299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2040 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  100 
 
 		 135 aa  275  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2213  putative UspA domain protein  38.41 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0994  UspA domain protein  40.15 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  35.29 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1352  hypothetical protein  38.52 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.486756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  32.64 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  32.64 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  32.64 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  32.64 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  32.64 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0866  UspA domain protein  37.23 
 
 		 139 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0647651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3686  hypothetical protein  41.13 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.460591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  36.43 
 
 		 141 aa  72.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  31.94 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  31.94 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  31.94 
 
 		 144 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  31.94 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  35.17 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  31.94 
 
 		 144 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  35.66 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  31.94 
 
 		 144 aa  72  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  34.29 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  31.94 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  35 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  31.94 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  37.32 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  31.94 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  35.21 
 
 		 143 aa  70.5  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  37.76 
 
 		 143 aa  70.5  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0603  UspA domain-containing protein  30.99 
 
 		 164 aa  68.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  35.66 
 
 		 142 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3802  hypothetical protein  37.59 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.356211  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3481  UspA domain-containing protein  37.59 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  34.01 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2532  UspA domain protein  33.1 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  42.7 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  35.33 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2836  UspA domain protein  33.8 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.123614  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  33.57 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  36.3 
 
 		 144 aa  61.6  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  51.67 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  32.14 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4021  UspA domain protein  31.91 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4059  UspA domain protein  31.91 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2181  UspA domain protein  34.67 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.313206  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  33.78 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  33.1 
 
 		 159 aa  57.8  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  30.52 
 
 		 145 aa  57  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  43.42 
 
 		 180 aa  57  0.00000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0031  UspA domain protein  28.67 
 
 		 163 aa  57  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.781417  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  45.21 
 
 		 162 aa  57  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2502  UspA domain protein  45.21 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.187507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2413  UspA domain protein  46.67 
 
 		 164 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.53784  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2500  UspA domain protein  46.67 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.419356  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2566  UspA domain-containing protein  29.66 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31142  normal  0.160987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  35.05 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1662  UspA domain protein  28.26 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0276  UspA domain protein  34.23 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  45.45 
 
 		 151 aa  53.9  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00576  universal stress protein UP12  26.9 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3017  UspA domain protein  26.9 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1115  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00565  hypothetical protein  26.9 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0521  universal stress protein G  26.9 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0693  universal stress protein G  26.9 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.727878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2792  UspA domain-containing protein  44.83 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.276612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0659  universal stress protein G  26.9 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3036  UspA domain-containing protein  26.9 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  36.36 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0628  universal stress protein G  26.9 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0917  hypothetical protein  32.06 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00440791  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2734  universal stress protein  30.28 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  32.14 
 
 		 150 aa  52  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1674  UspA domain-containing protein  40 
 
 		 146 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246443 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  30.28 
 
 		 151 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001681  universal stress protein family 3  31.76 
 
 		 145 aa  51.2  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3082  UspA domain protein  39.34 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  33.33 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1776  UspA domain protein  31.86 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.257254  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1182  UspA domain protein  30.09 
 
 		 148 aa  50.8  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.146743 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  29.29 
 
 		 153 aa  50.8  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5095  UspA domain protein  32.99 
 
 		 177 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3565  universal stress protein  36.67 
 
 		 156 aa  50.4  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0986618 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2171  UspA domain-containing protein  31.76 
 
 		 139 aa  50.4  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.981815  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0758  UspA domain protein  43.55 
 
 		 162 aa  50.4  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.16073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3038  hypothetical protein  36.07 
 
 		 147 aa  50.4  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000975242  normal  0.515565 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5007  UspA domain protein  43.86 
 
 		 217 aa  50.4  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.773862 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  39.66 
 
 		 162 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2132  universal stress protein  45.76 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0989997 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1511  UspA domain protein  30.67 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3520  universal stress protein family  46.43 
 
 		 153 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0812  UspA domain protein  28.37 
 
 		 153 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.198754  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  40.28 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0808  UspA domain protein  28.37 
 
 		 153 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0102743  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3608  UspA domain-containing protein  45.76 
 
 		 146 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358614  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0179  hypothetical protein  31.29 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2705  UspA domain protein  30.67 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000991163 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  35.71 
 
 		 156 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0761  universal stress protein UspA  28.37 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  33.09 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>