More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0987 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_2196  acriflavin resistance protein  60.03 
 
 		 1335 aa  1466    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0987  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1267 aa  2528    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.869665  normal  0.972102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0170  acriflavin resistance protein  37.1 
 
 		 1068 aa  733    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644504 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1162  acriflavin resistance protein  63.97 
 
 		 1189 aa  1581    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03414  hypothetical protein  36.09 
 
 		 1044 aa  518  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2510  acriflavin resistance protein  33.98 
 
 		 1033 aa  458  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00600549  normal  0.198744 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0469  acriflavin resistance protein  30.1 
 
 		 1038 aa  449  1.0000000000000001e-124  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2050  acriflavin resistance protein  43.21 
 
 		 1069 aa  443  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.440026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1679  acriflavin resistance protein  43.35 
 
 		 1048 aa  436  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.906292  normal  0.699127 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2625  acriflavin resistance protein  45.93 
 
 		 1067 aa  436  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4620  AcrB/AcrD/AcrF family protein  43.52 
 
 		 1052 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2569  integral membrane protein, putative multidrug resistance protein  44.24 
 
 		 1042 aa  429  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0974879  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0561  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.74 
 
 		 1032 aa  422  1e-116  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.38553  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2742  acriflavin resistance protein  43.58 
 
 		 1041 aa  422  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0619  acriflavin resistance protein  44.04 
 
 		 1045 aa  420  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002594  putative multidrug resistance protein  46.67 
 
 		 1034 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.018875  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0192  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  29 
 
 		 1025 aa  407  1.0000000000000001e-112  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.958952  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0869  acriflavin resistance protein  43.2 
 
 		 1038 aa  403  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0434774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3332  acriflavin resistance protein  41.72 
 
 		 1057 aa  401  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0158  putative multidrug resistance protein  44.24 
 
 		 1039 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0453777  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  27.37 
 
 		 1143 aa  391  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1320  multidrug resistance protein D  39.13 
 
 		 1024 aa  390  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01960  multidrug resistance protein, putative  26.89 
 
 		 1165 aa  381  1e-104  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5504  acriflavin resistance protein  26.06 
 
 		 1146 aa  380  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.39476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2513  cation/multidrug efflux pump  26.12 
 
 		 1134 aa  363  2e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.422561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  34.35 
 
 		 1092 aa  328  5e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  25.4 
 
 		 1191 aa  302  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  33.72 
 
 		 1043 aa  297  8e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0879  acriflavin resistance protein  35.04 
 
 		 1290 aa  291  7e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1477  acriflavin resistance protein  25.88 
 
 		 1124 aa  284  9e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.415294  normal  0.236417 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1164  acriflavin resistance protein  23.76 
 
 		 1110 aa  241  6.999999999999999e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.149808  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0507  acriflavin resistance protein  25.43 
 
 		 1020 aa  239  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433089  normal  0.988199 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2664  acriflavin resistance protein  22.41 
 
 		 1039 aa  229  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2392  acriflavin resistance protein  23.92 
 
 		 1028 aa  220  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430925  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  24.06 
 
 		 1028 aa  220  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2047  acriflavin resistance protein  23.27 
 
 		 1112 aa  218  8e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3757  acriflavin resistance protein  22.71 
 
 		 1047 aa  206  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1383  acriflavin resistance protein  28.37 
 
 		 1022 aa  205  5e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3232  acriflavin resistance protein  28.4 
 
 		 1029 aa  203  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.133576  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  23.81 
 
 		 1050 aa  200  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  22.13 
 
 		 1053 aa  199  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  25.89 
 
 		 1058 aa  199  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  28.6 
 
 		 1048 aa  199  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  30.64 
 
 		 1033 aa  198  4.0000000000000005e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  25.71 
 
 		 1050 aa  196  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2523  acriflavin resistance protein  28.23 
 
 		 1035 aa  193  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1907  acriflavin resistance protein  25.6 
 
 		 1051 aa  192  2.9999999999999997e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0495674  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  21.57 
 
