More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1660 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  100 
 
 		 143 aa  288  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  90.91 
 
 		 143 aa  259  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  81.56 
 
 		 143 aa  237  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  72.86 
 
 		 141 aa  221  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  75.71 
 
 		 141 aa  214  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  72.14 
 
 		 141 aa  213  9e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  36.3 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  33.8 
 
 		 143 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0628  universal stress protein G  33.57 
 
 		 142 aa  81.6  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  36.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0693  universal stress protein G  33.57 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.727878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0659  universal stress protein G  33.57 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  34.93 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  34.93 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  34.93 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0628  universal stress protein G  33.57 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  34.93 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  34.93 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  32.39 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00576  universal stress protein UP12  32.87 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3017  UspA domain protein  32.87 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1115  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0031  UspA domain protein  36.36 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.781417  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00565  hypothetical protein  32.87 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0521  universal stress protein G  32.87 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3036  UspA domain-containing protein  32.87 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1147  UspA domain-containing protein  32.87 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.280901 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0179  hypothetical protein  34.03 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2532  UspA domain protein  34.51 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001681  universal stress protein family 3  33.8 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1937  UspA domain-containing protein  32.87 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2836  UspA domain protein  34.51 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.123614  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  31.69 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  35.42 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2566  UspA domain-containing protein  32.19 
 
 		 143 aa  73.6  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31142  normal  0.160987 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  33.8 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  35 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  35.48 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00791  hypothetical protein  32.39 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2213  putative UspA domain protein  31.43 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0354  universal stress protein F  33.1 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  31.25 
 
 		 144 aa  67  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2734  universal stress protein  33.56 
 
 		 141 aa  67  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3802  hypothetical protein  37.24 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.356211  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  30.82 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3481  UspA domain-containing protein  37.24 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0866  UspA domain protein  32.14 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0647651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  30.87 
 
 		 143 aa  63.9  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3570  UspA domain protein  33.12 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.610605 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  36.84 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  30.28 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0994  UspA domain protein  31.43 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  30.28 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  33.57 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1250  hypothetical protein  31.51 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3686  hypothetical protein  33.33 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.460591 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  34.48 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  33.57 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14170  universal stress protein, UspA family  30.82 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3459  hypothetical protein  36 
 
 		 145 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0603  UspA domain-containing protein  29.17 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  33.56 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3773  UspA domain protein  33.56 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0653  universal stress protein G  37.65 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0667  universal stress protein G  37.65 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.576414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3655  UspA domain protein  33.96 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850888  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0726  universal stress protein G  37.65 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.678292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0712  universal stress protein G  37.65 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.9695 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  30.77 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0772  universal stress protein G  37.65 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3732  UspA domain protein  35.57 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.212348  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  33.1 
 
 		 151 aa  57.4  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  32.19 
 
 		 156 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3549  UspA domain protein  35.29 
 
 		 278 aa  57  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.270172 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  34.01 
 
 		 160 aa  56.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  32.19 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  30.28 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  28.86 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  29.25 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1664  UspA domain-containing protein  31.33 
 
 		 156 aa  55.5  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  29.53 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  29.05 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  32.26 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2467  UspA domain-containing protein  29.01 
 
 		 175 aa  54.3  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1383  UspA domain protein  32.43 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6187  UspA domain protein  31.91 
 
 		 155 aa  54.3  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  0.351957 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6366  UspA domain protein  30.71 
 
 		 155 aa  54.3  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0890005  normal  0.312841 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  28.77 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  29.66 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  29.66 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  29.79 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  33.33 
 
 		 164 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0641  UspA domain-containing protein  30.61 
 
 		 314 aa  53.5  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.562028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  28.67 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>