180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0603 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0603  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 164 aa  335  9.999999999999999e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0994  UspA domain protein  47.14 
 
 		 139 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0866  UspA domain protein  46.43 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0647651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  44.29 
 
 		 136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2213  putative UspA domain protein  36.62 
 
 		 135 aa  91.7  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6366  UspA domain protein  33.57 
 
 		 155 aa  81.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0890005  normal  0.312841 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1352  hypothetical protein  37.86 
 
 		 137 aa  81.6  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.486756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6187  UspA domain protein  34.29 
 
 		 155 aa  81.3  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  0.351957 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  30.99 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  30.56 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  31.94 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  31.94 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1111  UspA domain-containing protein  33.79 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  31.25 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  31.25 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  31.25 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  31.25 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  31.25 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  29.86 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  32.43 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2532  UspA domain protein  30.14 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  29.17 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2734  universal stress protein  28.99 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2836  UspA domain protein  30.14 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.123614  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  29.86 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  29.86 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  29.86 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  29.17 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  29.86 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  29.86 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  29.86 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  29.86 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  29.86 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  29.86 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  36.3 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0628  universal stress protein G  30.56 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  30.61 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1083  universal stress protein family  32.41 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0804  UspA domain protein  34.81 
 
 		 138 aa  57  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1131  UspA domain-containing protein  29.2 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.922965  normal  0.348983 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1147  UspA domain-containing protein  28.47 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.280901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1937  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00576  universal stress protein UP12  29.86 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3017  UspA domain protein  29.86 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1115  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00565  hypothetical protein  29.86 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3036  UspA domain-containing protein  29.86 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0521  universal stress protein G  29.86 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0693  universal stress protein G  29.86 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.727878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0659  universal stress protein G  29.86 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0628  universal stress protein G  29.86 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  26.35 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  31.51 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  31.51 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0982  UspA domain protein  32.89 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00474456  normal  0.0330842 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0031  UspA domain protein  26.39 
 
 		 163 aa  53.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.781417  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4785  UspA domain protein  26 
 
 		 157 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0071  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  32.68 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4922  hypothetical protein  34.55 
 
 		 286 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  29.14 
 
 		 142 aa  52.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2547  UspA domain protein  28.48 
 
 		 306 aa  52  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  31.33 
 
 		 142 aa  52.4  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  29.93 
 
 		 142 aa  52  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56590  hypothetical protein  33.64 
 
 		 286 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.563899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  33.11 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4186  UspA domain protein  32.97 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3802  hypothetical protein  28.17 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.356211  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  34.75 
 
 		 145 aa  49.7  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001681  universal stress protein family 3  26.57 
 
 		 145 aa  49.7  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3481  UspA domain-containing protein  28.17 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4225  UspA domain protein  32.97 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.109852  normal  0.228049 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0179  hypothetical protein  30.34 
 
 		 141 aa  48.9  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2059  UspA domain protein  27.7 
 
 		 156 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.3944  hitchhiker  0.00218931 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  27.27 
 
 		 145 aa  48.9  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0276  UspA domain protein  30.63 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1861  UspA domain protein  29.61 
 
 		 145 aa  48.5  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0942342  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  24.65 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1134  UspA domain-containing protein  32.88 
 
 		 167 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  31.08 
 
 		 145 aa  47.8  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  26.55 
 
 		 316 aa  47.4  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0771  hypothetical protein  27.14 
 
 		 135 aa  47  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.584879  normal  0.0448473 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4021  UspA domain protein  27.14 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4059  UspA domain protein  27.14 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1250  hypothetical protein  27.4 
 
 		 143 aa  47.4  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  33.73 
 
 		 141 aa  47  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0624  UspA domain-containing protein  30 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5095  UspA domain protein  28.57 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  30.97 
 
 		 289 aa  47  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  31.11 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  27.83 
 
 		 159 aa  46.6  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  30.07 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  31.08 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1509  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  30.5 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.767189  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  31.76 
 
 		 288 aa  45.8  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00791  hypothetical protein  25.17 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2330  UspA domain protein  26.49 
 
 		 157 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3338  UspA domain-containing protein  29.14 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  27.89 
 
 		 143 aa  45.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0401  hypothetical protein  28.57 
 
 		 140 aa  45.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0538  UspA domain protein  29.68 
 
 		 159 aa  45.4  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2381  UspA domain protein  26.49 
 
 		 157 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.726392 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>