More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3001 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0745  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.33 
 
 		 1027 aa  718    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2563  AcrB/AcrD/AcrF family protein  52.5 
 
 		 1019 aa  1110    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3001  cation-multidrug efflux pump  100 
 
 		 1025 aa  2073    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0670  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  35.91 
 
 		 1010 aa  636    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2427  acriflavin resistance protein  43.15 
 
 		 1019 aa  780    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179675 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2235  acriflavin resistance protein  38 
 
 		 1022 aa  715    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2294  acriflavin resistance protein  38.1 
 
 		 1012 aa  660    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0792  acriflavin resistance protein  35.45 
 
 		 1013 aa  631  1e-179  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2959  acriflavin resistance protein  36.17 
 
 		 1071 aa  623  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00263635 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1315  acriflavin resistance protein  37.65 
 
 		 1029 aa  625  1e-177  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.549537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1461  acriflavin resistance protein  35.5 
 
 		 1067 aa  623  1e-177  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.680288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0187  acriflavin resistance protein  34.27 
 
 		 1027 aa  625  1e-177  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2509  acriflavin resistance protein  36.24 
 
 		 1051 aa  620  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01877  hypothetical protein  35.49 
 
 		 1036 aa  618  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2028  acriflavin resistance protein  35.71 
 
 		 1089 aa  617  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.393599  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003809  transporter AcrB/D/F family  34.77 
 
 		 1036 aa  611  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  35.85 
 
 		 1036 aa  609  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1278  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  34.95 
 
 		 1032 aa  610  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1552  acriflavin resistance protein  35.6 
 
 		 1060 aa  610  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2546  acriflavin resistance protein  35.19 
 
 		 1047 aa  606  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226103 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0057  acriflavin resistance protein  34.43 
 
 		 1019 aa  604  1.0000000000000001e-171  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.663476  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  33.91 
 
 		 1044 aa  599  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2575  acriflavin resistance protein  35.01 
 
 		 1071 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474899 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1126  acriflavin resistance protein  35.46 
 
 		 1049 aa  602  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0566476  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1290  putative transmembrane drug efflux protein  35.29 
 
 		 1041 aa  596  1e-169  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0890171 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3849  acriflavin resistance protein  33.63 
 
 		 1009 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.771942 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  33.85 
 
 		 1046 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2869  acriflavin resistance protein  34.79 
 
 		 1024 aa  596  1e-169  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00922852  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1207  acriflavin resistance protein  35.27 
 
 		 1049 aa  596  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.372484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  33.46 
 
 		 1039 aa  593  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  35.83 
 
 		 1053 aa  595  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  35.09 
 
 		 1022 aa  592  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1353  putative multi-drug efflux protein  33.69 
 
 		 1025 aa  595  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.434424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  35.53 
 
 		 1036 aa  595  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04840  acriflavin resistance protein  33.95 
 
 		 1018 aa  595  1e-168  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3350  acriflavin resistance protein  34.78 
 
 		 1024 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.497047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4101  acriflavin resistance protein  35.23 
 
 		 1021 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.585633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4376  acriflavin resistance protein  34.08 
 
 		 1041 aa  592  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.980623  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1517  acriflavin resistance protein  35.2 
 
 		 1021 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.850738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1563  acriflavin resistance protein  33.24 
 
 		 1039 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.324661  normal  0.366734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2215  RND efflux transporter  34.01 
 
 		 1046 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12162  normal  0.156003 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000226  transporter AcrB/D/F family  33.75 
 
 		 1019 aa  592  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.486029  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4206  acriflavin resistance protein  35.2 
 
 		 1021 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1892  acriflavin resistance protein  33.24 
 
 		 1039 aa  589  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.71237  normal  0.251919 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1509  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 		 1023 aa  589  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.83923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4145  acriflavin resistance protein  33.98 
 
 		 1021 aa  588  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.452141 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05963  hypothetical protein  33.07 
 
 		 1019 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1915  acriflavin resistance protein  33.02 
 
 		 1056 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4928  acriflavin resistance protein  33.59 
 
