224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1265 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  100 
 
 		 136 aa  270  7e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0994  UspA domain protein  59.56 
 
 		 139 aa  167  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0866  UspA domain protein  58.09 
 
 		 139 aa  164  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0647651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0603  UspA domain-containing protein  44.29 
 
 		 164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6187  UspA domain protein  37.5 
 
 		 155 aa  111  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  0.351957 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6366  UspA domain protein  38.97 
 
 		 155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0890005  normal  0.312841 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  38.57 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2213  putative UspA domain protein  36.23 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  35.86 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  35.86 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  35.86 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  35.86 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  35.86 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  35.29 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  34.48 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  36.43 
 
 		 141 aa  77  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  34.48 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  34.48 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  34.48 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  34.48 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  33.79 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  33.79 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  33.79 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  34.97 
 
 		 141 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  33.79 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  33.79 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1937  UspA domain-containing protein  32.17 
 
 		 143 aa  72.4  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  34.29 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  35 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  34.29 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3802  hypothetical protein  37.06 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.356211  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3481  UspA domain-containing protein  37.06 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1352  hypothetical protein  36.81 
 
 		 137 aa  67.4  0.00000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.486756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1147  UspA domain-containing protein  33.1 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.280901 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  31.29 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00576  universal stress protein UP12  32.41 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3017  UspA domain protein  32.41 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1115  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3036  UspA domain-containing protein  32.41 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0628  universal stress protein G  32.41 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00565  hypothetical protein  32.41 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0521  universal stress protein G  32.41 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0628  universal stress protein G  32.41 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0659  universal stress protein G  32.41 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0693  universal stress protein G  32.41 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.727878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2532  UspA domain protein  33.33 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  33.57 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  34.03 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2836  UspA domain protein  34.03 
 
 		 142 aa  62  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.123614  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  34.93 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3686  hypothetical protein  38.46 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.460591 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2566  UspA domain-containing protein  32.17 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31142  normal  0.160987 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  33.79 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  30.5 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  33.33 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  31.47 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1111  UspA domain-containing protein  31.51 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  31.91 
 
 		 320 aa  57  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  34.29 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2734  universal stress protein  32.37 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1083  universal stress protein family  31.25 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  30.71 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  30.71 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4059  UspA domain protein  29.29 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  33.81 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4021  UspA domain protein  29.29 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2094  hypothetical protein  32.35 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0906  UspA domain protein  29.37 
 
 		 147 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00116915 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0982  UspA domain protein  33.1 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00474456  normal  0.0330842 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  31.03 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  32.61 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0808  UspA domain protein  42.11 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0102743  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  31.76 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0812  UspA domain protein  42.11 
 
 		 153 aa  53.5  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.198754  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  29.29 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  32.61 
 
 		 152 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0804  UspA domain protein  33.81 
 
 		 138 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0624  UspA domain-containing protein  31.91 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0761  universal stress protein UspA  40.79 
 
 		 153 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25040  hypothetical protein  30.22 
 
 		 145 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0252  UspA domain-containing protein  27.54 
 
 		 148 aa  52.4  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  30.61 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0031  UspA domain protein  29.37 
 
 		 163 aa  52  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.781417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2142  hypothetical protein  30.22 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  30.15 
 
 		 145 aa  51.2  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1250  hypothetical protein  28.47 
 
 		 143 aa  50.4  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  47.27 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0179  hypothetical protein  30.5 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  37.8 
 
 		 159 aa  50.1  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3881  hypothetical protein  28.99 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119665 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0806  UspA domain-containing protein  34.53 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0671262  normal  0.592673 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  28.38 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2278  UspA domain protein  31.94 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  34.51 
 
 		 156 aa  48.1  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  30.88 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  28.17 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  30.26 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0276  UspA domain protein  34.21 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1457  UspA domain-containing protein  26.21 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>