More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3713 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3713  UspA domain-containing protein  100 
 
 
147 aa  300  4.0000000000000003e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1569  UspA domain-containing protein  80.95 
 
 
147 aa  248  3e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4059  UspA domain-containing protein  72.79 
 
 
147 aa  230  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3100  UspA domain-containing protein  65.99 
 
 
147 aa  202  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3354  UspA domain-containing protein  63.27 
 
 
147 aa  193  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.346756  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3101  UspA domain-containing protein  59.86 
 
 
143 aa  175  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.792051 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4060  UspA domain-containing protein  58.5 
 
 
143 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0938  UspA domain-containing protein  57.14 
 
 
143 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3714  universal stress protein  57.82 
 
 
143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.782463  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3355  UspA domain-containing protein  57.14 
 
 
143 aa  166  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47946  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2862  UspA domain-containing protein  55.78 
 
 
147 aa  166  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3330  UspA domain-containing protein  54.42 
 
 
143 aa  160  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1042  UspA domain-containing protein  54.42 
 
 
143 aa  160  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.49662 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3706  UspA domain-containing protein  54.42 
 
 
143 aa  159  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0037155  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0976  hypothetical protein  55.1 
 
 
143 aa  159  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21333  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1030  UspA domain protein  53.74 
 
 
143 aa  157  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.374464 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1009  UspA domain-containing protein  53.74 
 
 
143 aa  157  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0874  UspA domain-containing protein  53.74 
 
 
143 aa  155  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3148  UspA domain-containing protein  53.74 
 
 
143 aa  155  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3249  UspA domain-containing protein  53.74 
 
 
143 aa  155  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1010  UspA domain-containing protein  51.02 
 
 
150 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1043  UspA domain-containing protein  51.02 
 
 
150 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.49282 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1031  UspA domain protein  51.02 
 
 
145 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.365908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3329  UspA domain-containing protein  51.02 
 
 
150 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3248  UspA domain-containing protein  52.38 
 
 
149 aa  155  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2980  UspA domain-containing protein  51.7 
 
 
143 aa  152  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3681  universal stress protein  52.38 
 
 
143 aa  151  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0875  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
149 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3147  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
149 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1469  hypothetical protein  48.98 
 
 
143 aa  148  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2853  hypothetical protein  50.34 
 
 
143 aa  148  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.036432  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0953  UspA domain-containing protein  49.66 
 
 
143 aa  142  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3680  universal stress protein  49.66 
 
 
146 aa  140  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0489  hypothetical protein  39.74 
 
 
152 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  29.58 
 
 
149 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  31.69 
 
 
149 aa  79  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  34.87 
 
 
159 aa  78.6  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  35.76 
 
 
153 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  28.67 
 
 
147 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  34.01 
 
 
153 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  29.37 
 
 
147 aa  73.6  0.0000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0808  UspA domain protein  30.14 
 
 
153 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0102743  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0812  UspA domain protein  30.14 
 
 
153 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.198754  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  31.97 
 
 
162 aa  71.6  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  34.48 
 
 
145 aa  72  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  25.34 
 
 
151 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  33.33 
 
 
150 aa  70.9  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1198  UspA domain protein  31.29 
 
 
155 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.580664 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  33.79 
 
 
145 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0761  universal stress protein UspA  28.77 
 
 
153 aa  70.1  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  27.97 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  35.86 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  30.56 
 
 
151 aa  68.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  32.43 
 
 
152 aa  67  0.00000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  29.93 
 
 
154 aa  67  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3792  UspA domain protein  30.46 
 
 
151 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4869  UspA domain protein  30.46 
 
 
151 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0991837 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  32.64 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  31.03 
 
 
304 aa  65.5  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  34.48 
 
 
152 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  30.61 
 
 
154 aa  64.7  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  28.97 
 
 
145 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  30.92 
 
 
162 aa  63.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  33.11 
 
 
152 aa  63.5  0.0000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  33.78 
 
 
153 aa  62.8  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  29.68 
 
 
314 aa  62.4  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  28.95 
 
 
162 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0803  UspA domain protein  30.46 
 
 
212 aa  61.6  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1270  universal stress protein  30.46 
 
 
154 aa  62  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  27.92 
 
 
164 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  32.67 
 
 
144 aa  61.6  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2502  UspA domain protein  28.95 
 
 
162 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.187507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2538  UspA domain protein  28.77 
 
 
170 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205387  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2634  UspA domain protein  28.77 
 
 
170 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.765417  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2413  UspA domain protein  27.92 
 
 
164 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.53784  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5163  UspA domain protein  33.33 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.262292  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  30.14 
 
 
274 aa  58.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2500  UspA domain protein  27.92 
 
 
164 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.419356  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2306  UspA domain-containing protein  29.11 
 
 
155 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  30.67 
 
 
276 aa  58.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2708  UspA domain-containing protein  26.67 
 
 
277 aa  58.2  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0505017  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  24.48 
 
 
151 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2547  UspA domain protein  28.08 
 
 
306 aa  57.8  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1224  UspA domain protein  31.29 
 
 
156 aa  58.2  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1321  universal stress protein UspA  29.45 
 
 
169 aa  57.8  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.111503  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0384  UspA domain protein  30.87 
 
 
142 aa  57.4  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000150335  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2595  UspA domain protein  27.97 
 
 
146 aa  57.4  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000015359  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0315  UspA domain-containing protein  30.99 
 
 
146 aa  57.4  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.242735  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3017  UspA domain protein  29.86 
 
 
281 aa  56.6  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4059  UspA domain protein  31.08 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4021  UspA domain protein  31.08 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0592  UspA domain protein  28.47 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.000217039  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1213  hypothetical protein  26.8 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166995  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  29.66 
 
 
307 aa  55.8  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3498  hypothetical protein  26.39 
 
 
153 aa  55.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0065  UspA domain protein  26.39 
 
 
143 aa  55.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1662  UspA domain protein  28.77 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  25.69 
 
 
148 aa  55.1  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  33.56 
 
 
154 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3438  UspA domain protein  30.56 
 
 
144 aa  55.5  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>