More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2318 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.23 
 
 		 662 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  54.11 
 
 		 654 aa  676    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.97 
 
 		 641 aa  718    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  58.29 
 
 		 642 aa  753    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.94 
 
 		 649 aa  777    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.9 
 
 		 642 aa  721    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.14 
 
 		 642 aa  765    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  76.76 
 
 		 645 aa  1009    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  53.08 
 
 		 662 aa  665    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  53.17 
 
 		 679 aa  682    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.83 
 
 		 653 aa  728    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.06 
 
 		 662 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.69 
 
 		 659 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.28 
 
 		 664 aa  700    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  64.9 
 
 		 641 aa  849    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  100 
 
 		 648 aa  1343    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.04 
 
 		 681 aa  672    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.08 
 
 		 662 aa  664    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  62.6 
 
 		 636 aa  833    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  55.42 
 
 		 641 aa  702    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.23 
 
 		 658 aa  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.08 
 
 		 665 aa  675    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  52.49 
 
 		 669 aa  647    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  54.94 
 
 		 639 aa  692    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.23 
 
 		 658 aa  678    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  51.13 
 
 		 690 aa  631  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.17 
 
 		 646 aa  619  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.84 
 
 		 651 aa  599  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  41.21 
 
 		 637 aa  486  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.7 
 
 		 607 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.14 
 
 		 716 aa  305  2.0000000000000002e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.4 
 
 		 607 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.41 
 
 		 610 aa  302  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  30.25 
 
 		 632 aa  301  2e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.57 
 
 		 626 aa  301  2e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.11 
 
 		 607 aa  300  5e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.49 
 
 		 607 aa  300  8e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4241  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.7 
 
 		 607 aa  299  9e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  45.22 
 
 		 698 aa  299  9e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1056  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  32.4 
 
 		 584 aa  298  2e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 607 aa  298  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.57 
 
 		 626 aa  296  1e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.94 
 
 		 615 aa  294  3e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0930  hypothetical protein  43.82 
 
 		 608 aa  293  9e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.23 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.23 
 
 		 607 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.23 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.23 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0899  hypothetical protein  43.82 
 
 		 608 aa  291  2e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.06 
 
 		 617 aa  292  2e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.23 
 
 		 607 aa  292  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.29 
 
 		 599 aa  291  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.32 
 
 		 608 aa  291  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1359  DEAD/DEAH box helicase  43.79 
 
 		 681 aa  291  4e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0027  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.79 
 
 		 681 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0879817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.29 
 
 		 599 aa  289  9e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.74 
 
 		 607 aa  289  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0332  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.79 
 
 		 613 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.92 
 
 		 681 aa  287  4e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.35 
 
 		 705 aa  287  5e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1991  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.53 
 
 		 593 aa  286  9e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.71 
 
 		 615 aa  286  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2442  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.74 
 
 		 606 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.19 
 
 		 609 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1318  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.35 
 
 		 419 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.227704  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.19 
 
 		 611 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.19 
 
 		 609 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.19 
 
 		 609 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.19 
 
 		 609 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.19 
 
 		 611 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  40.9 
 
 		 611 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  40.9 
 
 		 609 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.6 
 
 		 451 aa  284  5.000000000000001e-75  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0412103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.3 
 
 		 608 aa  283  6.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.9 
 
 		 611 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.06 
 
 		 705 aa  283  7.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.75 
 
 		 603 aa  283  8.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.38 
 
 		 601 aa  282  1e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1919  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.34 
 
 		 706 aa  281  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77164  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4553  ATP-dependent DNA helicase RecQ  32.82 
 
 		 864 aa  281  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40 
 
 		 608 aa  281  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.83 
 
 		 633 aa  281  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4166  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.9 
 
 		 615 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.39 
 
 		 594 aa  280  5e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.31 
 
 		 737 aa  280  5e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0297  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.77 
 
 		 725 aa  280  5e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2842  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.76 
 
 		 705 aa  280  6e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0115008  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2543  ATP-dependent DNA helicase Q  42.51 
 
 		 705 aa  280  6e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2865  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.76 
 
 		 705 aa  280  6e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000591362  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.07 
 
 		 607 aa  280  6e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.89 
 
 		 721 aa  280  7e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2576  ATP-dependent DNA helicase (RecQ)  42.51 
 
 		 705 aa  280  8e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.238404  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2825  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.51 
 
 		 705 aa  280  8e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000139283 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.1 
 
 		 793 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.89 
 
 		 611 aa  279  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.9 
 
 		 615 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0061  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.34 
 
 		 647 aa  279  1e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6833  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.03 
 
 		 708 aa  279  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.95 
 
 		 622 aa  279  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4285  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.9 
 
 		 615 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.362747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>