More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5409 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.51 
 
 		 662 aa  676    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  49.7 
 
 		 690 aa  636    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  52.65 
 
 		 654 aa  666    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.92 
 
 		 641 aa  729    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  100 
 
 		 642 aa  1330    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  57.28 
 
 		 636 aa  732    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  93.29 
 
 		 649 aa  1249    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.24 
 
 		 659 aa  658    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  79.44 
 
 		 642 aa  1069    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.56 
 
 		 645 aa  745    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  50.82 
 
 		 679 aa  664    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  70.85 
 
 		 653 aa  915    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.35 
 
 		 662 aa  677    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  56.88 
 
 		 641 aa  736    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.23 
 
 		 664 aa  806    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.49 
 
 		 641 aa  739    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  71.61 
 
 		 642 aa  919    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.35 
 
 		 662 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.66 
 
 		 681 aa  674    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  56.4 
 
 		 639 aa  736    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  53.35 
 
 		 662 aa  675    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.9 
 
 		 658 aa  655    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.9 
 
 		 665 aa  657    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  51.57 
 
 		 669 aa  639    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.14 
 
 		 658 aa  656    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  58.29 
 
 		 648 aa  771    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.54 
 
 		 651 aa  615  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.92 
 
 		 646 aa  601  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  42.5 
 
 		 637 aa  475  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  35.92 
 
 		 632 aa  332  2e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0825  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.01 
 
 		 598 aa  295  2e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6833  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.66 
 
 		 708 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.99 
 
 		 736 aa  290  6e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.765409 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4553  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.27 
 
 		 864 aa  290  8e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.39 
 
 		 737 aa  289  1e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1262  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  33.86 
 
 		 634 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.9 
 
 		 617 aa  288  2.9999999999999996e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.52 
 
 		 707 aa  285  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0297  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.94 
 
 		 725 aa  283  5.000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1991  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.29 
 
 		 593 aa  283  9e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2398  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 606 aa  282  2e-74  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.8 
 
 		 594 aa  281  4e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2656  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 790 aa  280  4e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.57 
 
 		 599 aa  280  8e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44 
 
 		 607 aa  280  8e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.47 
 
 		 705 aa  279  9e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1229  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.41 
 
 		 779 aa  278  2e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1056  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  34.86 
 
 		 584 aa  278  3e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.75 
 
 		 608 aa  278  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.16 
 
 		 707 aa  276  6e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4187  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.99 
 
 		 615 aa  277  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4345  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.99 
 
 		 615 aa  277  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  42.49 
 
 		 698 aa  276  7e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1919  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.26 
 
 		 706 aa  276  8e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77164  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4166  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.99 
 
 		 615 aa  276  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.38 
 
 		 611 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.38 
 
 		 607 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 		 611 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.44 
 
 		 608 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 		 609 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 		 609 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.38 
 
 		 610 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1003  superfamily II DNA helicase  42.68 
 
 		 597 aa  276  1.0000000000000001e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000133719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.26 
 
 		 615 aa  275  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 		 609 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.96 
 
 		 705 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  42.38 
 
 		 609 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.99 
 
 		 615 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  42.38 
 
 		 611 aa  275  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.69 
 
 		 608 aa  275  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2842  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.96 
 
 		 705 aa  275  3e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0115008  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2865  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.96 
 
 		 705 aa  275  3e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000591362  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4285  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.99 
 
 		 615 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.362747 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.29 
 
 		 599 aa  274  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.4 
 
 		 716 aa  273  5.000000000000001e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.07 
 
 		 611 aa  274  5.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0744  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.29 
 
 		 593 aa  273  5.000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2466  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.96 
 
 		 705 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.425923  normal  0.631246 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0900  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.64 
 
 		 605 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.586975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.29 
 
 		 609 aa  273  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 		 609 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0761  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.29 
 
 		 593 aa  273  5.000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.089844  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1318  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.52 
 
 		 419 aa  273  5.000000000000001e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.227704  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2543  ATP-dependent DNA helicase Q  42.68 
 
 		 705 aa  273  6e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1535  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.38 
 
 		 596 aa  273  6e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.297932  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.69 
 
 		 607 aa  273  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.71 
 
 		 626 aa  273  7e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0416  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40 
 
 		 725 aa  272  1e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.65575 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.53 
 
 		 626 aa  272  1e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2825  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.68 
 
 		 705 aa  272  1e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000139283 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.74 
 
 		 605 aa  273  1e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00245617  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2576  ATP-dependent DNA helicase (RecQ)  42.68 
 
 		 705 aa  273  1e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.238404  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2826  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.96 
 
 		 705 aa  272  1e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.71 
 
 		 681 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.46 
 
 		 601 aa  272  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.92 
 
 		 607 aa  272  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0884  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.67 
 
 		 595 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.385904  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0137  ATP-dependent DNA helicase RecQ  29.97 
 
 		 631 aa  272  1e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.837204  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0838  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.67 
 
 		 527 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0888  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.41 
 
 		 595 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>