 		 1044 aa  191  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2558  acriflavin resistance protein  21.25 
 
 		 1048 aa  191  9e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.181919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3717  acriflavin resistance protein  19.85 
 
 		 1055 aa  190  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.530646  normal  0.0294121 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  25.82 
 
 		 1040 aa  190  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5032  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.6 
 
 		 1024 aa  189  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  26.97 
 
 		 1042 aa  188  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_002950  PG0540  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.7 
 
 		 1049 aa  187  1.0000000000000001e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  29.54 
 
 		 1031 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0965  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.7 
 
 		 1024 aa  187  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00708155  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2317  acriflavin resistance protein  27.02 
 
 		 1029 aa  185  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.259725 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0122  acriflavin resistance protein  22.36 
 
 		 1073 aa  185  5.0000000000000004e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00495446  hitchhiker  0.00000000019698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  27.12 
 
 		 1055 aa  185  6e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0304  acriflavin resistance protein  26.95 
 
 		 1028 aa  184  9.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.99394  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  28.8 
 
 		 1034 aa  184  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  24.19 
 
 		 1034 aa  184  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  26.4 
 
 		 1028 aa  182  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3931  acriflavin resistance protein  26.43 
 
 		 1026 aa  182  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415531  normal  0.145125 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1876  acriflavin resistance protein  27.6 
 
 		 1017 aa  182  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  26.18 
 
 		 1040 aa  181  9e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  26.51 
 
 		 1496 aa  180  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1970  acriflavin resistance protein  23.02 
 
 		 1029 aa  180  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  28.08 
 
 		 1030 aa  181  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28790  acriflavin resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  26.13 
 
 		 1035 aa  180  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1937  acriflavin resistance protein  26.61 
 
 		 1034 aa  180  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.256217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3981  acriflavin resistance protein  24.74 
 
 		 1014 aa  179  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2319  RND efflux transporter  27.48 
 
 		 1023 aa  178  7e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  22.05 
 
 		 1039 aa  177  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4641  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  22.17 
 
 		 1052 aa  177  9e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0463789  normal  0.947312 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3583  acriflavin resistance protein  28.21 
 
 		 1035 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2188  acriflavin resistance protein  28.21 
 
 		 1035 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.252865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1170  acriflavin resistance protein  25.79 
 
 		 1102 aa  177  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.273811  normal  0.0444118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2331  acriflavin resistance protein  28.21 
 
 		 1035 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0100478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  27.1 
 
 		 1041 aa  177  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0030  acriflavin resistance protein  25.92 
 
 		 1027 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0439457  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3001  cation-multidrug efflux pump  22.42 
 
 		 1025 aa  177  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0744  acriflavin resistance protein  22.31 
 
 		 1051 aa  176  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.842453 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1675  acriflavin resistance protein  24.55 
 
 		 1034 aa  175  5e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.640028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2755  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.02 
 
 		 1035 aa  175  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5560  acriflavin resistance protein  23.74 
 
 		 1093 aa  174  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4304  acriflavin resistance protein  25.78 
 
 		 1102 aa  174  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.123043  normal  0.121863 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2369  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  26.6 
 
 		 1056 aa  174  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.11897  normal  0.738324 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0717  acriflavin resistance protein  25.59 
 
 		 1102 aa  174  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.387594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1324  acriflavin resistance protein  26.15 
 
 		 1038 aa  174  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.778616  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  26.84 
 
 		 1042 aa  174  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1196  acriflavin resistance protein  25.59 
 
 		 1102 aa  174  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.458181  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.33 
 
 		 1024 aa  173  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3296  acriflavin resistance protein  23.87 
 
 		 1006 aa  173  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0229109  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  25 
 
 		 1032 aa  172  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  24.74 
 
 		 1038 aa  172  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  28.18 
 
 		 1052 aa  172  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  28 
 
 		 1034 aa  172  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3554  multidrug efflux system subunit MdtC  25.88 
 
 		 1026 aa  172  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2868  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.39 
 
 		 1100 aa  172  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.818421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>