More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3100 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3100  UspA domain-containing protein  100 
 
 
147 aa  300  5.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1569  UspA domain-containing protein  65.31 
 
 
147 aa  206  8e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3713  UspA domain-containing protein  65.99 
 
 
147 aa  202  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3354  UspA domain-containing protein  60.54 
 
 
147 aa  180  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.346756  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4059  UspA domain-containing protein  59.18 
 
 
147 aa  179  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2862  UspA domain-containing protein  56.46 
 
 
147 aa  167  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4060  UspA domain-containing protein  54.42 
 
 
143 aa  158  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3355  UspA domain-containing protein  53.06 
 
 
143 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47946  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3714  universal stress protein  52.38 
 
 
143 aa  153  9e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.782463  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0938  UspA domain-containing protein  50.34 
 
 
143 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3101  UspA domain-containing protein  51.02 
 
 
143 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.792051 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0875  UspA domain-containing protein  49.66 
 
 
149 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1031  UspA domain protein  48.98 
 
 
145 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.365908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3329  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
150 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1010  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
150 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1043  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
150 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.49282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3248  UspA domain-containing protein  47.62 
 
 
149 aa  141  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3706  UspA domain-containing protein  49.66 
 
 
143 aa  141  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0037155  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3147  UspA domain-containing protein  48.3 
 
 
149 aa  140  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0976  hypothetical protein  48.3 
 
 
143 aa  140  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21333  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0874  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
143 aa  138  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3148  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
143 aa  138  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1009  UspA domain-containing protein  48.3 
 
 
143 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3249  UspA domain-containing protein  48.98 
 
 
143 aa  137  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1030  UspA domain protein  48.3 
 
 
143 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.374464 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3681  universal stress protein  48.3 
 
 
143 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2980  UspA domain-containing protein  47.62 
 
 
143 aa  136  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1042  UspA domain-containing protein  48.3 
 
 
143 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.49662 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3330  UspA domain-containing protein  48.3 
 
 
143 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3680  universal stress protein  47.62 
 
 
146 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0953  UspA domain-containing protein  46.26 
 
 
143 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2853  hypothetical protein  44.22 
 
 
143 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.036432  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1469  hypothetical protein  41.5 
 
 
143 aa  126  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0489  hypothetical protein  38.46 
 
 
152 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  33.1 
 
 
149 aa  87.8  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  31.69 
 
 
149 aa  84.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  36.73 
 
 
153 aa  84  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  32.87 
 
 
147 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  33.57 
 
 
147 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  32.87 
 
 
147 aa  80.1  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  30.82 
 
 
151 aa  79  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  36.05 
 
 
150 aa  75.9  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  34.87 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  35.95 
 
 
153 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  36.55 
 
 
320 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  35.37 
 
 
153 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  34.01 
 
 
152 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  33.78 
 
 
152 aa  70.5  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 
151 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  32.88 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  35.76 
 
 
152 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  27.97 
 
 
151 aa  67.4  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  32.21 
 
 
164 aa  67  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2500  UspA domain protein  34.21 
 
 
164 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.419356  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  32.19 
 
 
145 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  30.92 
 
 
162 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2413  UspA domain protein  33.55 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.53784  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0808  UspA domain protein  31.47 
 
 
153 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0102743  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0812  UspA domain protein  31.47 
 
 
153 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.198754  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  32.67 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1853  universal stress protein  31.29 
 
 
168 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.499137  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0761  universal stress protein UspA  30.77 
 
 
153 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  32.65 
 
 
162 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 
145 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  32.64 
 
 
150 aa  61.6  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 
160 aa  62  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2634  UspA domain protein  31.51 
 
 
170 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.765417  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2502  UspA domain protein  32.65 
 
 
162 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.187507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2538  UspA domain protein  31.51 
 
 
170 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205387  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  29.66 
 
 
304 aa  60.5  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  30.52 
 
 
154 aa  60.5  0.000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1274  UspA domain-containing protein  31.94 
 
 
145 aa  60.5  0.000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.331528 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  30.14 
 
 
145 aa  60.1  0.000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  31.97 
 
 
164 aa  59.7  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1321  universal stress protein UspA  30.14 
 
 
169 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.111503  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  29.53 
 
 
154 aa  58.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2190  UspA domain-containing protein  32.89 
 
 
148 aa  58.5  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  31.76 
 
 
150 aa  58.2  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  29.86 
 
 
148 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0692  UspA domain protein  32.89 
 
 
157 aa  58.2  0.00000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  30.14 
 
 
138 aa  58.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1022  UspA domain-containing protein  32.03 
 
 
145 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.335236  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4395  universal stress protein UspA  29.61 
 
 
164 aa  57.8  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1662  UspA domain protein  28.77 
 
 
146 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  29.33 
 
 
288 aa  57  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1224  UspA domain protein  30.46 
 
 
156 aa  57  0.00000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  29.61 
 
 
314 aa  56.6  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  31.51 
 
 
288 aa  56.2  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  26.53 
 
 
274 aa  56.6  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0906  UspA domain protein  28.48 
 
 
147 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00116915 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2624  UspA domain protein  31.72 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3498  hypothetical protein  26.21 
 
 
153 aa  55.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0252  UspA domain-containing protein  30.87 
 
 
148 aa  56.2  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1331  universal stress protein UspA  31.72 
 
 
140 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0803  UspA domain protein  31.37 
 
 
212 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2528  UspA domain protein  31.72 
 
 
140 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.508947  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0959  UspA domain protein  30.41 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.260464  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2941  hypothetical protein  27.97 
 
 
296 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99893  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2829  UspA domain protein  27.04 
 
 
169 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0510043  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  31.37 
 
 
145 aa  55.1  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>