 		 1019 aa  584  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2533  acriflavin resistance protein  34.77 
 
 		 1067 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2568  acriflavin resistance protein  33.98 
 
 		 1020 aa  585  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.456395  normal  0.0553814 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1266  acriflavin resistance protein  33.56 
 
 		 1040 aa  581  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3460  acriflavin resistance protein  34.5 
 
 		 1073 aa  581  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1123  acriflavin resistance protein  34.85 
 
 		 1021 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1519  acriflavin resistance protein  34.64 
 
 		 1050 aa  582  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.352898  normal  0.340247 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0675  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  34.04 
 
 		 1028 aa  582  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1753  acriflavin resistance protein  34.4 
 
 		 1048 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5036  acriflavin resistance protein  34.24 
 
 		 1048 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.809284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1463  RND efflux transporter  34.69 
 
 		 1025 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3339  acriflavin resistance protein  34.5 
 
 		 1053 aa  579  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3665  acriflavin resistance protein  33.04 
 
 		 1029 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16820  putative efflux transmembrane protein  34.37 
 
 		 1025 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3538  acriflavin resistance protein  34.14 
 
 		 1057 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2293  acriflavin resistance protein  34.21 
 
 		 1042 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1967  RND family multidrug efflux protein  33.62 
 
 		 1045 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585173  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  32.98 
 
 		 1018 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6339  acriflavin resistance protein  34.4 
 
 		 1049 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.45388  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1740  acriflavin resistance protein  34.4 
 
 		 1049 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0112228  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5275  acriflavin resistance protein  35.15 
 
 		 1054 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0105172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1262  acriflavin resistance protein  33.2 
 
 		 1017 aa  572  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0594234  normal  0.65985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1080  acriflavin resistance protein  34.37 
 
 		 1022 aa  571  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  32.88 
 
 		 1018 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2796  acriflavin resistance protein  35.12 
 
 		 1059 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1436  acriflavin resistance protein  33.3 
 
 		 1021 aa  572  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5369  acriflavin resistance protein  32.62 
 
 		 1023 aa  567  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.575486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  32.59 
 
 		 1046 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  32.98 
 
 		 1046 aa  568  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3402  acriflavin resistance protein  33.94 
 
 		 1029 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.33342  hitchhiker  0.00241288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0550  acriflavin resistance protein  33.94 
 
 		 1029 aa  566  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1661  acriflavin resistance protein  34.04 
 
 		 1047 aa  568  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1661  acriflavin resistance protein  34.04 
 
 		 1047 aa  569  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302634  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1612  acriflavin resistance protein  32.85 
 
 		 1040 aa  563  1.0000000000000001e-159  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2172  acriflavin resistance protein  32.62 
 
 		 1016 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244345  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2288  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.94 
 
 		 1057 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.651759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2751  acriflavin resistance protein  33.62 
 
 		 1041 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212655  normal  0.287815 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1556  acriflavin resistance protein  33.79 
 
 		 1056 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0236  RND efflux transporter  32.62 
 
 		 1015 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5089  acriflavin resistance protein  32.33 
 
 		 1023 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0880645  normal  0.0178395 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000655  transporter AcrB/D/F family  32.84 
 
 		 1020 aa  560  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.955615  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3505  acriflavin resistance protein  34.15 
 
 		 1029 aa  562  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3696  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 		 1025 aa  560  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.42345  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2104  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.88 
 
 		 1056 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.110742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01970  putative RND efflux transporter  32.52 
 
 		 1015 aa  561  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335832 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0466  acriflavin resistance protein  32.65 
 
 		 1024 aa  557  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4901  acriflavin resistance protein  32.78 
 
 		 1045 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.626163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2179  acriflavin resistance protein  33.85 
 
 		 1051 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381595  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  32.62 
 
 		 1024 aa  558  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2296  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.88 
 
 		 1056 aa  558  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2163  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.88 
 
 		 1056 aa  558  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0629  acriflavin resistance protein  32.75 
 
 		 1028 aa  557  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>