein  33.23 
 
 		 418 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125579  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  28.8 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 383 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>