More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1999 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  52.12 
 
 		 639 aa  657    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.98 
 
 		 641 aa  673    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  61.95 
 
 		 690 aa  830    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  80.7 
 
 		 654 aa  1099    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  52.83 
 
 		 642 aa  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  53.77 
 
 		 636 aa  650    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  73.09 
 
 		 662 aa  994    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.17 
 
 		 649 aa  672    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  74.23 
 
 		 659 aa  1016    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.46 
 
 		 642 aa  656    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.09 
 
 		 641 aa  649    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  60.54 
 
 		 679 aa  823    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54 
 
 		 653 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  73.24 
 
 		 662 aa  994    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.52 
 
 		 651 aa  714    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.01 
 
 		 646 aa  754    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  73.09 
 
 		 662 aa  992    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  73.55 
 
 		 662 aa  1001    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.29 
 
 		 681 aa  840    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  54.23 
 
 		 648 aa  678    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.94 
 
 		 645 aa  660    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  97.42 
 
 		 658 aa  1331    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  96.35 
 
 		 665 aa  1318    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  62.64 
 
 		 669 aa  813    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.77 
 
 		 642 aa  662    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  50.79 
 
 		 641 aa  643    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 		 658 aa  1366    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.62 
 
 		 664 aa  631  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  39.53 
 
 		 637 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  47.51 
 
 		 615 aa  304  3.0000000000000004e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.56 
 
 		 607 aa  300  5e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.56 
 
 		 615 aa  300  6e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1056  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  33.16 
 
 		 584 aa  296  1e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.64 
 
 		 607 aa  295  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.78 
 
 		 617 aa  294  3e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.64 
 
 		 607 aa  293  5e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.8 
 
 		 607 aa  293  6e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.8 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.8 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.8 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4241  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.64 
 
 		 607 aa  291  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.64 
 
 		 607 aa  291  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.64 
 
 		 607 aa  291  3e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1991  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.41 
 
 		 593 aa  290  4e-77  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.08 
 
 		 599 aa  290  7e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.27 
 
 		 707 aa  289  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.64 
 
 		 617 aa  289  1e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.7 
 
 		 607 aa  289  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.41 
 
 		 596 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.44 
 
 		 599 aa  288  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.06 
 
 		 607 aa  288  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4553  ATP-dependent DNA helicase RecQ  33.45 
 
 		 864 aa  287  5e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.91 
 
 		 610 aa  286  8e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.12 
 
 		 601 aa  286  9e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.35 
 
 		 608 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  33.39 
 
 		 632 aa  285  2.0000000000000002e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.12 
 
 		 603 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.23 
 
 		 714 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.45 
 
 		 602 aa  284  4.0000000000000003e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0332  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.54 
 
 		 613 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.47 
 
 		 626 aa  283  9e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0899  hypothetical protein  43.53 
 
 		 608 aa  281  2e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  42.18 
 
 		 698 aa  280  4e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0930  hypothetical protein  43.53 
 
 		 608 aa  281  4e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.46 
 
 		 716 aa  280  5e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.92 
 
 		 594 aa  279  1e-73  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0252  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.66 
 
 		 602 aa  278  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.810621  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.1 
 
 		 793 aa  278  3e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.79 
 
 		 608 aa  277  5e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.51 
 
 		 707 aa  276  6e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.18 
 
 		 626 aa  276  6e-73  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1545  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.55 
 
 		 592 aa  276  7e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0825  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.71 
 
 		 598 aa  276  7e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.33 
 
 		 731 aa  276  8e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1919  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.51 
 
 		 706 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77164  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0053  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.31 
 
 		 619 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.74 
 
 		 563 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000199537  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0072  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.38 
 
 		 674 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.234386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2792  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  37.97 
 
 		 552 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.825053 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.48 
 
 		 608 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2442  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.32 
 
 		 606 aa  274  4.0000000000000004e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.81 
 
 		 451 aa  273  8.000000000000001e-72  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0412103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1229  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 779 aa  273  8.000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.08 
 
 		 615 aa  272  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0041  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.51 
 
 		 615 aa  272  1e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00446699  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.97 
 
 		 709 aa  271  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.21 
 
 		 681 aa  271  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2656  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.82 
 
 		 790 aa  271  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.67 
 
 		 705 aa  270  7e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.55 
 
 		 599 aa  270  8e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2466  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.34 
 
 		 705 aa  270  8e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.425923  normal  0.631246 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.64 
 
 		 705 aa  270  8.999999999999999e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0443  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.15 
 
 		 685 aa  270  8.999999999999999e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.97 
 
 		 709 aa  270  8.999999999999999e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1902  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.2 
 
 		 630 aa  269  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3877  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.65 
 
 		 717 aa  269  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1996  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.44 
 
 		 629 aa  269  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2842  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.34 
 
 		 705 aa  268  2e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0115008  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2825  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.34 
 
 		 705 aa  268  2e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000139283 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.98 
 
 		 607 aa  268  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>