142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1250 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1250  hypothetical protein  100 
 
 		 143 aa  292  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  41.26 
 
 		 144 aa  110  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0179  hypothetical protein  44.37 
 
 		 141 aa  110  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  43.36 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0031  UspA domain protein  43.06 
 
 		 163 aa  102  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.781417  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3686  hypothetical protein  42.36 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.460591 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3802  hypothetical protein  41.96 
 
 		 141 aa  100  9e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.356211  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3481  UspA domain-containing protein  41.96 
 
 		 141 aa  100  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  40.14 
 
 		 143 aa  96.7  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  32.17 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0354  universal stress protein F  30.56 
 
 		 145 aa  64.7  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  32.41 
 
 		 141 aa  63.5  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  31.54 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  31.51 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  32.89 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  29.53 
 
 		 143 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001681  universal stress protein family 3  29.05 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  29.45 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  29.45 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  33.1 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  29.45 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  29.45 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  29.45 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  30.07 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1937  UspA domain-containing protein  26.39 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  27.78 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  28.97 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  28.97 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  28.97 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  28.97 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  28.97 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  26.06 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  28.28 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  28.28 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  28.28 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  28.28 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00791  hypothetical protein  27.03 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4356  UspA domain-containing protein  30.41 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244024  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3459  hypothetical protein  28.57 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3128  UspA domain protein  29.14 
 
 		 140 aa  53.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.621978  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  30 
 
 		 318 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0834  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25040  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2142  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  31.51 
 
 		 144 aa  52.8  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2836  UspA domain protein  28.67 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.123614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0994  UspA domain protein  28.28 
 
 		 139 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  27.4 
 
 		 144 aa  50.4  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  28.47 
 
 		 136 aa  50.4  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  28.97 
 
 		 138 aa  50.4  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  30.61 
 
 		 145 aa  50.4  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2171  UspA domain-containing protein  25.97 
 
 		 139 aa  50.4  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.981815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  28.87 
 
 		 149 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  31.03 
 
 		 144 aa  50.1  0.000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2532  UspA domain protein  27.27 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1352  hypothetical protein  44.68 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.486756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4122  UspA domain protein  29.29 
 
 		 291 aa  49.3  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  35.38 
 
 		 160 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2734  universal stress protein  35.14 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6366  UspA domain protein  28.28 
 
 		 155 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0890005  normal  0.312841 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14170  universal stress protein, UspA family  28.37 
 
 		 146 aa  48.9  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2566  UspA domain-containing protein  22.76 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31142  normal  0.160987 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  28.37 
 
 		 153 aa  48.5  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0644  UspA domain-containing protein  30.72 
 
 		 145 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.577691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  29.79 
 
 		 153 aa  47.4  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  26.35 
 
 		 307 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0603  UspA domain-containing protein  27.4 
 
 		 164 aa  47.4  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0538  UspA domain protein  28.86 
 
 		 159 aa  46.6  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1452  UspA domain-containing protein  25.52 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  27.4 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0504  UspA domain-containing protein  31.78 
 
 		 151 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00200377  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  28.28 
 
 		 150 aa  45.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  30.34 
 
 		 327 aa  45.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2213  putative UspA domain protein  28.77 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1929  UspA domain-containing protein  29.73 
 
 		 146 aa  45.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  29.37 
 
 		 271 aa  44.7  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  26.24 
 
 		 153 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  44 
 
 		 145 aa  44.3  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  30.65 
 
 		 159 aa  44.7  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3100  UspA domain-containing protein  26.45 
 
 		 147 aa  44.3  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0463  UspA domain-containing protein  30.92 
 
 		 146 aa  44.3  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3101  UspA domain protein  28.86 
 
 		 151 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1732  UspA domain protein  29.73 
 
 		 146 aa  44.3  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1794  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  27.19 
 
 		 148 aa  44.3  0.0006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1848  UspA family nucleotide-binding protein  33.08 
 
 		 147 aa  44.3  0.0006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  27.08 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3713  UspA domain-containing protein  25.66 
 
 		 147 aa  43.9  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1831  putative universal stress protein  28.66 
 
 		 167 aa  43.9  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  25.34 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0628  universal stress protein G  26.39 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0906  UspA domain protein  26.9 
 
 		 147 aa  43.5  0.0009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00116915 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3293  hypothetical protein  30.5 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  32.86 
 
 		 158 aa  43.1  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2397  hypothetical protein  32.14 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3154  UspA domain-containing protein  33.07 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.759591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6187  UspA domain protein  24.83 
 
 		 155 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  0.351957 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0866  UspA domain protein  24.83 
 
 		 139 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0647651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0762  UspA domain protein  29.69 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2862  UspA domain-containing protein  26.35 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  28.97 
 
 		 320 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>