More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1029 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  80.51 
 
 
1047 aa  1677    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  47.18 
 
 
1031 aa  928    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0365  acriflavin resistance protein  37.46 
 
 
1037 aa  663    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  40.29 
 
 
1022 aa  733    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1200  acriflavin resistance protein  80.41 
 
 
1047 aa  1675    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.994972  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004021  RND multidrug efflux transporter  75.07 
 
 
1037 aa  1566    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276647  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  46.21 
 
 
1031 aa  914    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  49.08 
 
 
1042 aa  952    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.28 
 
 
1024 aa  730    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1155  acriflavin resistance protein  79.61 
 
 
1036 aa  1683    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00884759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  79.24 
 
 
1042 aa  1642    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  38.21 
 
 
1024 aa  676    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3926  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.98 
 
 
1029 aa  880    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.5 
 
 
1031 aa  916    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  80.6 
 
 
1046 aa  1684    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3203  acriflavin resistance protein  42.21 
 
 
1041 aa  770    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2815  acriflavin resistance protein  35.92 
 
 
1051 aa  645    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.874616  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1816  acriflavin resistance protein  39.37 
 
 
1023 aa  686    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.742902  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01921  acriflavin resistance protein  43.74 
 
 
1041 aa  792    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413816  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  41.17 
 
 
1048 aa  781    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1738  acriflavin resistance protein  42.41 
 
 
1038 aa  749    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1968  acriflavin resistance protein  38 
 
 
1025 aa  664    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0704  acriflavin resistance protein  46.5 
 
 
1038 aa  877    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1366  acriflavin resistance protein  80.27 
 
 
1035 aa  1705    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0602713  hitchhiker  0.00132005 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2321  acriflavin resistance protein  44.61 
 
 
1052 aa  813    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0273304 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3207  acriflavin resistance protein  37.2 
 
 
1037 aa  664    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0543905  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3736  acriflavin resistance protein  37.5 
 
 
1036 aa  642    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.504437  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  38.07 
 
 
1029 aa  695    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2940  acriflavin resistance protein  37.66 
 
 
1032 aa  646    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00284054  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1020  acriflavin resistance protein  38.06 
 
 
1037 aa  684    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.00000109455  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  75.37 
 
 
1037 aa  1592    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  37.18 
 
 
1064 aa  685    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2000  acriflavin resistance protein  42.66 
 
 
1028 aa  796    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  47.17 
 
 
1034 aa  925    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2094  acriflavin resistance protein  40.87 
 
 
1037 aa  770    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  47.18 
 
 
1031 aa  928    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  47.28 
 
 
1031 aa  929    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  0.000000350495 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  46.65 
 
 
1030 aa  922    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  80.51 
 
 
1046 aa  1686    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01735  RND family efflux transporter  46.67 
 
 
1035 aa  929    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1267  acriflavin resistance protein  80.97 
 
 
1035 aa  1713    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0368024  hitchhiker  0.0000615461 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  37.37 
 
 
1051 aa  679    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1738  acriflavin resistance protein  46.95 
 
 
1031 aa  900    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0173564  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  47.28 
 
 
1031 aa  929    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3314  acriflavin resistance protein  80.51 
 
 
1047 aa  1678    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.378933 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1439  acriflavin resistance protein  44.23 
 
 
1035 aa  832    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100841  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  47.35 
 
 
1036 aa  882    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  36.43 
 
 
1026 aa  659    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  75.76 
 
 
1036 aa  1569    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  38.12 
 
 
1068 aa  669    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  80.51 
 
 
1051 aa  1681    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  46.8 
 
 
1031 aa  927    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  80.6 
 
 
1051 aa  1685    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  46.8 
 
 
1031 aa  928    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  41.79 
 
 
1036 aa  771    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1034 aa  2094    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  41.89 
 
 
1040 aa  794    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  47.71 
 
 
1031 aa  944    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3170  acriflavin resistance protein  80.41 
 
 
1047 aa  1675    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130532  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3080  acriflavin resistance protein  40.31 
 
 
1045 aa  721    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.907454  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  80.51 
 
 
1051 aa  1681    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  46.7 
 
 
1031 aa  926    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.29 
 
 
1034 aa  915    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  72.6 
 
 
1033 aa  1555    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0175  acriflavin resistance protein  43.47 
 
 
1046 aa  839    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.481543 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2556  acriflavin resistance protein  35.67 
 
 
1051 aa  635  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1234  RND efflux transporter  36.83 
 
 
1019 aa  630  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2033  acriflavin resistance protein  35.85 
 
 
1044 aa  632  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1193  acriflavin resistance plasma membrane protein  36.73 
 
 
1019 aa  629  1e-178  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3361  acriflavin resistance protein  37.1 
 
 
1048 aa  628  1e-178  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.629992 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2658  multidrug efflux membrane fusion protein  37.34 
 
 
1030 aa  625  1e-177  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0945  acriflavin resistance protein  35.93 
 
 
1040 aa  619  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000402917 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0342  acriflavin resistance protein  36.11 
 
 
1050 aa  616  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.467499  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0277  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  35.89 
 
 
1043 aa  612  9.999999999999999e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0517386  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0778  acriflavin resistance protein  36.79 
 
 
1040 aa  614  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21707  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5136  acriflavin resistance protein  37.19 
 
 
1029 aa  613  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56890  multidrug efflux protein  36.47 
 
 
1018 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4944  multidrug efflux protein  36.47 
 
 
1018 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.978867  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0291  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  35.79 
 
 
1043 aa  610  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2796  acriflavin resistance protein  35.58 
 
 
1040 aa  612  1e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1088  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  36.08 
 
 
1029 aa  607  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5577  acriflavin resistance protein  36.29 
 
 
1037 aa  606  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.500475 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  35.93 
 
 
1017 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2173  acriflavin resistance protein  36.09 
 
 
1029 aa  601  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.310659  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2552  putative multidrug resistance protein  35.02 
 
 
1036 aa  599  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000475921  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  35.09 
 
 
1009 aa  593  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2270  acriflavin resistance protein  35.06 
 
 
1049 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446759  normal  0.133949 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0306  RND efflux transporter  34.53 
 
 
1044 aa  590  1e-167  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2618  acriflavin resistance protein  36.37 
 
 
1024 aa  591  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0519656  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0767  acriflavin resistance plasma membrane protein  34.19 
 
 
1022 aa  590  1e-167  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.450822  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0906  multidrug efflux protein  35.51 
 
 
1014 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216177  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1611  acriflavin resistance protein  35.09 
 
 
1028 aa  588  1e-166  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.921522  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3699  acriflavin resistance protein  34.03 
 
 
1029 aa  588  1e-166  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.459748  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2847  RND family multidrug efflux protein  34.93 
 
 
1032 aa  589  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0945  multidrug efflux protein  35.6 
 
 
1014 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4481  multidrug efflux protein  35.66 
 
 
1014 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0750514  normal  0.872704 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3476  acriflavin resistance protein  35.09 
 
 
1028 aa  585  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.247927 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1198  RND efflux transporter  34.06 
 
 
1022 aa  579  1e-164  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1810  acriflavin resistance protein  35.15 
 
 
1034 aa  582  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0974  multidrug efflux protein  35.13 
 
 
1014 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543426  normal  0.0386559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>